More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_02456 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 249 aa  518  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  80.24 
 
 		 248 aa  424  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  54.39 
 
 		 238 aa  269  4e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  54.87 
 
 		 239 aa  263  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  55.02 
 
 		 239 aa  254  8e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  51.54 
 
 		 239 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  52.47 
 
 		 238 aa  251  7e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  49.56 
 
 		 235 aa  250  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  51.12 
 
 		 238 aa  246  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  50.44 
 
 		 236 aa  242  3.9999999999999997e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  48.9 
 
 		 238 aa  235  6e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  47.41 
 
 		 241 aa  233  3e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  48.9 
 
 		 240 aa  225  5.0000000000000005e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  46.93 
 
 		 251 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  43.55 
 
 		 240 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  44.26 
 
 		 240 aa  215  5.9999999999999996e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  44.93 
 
 		 236 aa  202  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  36.71 
 
 		 228 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.5 
 
 		 230 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.32 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.44 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.92 
 
 		 228 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.41 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.41 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.8 
 
 		 228 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.25 
 
 		 226 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  32.61 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.87 
 
 		 228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.82 
 
 		 226 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.31 
 
 		 228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.24 
 
 		 246 aa  112  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.82 
 
 		 228 aa  111  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.34 
 
 		 228 aa  109  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  36.05 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.5 
 
 		 233 aa  106  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.59 
 
 		 223 aa  105  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.55 
 
 		 233 aa  105  5e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.87 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.84 
 
 		 236 aa  103  2e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.86 
 
 		 200 aa  95.9  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  35.09 
 
 		 200 aa  95.5  6e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 200 aa  92.8  5e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.92 
 
 		 200 aa  92.4  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  34.97 
 
 		 181 aa  92  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.15 
 
 		 239 aa  91.3  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 		 200 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  35.63 
 
 		 1390 aa  84.7  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.76 
 
 		 220 aa  82  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.16 
 
 		 203 aa  80.9  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.05 
 
 		 224 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  33.15 
 
 		 578 aa  79.7  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  33.33 
 
 		 590 aa  79.7  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  34.05 
 
 		 574 aa  79.3  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.97 
 
 		 200 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 		 206 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.34 
 
 		 207 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  31.84 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.75 
 
 		 213 aa  75.5  0.0000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.91 
 
 		 570 aa  75.5  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.79 
 
 		 719 aa  75.5  0.0000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.33 
 
 		 1367 aa  74.7  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.98 
 
 		 238 aa  74.3  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.33 
 
 		 1367 aa  74.7  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  28.33 
 
 		 1362 aa  74.3  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  29.73 
 
 		 1426 aa  73.9  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  31.77 
 
 		 1433 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.47 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.89 
 
 		 184 aa  72.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.87 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.27 
 
 		 578 aa  72  0.000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  31.15 
 
 		 613 aa  71.6  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  24.26 
 
 		 216 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.75 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.29 
 
 		 244 aa  71.2  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  29.73 
 
 		 566 aa  70.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.29 
 
 		 722 aa  70.1  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.6 
 
 		 706 aa  70.5  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.6 
 
 		 769 aa  70.1  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  30.56 
 
 		 1397 aa  69.3  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  29.47 
 
 		 617 aa  68.6  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  25.29 
 
 		 223 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 		 609 aa  68.2  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 		 605 aa  67  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.24 
 
 		 584 aa  67.8  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  31.52 
 
 		 574 aa  67.8  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.84 
 
 		 233 aa  66.6  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 		 595 aa  67  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  27.93 
 
 		 616 aa  66.2  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  29.19 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  28.88 
 
 		 729 aa  66.6  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  31.67 
 
 		 714 aa  66.6  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  29.35 
 
 		 601 aa  66.6  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  27.93 
 
 		 236 aa  65.9  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  24.72 
 
 		 216 aa  66.2  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  29.73 
 
 		 630 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  29.73 
 
 		 630 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  26.6 
 
 		 233 aa  65.1  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  33 
 
 		 234 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>