More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01887 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
239 aa  487  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  78.66 
 
 
239 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  59.41 
 
 
239 aa  299  2e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  59.83 
 
 
238 aa  280  1e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  57.89 
 
 
238 aa  279  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  57.98 
 
 
238 aa  269  2.9999999999999997e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  59.83 
 
 
238 aa  266  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  54.87 
 
 
249 aa  263  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  53.74 
 
 
248 aa  264  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  49.57 
 
 
235 aa  250  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  52.19 
 
 
240 aa  241  7.999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  49.14 
 
 
241 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  52.59 
 
 
236 aa  235  4e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  47.86 
 
 
240 aa  222  4.9999999999999996e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  48.26 
 
 
240 aa  217  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  43.91 
 
 
251 aa  207  1e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  44.05 
 
 
236 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.8 
 
 
230 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  34.74 
 
 
228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.78 
 
 
228 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.91 
 
 
228 aa  124  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.48 
 
 
228 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.48 
 
 
228 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.82 
 
 
228 aa  118  7e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.71 
 
 
228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.78 
 
 
226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.56 
 
 
228 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.59 
 
 
228 aa  112  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.65 
 
 
226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.82 
 
 
236 aa  107  1e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.02 
 
 
228 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.18 
 
 
246 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.51 
 
 
228 aa  102  6e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  35.14 
 
 
236 aa  100  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.08 
 
 
229 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
233 aa  99.4  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  31.19 
 
 
228 aa  99  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.35 
 
 
232 aa  98.6  7e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.41 
 
 
233 aa  97.4  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.78 
 
 
223 aa  95.9  5e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.59 
 
 
200 aa  93.6  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  34.07 
 
 
200 aa  92.4  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  38.51 
 
 
181 aa  90.9  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.71 
 
 
200 aa  90.1  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.51 
 
 
200 aa  89  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.67 
 
 
239 aa  85.5  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.96 
 
 
207 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 
238 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  31.96 
 
 
207 aa  82.4  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.02 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.38 
 
 
206 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  34.83 
 
 
1390 aa  80.1  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.79 
 
 
200 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.97 
 
 
203 aa  78.6  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.07 
 
 
220 aa  77.4  0.0000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.96 
 
 
233 aa  76.3  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  32.43 
 
 
1397 aa  76.3  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.73 
 
 
200 aa  76.6  0.0000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  27.4 
 
 
201 aa  74.3  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  30.29 
 
 
209 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.12 
 
 
213 aa  72.4  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  25.47 
 
 
203 aa  71.6  0.00000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  27.54 
 
 
236 aa  71.6  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 
187 aa  69.7  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  30.43 
 
 
226 aa  70.1  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.32 
 
 
405 aa  69.3  0.00000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  24.87 
 
 
223 aa  68.9  0.00000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  31.75 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
216 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  31.21 
 
 
209 aa  68.6  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.27 
 
 
236 aa  68.6  0.00000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 
184 aa  67.8  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.22 
 
 
224 aa  68.2  0.0000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.38 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.13 
 
 
205 aa  67  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  26.92 
 
 
216 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.89 
 
 
1367 aa  66.6  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.89 
 
 
1367 aa  66.6  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  25.29 
 
 
203 aa  66.6  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
236 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  27.78 
 
 
578 aa  65.9  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  27.66 
 
 
220 aa  66.2  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  29.41 
 
 
590 aa  65.9  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  30.61 
 
 
1426 aa  65.9  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.94 
 
 
722 aa  65.5  0.0000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  33.61 
 
 
1433 aa  64.7  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.92 
 
 
236 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
186 aa  63.9  0.000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
186 aa  63.9  0.000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  29.35 
 
 
570 aa  63.9  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.63 
 
 
205 aa  63.9  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.26 
 
 
578 aa  63.9  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.24 
 
 
234 aa  63.5  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.06 
 
 
235 aa  63.2  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.5 
 
 
203 aa  63.2  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  28 
 
 
277 aa  62  0.000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  30.34 
 
 
1435 aa  61.6  0.000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.96 
 
 
595 aa  61.6  0.000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>