More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2477 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
233 aa  483  1e-135  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.87 
 
 
244 aa  220  9.999999999999999e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.25 
 
 
239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.03 
 
 
238 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  33.33 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 
233 aa  97.1  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.69 
 
 
232 aa  95.5  6e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  36.57 
 
 
616 aa  95.5  6e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.57 
 
 
706 aa  92  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.05 
 
 
233 aa  91.3  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.82 
 
 
1390 aa  91.3  1e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  33.67 
 
 
240 aa  89.7  3e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.14 
 
 
769 aa  88.6  8e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 
595 aa  87  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  30.69 
 
 
236 aa  87  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  32.07 
 
 
235 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  29.69 
 
 
251 aa  85.9  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  31.63 
 
 
241 aa  84.3  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.47 
 
 
719 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.93 
 
 
1367 aa  83.2  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.93 
 
 
1367 aa  83.2  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.96 
 
 
921 aa  82  0.000000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.97 
 
 
200 aa  81.6  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  31.09 
 
 
729 aa  81.6  0.000000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
721 aa  80.9  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  29.65 
 
 
707 aa  79  0.00000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
731 aa  78.6  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.86 
 
 
209 aa  77.8  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
722 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  31.38 
 
 
1407 aa  77.8  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  34.04 
 
 
719 aa  77.8  0.0000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.53 
 
 
223 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  25.85 
 
 
239 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  31.35 
 
 
1426 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.34 
 
 
205 aa  76.3  0.0000000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  25.96 
 
 
239 aa  76.3  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 
238 aa  76.3  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.61 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.71 
 
 
246 aa  75.5  0.0000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  31.67 
 
 
236 aa  75.1  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.41 
 
 
180 aa  75.1  0.0000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.24 
 
 
187 aa  74.7  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1607  DNA polymerase III subunit epsilon  28.64 
 
 
266 aa  73.6  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  35.71 
 
 
574 aa  72.8  0.000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 
1435 aa  72.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  29.9 
 
 
1449 aa  72.4  0.000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  27.51 
 
 
1436 aa  72  0.000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.35 
 
 
930 aa  72  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  27.17 
 
 
238 aa  72  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  29.9 
 
 
1449 aa  72  0.000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  27.22 
 
 
222 aa  72  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.51 
 
 
203 aa  71.6  0.000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  29.41 
 
 
1365 aa  71.2  0.00000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.21 
 
 
205 aa  70.9  0.00000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.57 
 
 
1444 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  25.7 
 
 
238 aa  70.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.57 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  27.17 
 
 
1438 aa  70.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  27.17 
 
 
1438 aa  70.9  0.00000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  29 
 
 
1440 aa  70.5  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.74 
 
 
909 aa  70.5  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  31.8 
 
 
601 aa  70.5  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.68 
 
 
570 aa  70.1  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.56 
 
 
1402 aa  70.1  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.23 
 
 
280 aa  70.1  0.00000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
240 aa  70.1  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  28.92 
 
 
1388 aa  69.3  0.00000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.27 
 
 
232 aa  69.3  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  29.21 
 
 
209 aa  69.3  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.81 
 
 
282 aa  69.3  0.00000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.2 
 
 
186 aa  69.3  0.00000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.5 
 
 
186 aa  68.9  0.00000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  28.34 
 
 
1397 aa  68.9  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.68 
 
 
228 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  29.05 
 
 
1433 aa  68.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.21 
 
 
232 aa  68.2  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  31.86 
 
 
584 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
956 aa  68.2  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  31 
 
 
578 aa  68.2  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.85 
 
 
236 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.38 
 
 
565 aa  67.4  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  27.42 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  29.47 
 
 
235 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.58 
 
 
200 aa  67.4  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  26.52 
 
 
201 aa  67.4  0.0000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.27 
 
 
223 aa  67  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.04 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.81 
 
 
578 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  25.84 
 
 
249 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  25.68 
 
 
220 aa  66.6  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.1 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.1 
 
 
934 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  28.95 
 
 
1447 aa  66.2  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.73 
 
 
1442 aa  66.2  0.0000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  29 
 
 
714 aa  66.2  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.1 
 
 
934 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  27.81 
 
 
250 aa  65.9  0.0000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>