More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1752 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 228 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.48 
 
 		 226 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  59.38 
 
 		 226 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.01 
 
 		 228 aa  267  8e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.01 
 
 		 228 aa  267  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.56 
 
 		 228 aa  265  4e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.56 
 
 		 228 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.04 
 
 		 228 aa  260  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.04 
 
 		 228 aa  259  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.45 
 
 		 228 aa  249  2e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.05 
 
 		 228 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  55.67 
 
 		 229 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.56 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  64.25 
 
 		 181 aa  214  8e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  51.1 
 
 		 228 aa  210  1e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  48.79 
 
 		 228 aa  188  5.999999999999999e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.73 
 
 		 230 aa  148  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.24 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  38.07 
 
 		 251 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.98 
 
 		 220 aa  125  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  35.96 
 
 		 235 aa  118  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  36.22 
 
 		 239 aa  118  9e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  34.87 
 
 		 249 aa  115  3.9999999999999997e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  32.54 
 
 		 241 aa  115  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  33.85 
 
 		 236 aa  112  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  30.84 
 
 		 238 aa  112  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  33.33 
 
 		 248 aa  111  8.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  35.43 
 
 		 226 aa  109  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 		 240 aa  108  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  34.02 
 
 		 239 aa  108  9.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  33 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  33.17 
 
 		 236 aa  107  2e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  32.13 
 
 		 238 aa  107  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  29.77 
 
 		 240 aa  106  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  32.21 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  30.19 
 
 		 228 aa  103  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  29.86 
 
 		 238 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.5 
 
 		 232 aa  102  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  29.6 
 
 		 238 aa  93.6  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.33 
 
 		 233 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  34.07 
 
 		 200 aa  92.8  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.89 
 
 		 200 aa  91.3  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.78 
 
 		 224 aa  90.9  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  33.89 
 
 		 207 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35 
 
 		 200 aa  90.1  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.89 
 
 		 207 aa  90.1  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 236 aa  89.7  3e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 		 200 aa  89.4  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.92 
 
 		 206 aa  89  6e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.9 
 
 		 200 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.67 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  29.56 
 
 		 236 aa  82.4  0.000000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 		 200 aa  78.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.32 
 
 		 1367 aa  77.8  0.0000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.32 
 
 		 1367 aa  77.8  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.85 
 
 		 590 aa  76.3  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  28.71 
 
 		 578 aa  75.5  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.56 
 
 		 236 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.83 
 
 		 238 aa  73.6  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.36 
 
 		 236 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  27.78 
 
 		 584 aa  73.9  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.43 
 
 		 233 aa  73.2  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 		 236 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  28.71 
 
 		 603 aa  72.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.95 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 		 236 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.47 
 
 		 769 aa  70.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.87 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 		 186 aa  70.9  0.00000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  31.79 
 
 		 551 aa  69.7  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 		 631 aa  68.6  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 		 595 aa  68.6  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.68 
 
 		 233 aa  68.2  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.18 
 
 		 609 aa  68.2  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 		 659 aa  68.2  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.14 
 
 		 205 aa  67  0.0000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 		 233 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.87 
 
 		 235 aa  67.4  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.61 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  28.26 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  30.93 
 
 		 233 aa  65.5  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.9 
 
 		 187 aa  65.5  0.0000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.26 
 
 		 578 aa  64.3  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  24.87 
 
 		 203 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  31.02 
 
 		 574 aa  63.2  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  30.73 
 
 		 613 aa  63.5  0.000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  28.99 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 		 721 aa  62.4  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  32.09 
 
 		 1402 aa  62.4  0.000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  28.57 
 
 		 1388 aa  62  0.000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  28.35 
 
 		 601 aa  62  0.000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  23.74 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  29.7 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  30.1 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.7 
 
 		 232 aa  61.2  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.79 
 
 		 328 aa  61.6  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  28.34 
 
 		 616 aa  60.1  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  29.69 
 
 		 1397 aa  60.8  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.73 
 
 		 729 aa  60.8  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>