More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1577 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
228 aa  461  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  93.39 
 
 
228 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  92.07 
 
 
228 aa  433  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  78.41 
 
 
228 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  78.85 
 
 
228 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  78.85 
 
 
228 aa  369  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  77.97 
 
 
228 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  80.63 
 
 
223 aa  354  5.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  85.64 
 
 
181 aa  297  1e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  58.22 
 
 
226 aa  266  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  60.73 
 
 
226 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.45 
 
 
228 aa  249  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  52.89 
 
 
229 aa  248  6e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.91 
 
 
228 aa  246  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  52.7 
 
 
228 aa  211  5.999999999999999e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  51.85 
 
 
228 aa  198  6e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.39 
 
 
230 aa  150  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  38.16 
 
 
251 aa  132  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  37.14 
 
 
239 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  34.8 
 
 
249 aa  118  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  36.82 
 
 
239 aa  118  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  36.46 
 
 
236 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.19 
 
 
246 aa  116  3e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  33.49 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  35.57 
 
 
239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  39.15 
 
 
236 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  36.82 
 
 
235 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  32.34 
 
 
226 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.98 
 
 
220 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  32.82 
 
 
238 aa  103  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
238 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  34.3 
 
 
241 aa  103  3e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  31.53 
 
 
238 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  29.35 
 
 
228 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  32.88 
 
 
240 aa  100  2e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 
240 aa  100  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
240 aa  99  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.13 
 
 
232 aa  98.6  7e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.88 
 
 
233 aa  97.1  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.91 
 
 
236 aa  97.1  2e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  30.29 
 
 
238 aa  93.2  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.92 
 
 
200 aa  87.8  1e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.3 
 
 
224 aa  85.5  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.99 
 
 
206 aa  84.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  30.23 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.23 
 
 
207 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  31.84 
 
 
200 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.82 
 
 
213 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.28 
 
 
200 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.52 
 
 
769 aa  80.9  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  29.47 
 
 
236 aa  79  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.28 
 
 
200 aa  78.2  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  31.35 
 
 
1367 aa  75.9  0.0000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  31.35 
 
 
1367 aa  75.9  0.0000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 
239 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.7 
 
 
200 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.09 
 
 
200 aa  74.3  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.03 
 
 
232 aa  72.4  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.55 
 
 
238 aa  71.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
233 aa  71.6  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
731 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.78 
 
 
722 aa  70.5  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 
595 aa  68.9  0.00000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  29.78 
 
 
1388 aa  68.6  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  28.06 
 
 
584 aa  68.2  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.27 
 
 
631 aa  66.6  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.34 
 
 
236 aa  66.2  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  29.74 
 
 
578 aa  65.9  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.52 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.36 
 
 
205 aa  65.5  0.0000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.69 
 
 
1390 aa  64.3  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.67 
 
 
707 aa  64.3  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.04 
 
 
232 aa  64.3  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.6 
 
 
203 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.23 
 
 
233 aa  63.2  0.000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 
729 aa  63.5  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  28.12 
 
 
714 aa  63.2  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  28.42 
 
 
578 aa  63.5  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
236 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  27.04 
 
 
603 aa  62.8  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.9 
 
 
187 aa  63.2  0.000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
186 aa  62.8  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.63 
 
 
209 aa  62.4  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
186 aa  62.8  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  31.06 
 
 
1362 aa  62  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
695 aa  61.6  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  27.11 
 
 
315 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
208 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  30.69 
 
 
695 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.88 
 
 
244 aa  61.2  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.63 
 
 
203 aa  61.2  0.00000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.78 
 
 
616 aa  61.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.69 
 
 
695 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  29.26 
 
 
590 aa  60.5  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  27.11 
 
 
315 aa  60.5  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  26.09 
 
 
315 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 
719 aa  60.8  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  27.38 
 
 
1442 aa  60.8  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>