More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Maqu_0902 on replicon NC_008740
Organism: Marinobacter aquaeolei VT8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
235 aa  479  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.67 
 
 
233 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.09 
 
 
236 aa  194  7e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.09 
 
 
236 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  45.75 
 
 
235 aa  191  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.74 
 
 
236 aa  189  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.94 
 
 
236 aa  187  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  44.34 
 
 
237 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  45.02 
 
 
237 aa  185  7e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.47 
 
 
240 aa  173  2.9999999999999996e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  42.08 
 
 
233 aa  150  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1024  exonuclease  37.2 
 
 
236 aa  111  9e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.747104  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 
232 aa  102  5e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2584  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30 
 
 
213 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
236 aa  96.7  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.36 
 
 
205 aa  95.1  9e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.22 
 
 
209 aa  91.3  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  33.52 
 
 
233 aa  89.7  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  35.18 
 
 
616 aa  86.7  3e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.64 
 
 
232 aa  85.1  8e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.63 
 
 
244 aa  83.2  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.78 
 
 
706 aa  82.8  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.86 
 
 
238 aa  82.4  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  33.52 
 
 
1390 aa  79.7  0.00000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.84 
 
 
228 aa  79  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  30.4 
 
 
201 aa  78.2  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  28.48 
 
 
205 aa  77.8  0.0000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  29.71 
 
 
209 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.33 
 
 
769 aa  77.8  0.0000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.67 
 
 
203 aa  77.8  0.0000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.61 
 
 
239 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  27.68 
 
 
205 aa  76.6  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.82 
 
 
203 aa  76.3  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.61 
 
 
233 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.93 
 
 
223 aa  75.9  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  32.2 
 
 
228 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  27.16 
 
 
210 aa  75.5  0.0000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  32.57 
 
 
212 aa  75.1  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  26.96 
 
 
1397 aa  74.7  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1567  DNA-directed DNA polymerase  34.41 
 
 
236 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  33.9 
 
 
216 aa  73.9  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  31.72 
 
 
239 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
218 aa  73.6  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.17 
 
 
719 aa  73.2  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.93 
 
 
247 aa  73.2  0.000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  28.96 
 
 
210 aa  72.8  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.81 
 
 
1367 aa  72.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.83 
 
 
233 aa  72.8  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.81 
 
 
1367 aa  72.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  29.21 
 
 
1426 aa  72  0.000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  29.44 
 
 
1442 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  27.01 
 
 
218 aa  71.6  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  27.72 
 
 
1402 aa  70.9  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  30.22 
 
 
1449 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 
228 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  29.6 
 
 
220 aa  70.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  27.36 
 
 
222 aa  70.1  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  30.22 
 
 
1449 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.41 
 
 
731 aa  70.1  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  29.06 
 
 
719 aa  69.3  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 
240 aa  69.3  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  27.62 
 
 
251 aa  68.9  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  27.65 
 
 
209 aa  68.9  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.29 
 
 
228 aa  68.6  0.00000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.86 
 
 
228 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  26.52 
 
 
1433 aa  68.6  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  33.05 
 
 
216 aa  68.6  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.69 
 
 
934 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.69 
 
 
934 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.69 
 
 
929 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  28.42 
 
 
239 aa  67.8  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.69 
 
 
934 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.69 
 
 
934 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.69 
 
 
934 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.69 
 
 
934 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  24.6 
 
 
209 aa  67  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  29.13 
 
 
584 aa  67  0.0000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.87 
 
 
228 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
233 aa  67.4  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  29.69 
 
 
1362 aa  67  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  27.23 
 
 
729 aa  66.6  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  27.72 
 
 
707 aa  66.6  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.87 
 
 
934 aa  66.6  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.16 
 
 
934 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.2 
 
 
721 aa  66.2  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1636  hypothetical protein  25.51 
 
 
221 aa  66.2  0.0000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.696644  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.16 
 
 
934 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.22 
 
 
223 aa  65.9  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.16 
 
 
934 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.46 
 
 
1388 aa  65.9  0.0000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  27.5 
 
 
207 aa  65.9  0.0000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  29.01 
 
 
208 aa  65.5  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  28.72 
 
 
970 aa  65.5  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  29.12 
 
 
1447 aa  65.1  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.66 
 
 
226 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
239 aa  64.7  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 
228 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 
228 aa  64.7  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.81 
 
 
228 aa  64.3  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  29.01 
 
 
208 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>