More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1452 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 205 aa  414  9.999999999999999e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 		 203 aa  232  3e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.38 
 
 		 203 aa  223  1e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  53.37 
 
 		 207 aa  210  1e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  43.48 
 
 		 212 aa  205  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  44.71 
 
 		 216 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 		 220 aa  189  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  47.15 
 
 		 216 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  43.14 
 
 		 218 aa  188  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  47.37 
 
 		 222 aa  187  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  46.24 
 
 		 209 aa  180  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  43.16 
 
 		 218 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  41.71 
 
 		 209 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  43.85 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  35.32 
 
 		 205 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  42.25 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  38.54 
 
 		 223 aa  160  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  39.57 
 
 		 210 aa  155  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  39.78 
 
 		 223 aa  152  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 		 208 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 		 208 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  30.05 
 
 		 201 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  32.29 
 
 		 203 aa  120  9.999999999999999e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  31.66 
 
 		 203 aa  114  7.999999999999999e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.12 
 
 		 233 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.66 
 
 		 236 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 		 233 aa  97.1  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.78 
 
 		 236 aa  95.5  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.48 
 
 		 205 aa  95.1  6e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  30.23 
 
 		 233 aa  94.7  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.22 
 
 		 236 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.22 
 
 		 236 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  34.3 
 
 		 235 aa  94  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 		 232 aa  92.4  4e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.9 
 
 		 232 aa  91.7  7e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30 
 
 		 238 aa  89.7  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 		 236 aa  89  5e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  30.81 
 
 		 237 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  31.4 
 
 		 237 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  30.59 
 
 		 616 aa  85.9  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.35 
 
 		 1367 aa  85.9  4e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.35 
 
 		 1367 aa  85.9  4e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 		 719 aa  83.6  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  32.54 
 
 		 1442 aa  82.4  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.55 
 
 		 232 aa  82.4  0.000000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 		 244 aa  82  0.000000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.32 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.18 
 
 		 209 aa  80.9  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  33.73 
 
 		 1407 aa  79.3  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 		 769 aa  79  0.00000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.48 
 
 		 235 aa  77.8  0.00000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  30.39 
 
 		 1433 aa  77.4  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.03 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.72 
 
 		 706 aa  77.4  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.79 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  32.93 
 
 		 1362 aa  75.5  0.0000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 		 695 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  30 
 
 		 695 aa  75.5  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 		 498 aa  74.7  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  29.17 
 
 		 251 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  28.32 
 
 		 714 aa  74.7  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  29.24 
 
 		 707 aa  73.9  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 722 aa  73.9  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.4 
 
 		 956 aa  74.3  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 		 695 aa  73.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 		 944 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  29.78 
 
 		 729 aa  73.6  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 		 934 aa  73.2  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.57 
 
 		 198 aa  72.8  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 		 721 aa  72.8  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 		 479 aa  72.4  0.000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  29.78 
 
 		 242 aa  71.6  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.22 
 
 		 729 aa  71.6  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  30.86 
 
 		 1432 aa  71.6  0.000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.84 
 
 		 731 aa  70.9  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  23.26 
 
 		 233 aa  71.2  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.99 
 
 		 238 aa  70.5  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.59 
 
 		 231 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.12 
 
 		 180 aa  70.5  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  30.64 
 
 		 1435 aa  69.3  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.59 
 
 		 1390 aa  69.7  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 		 226 aa  68.9  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 		 234 aa  68.6  0.00000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  27.65 
 
 		 719 aa  68.6  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  29.55 
 
 		 277 aa  68.6  0.00000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 		 232 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  31.36 
 
 		 1465 aa  67.8  0.0000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  26.16 
 
 		 170 aa  67.8  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  29.17 
 
 		 1388 aa  67  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.59 
 
 		 239 aa  67  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  28.49 
 
 		 168 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  27.33 
 
 		 485 aa  67  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  27.78 
 
 		 228 aa  67  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  28.49 
 
 		 1444 aa  67.4  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  32.95 
 
 		 246 aa  67  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.59 
 
 		 232 aa  66.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  32.95 
 
 		 246 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  25.99 
 
 		 1440 aa  66.2  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.43 
 
 		 231 aa  66.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>