More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_0045 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
223 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  78.48 
 
 
223 aa  346  1e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  55.92 
 
 
222 aa  239  2e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  48.26 
 
 
207 aa  201  8e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  48.04 
 
 
216 aa  192  3e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  47.78 
 
 
212 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  49.74 
 
 
216 aa  186  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.79 
 
 
203 aa  184  9e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  48.31 
 
 
218 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.63 
 
 
203 aa  177  1e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  43.9 
 
 
220 aa  177  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  43.52 
 
 
218 aa  176  2e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  47.34 
 
 
209 aa  171  7.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  38.78 
 
 
205 aa  165  5e-40  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  43 
 
 
205 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  37.56 
 
 
210 aa  141  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  37.82 
 
 
203 aa  140  1.9999999999999998e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  37.63 
 
 
209 aa  139  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  37.11 
 
 
210 aa  133  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  35.57 
 
 
209 aa  130  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  36.36 
 
 
203 aa  127  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  33.85 
 
 
201 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  35.53 
 
 
208 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  35.03 
 
 
208 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.72 
 
 
238 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.78 
 
 
244 aa  107  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.47 
 
 
232 aa  107  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.91 
 
 
233 aa  100  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.31 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.98 
 
 
239 aa  96.3  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.1 
 
 
769 aa  89.7  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.53 
 
 
200 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  35.03 
 
 
200 aa  82.8  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.16 
 
 
213 aa  82.8  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 
236 aa  82.4  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
205 aa  82.4  0.000000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
721 aa  81.6  0.000000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  33.02 
 
 
240 aa  81.3  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  35.68 
 
 
207 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.52 
 
 
200 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  26.79 
 
 
714 aa  80.5  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.68 
 
 
207 aa  79.7  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  28.24 
 
 
250 aa  79  0.00000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.16 
 
 
200 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.07 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  27.91 
 
 
1388 aa  77.4  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.85 
 
 
206 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.53 
 
 
233 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.42 
 
 
246 aa  77.4  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.07 
 
 
232 aa  76.6  0.0000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
235 aa  75.9  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  29.14 
 
 
707 aa  75.1  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  32.35 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 
498 aa  75.1  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.36 
 
 
719 aa  74.7  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  27.62 
 
 
233 aa  74.3  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.59 
 
 
1367 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  27.59 
 
 
1390 aa  74.3  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.59 
 
 
1367 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  32.1 
 
 
616 aa  74.7  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.74 
 
 
232 aa  73.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  34.15 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  30.9 
 
 
729 aa  73.2  0.000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.95 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  32 
 
 
237 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  30.56 
 
 
719 aa  72.4  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  25.65 
 
 
239 aa  72  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30 
 
 
184 aa  71.6  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30 
 
 
184 aa  71.6  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  27.68 
 
 
251 aa  71.2  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 
706 aa  71.2  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
695 aa  70.1  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  29.5 
 
 
315 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  26.13 
 
 
239 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  29.32 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
200 aa  70.5  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 
299 aa  70.9  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  24.89 
 
 
248 aa  70.1  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  28.16 
 
 
1421 aa  70.1  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
927 aa  70.1  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  24.02 
 
 
239 aa  69.3  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  31.43 
 
 
237 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.61 
 
 
695 aa  68.9  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 
236 aa  69.3  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  28.09 
 
 
228 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.55 
 
 
198 aa  68.6  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0318  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.24 
 
 
267 aa  68.6  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  25.29 
 
 
249 aa  68.6  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.94 
 
 
921 aa  68.2  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
241 aa  67.8  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  28.82 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>