More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3386 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
226 aa  453  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.39 
 
 
225 aa  286  1e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.67 
 
 
230 aa  246  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.02 
 
 
228 aa  235  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.22 
 
 
230 aa  223  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.63 
 
 
235 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.36 
 
 
238 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  44.69 
 
 
239 aa  203  1e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.78 
 
 
232 aa  203  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.06 
 
 
243 aa  200  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.4 
 
 
239 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.33 
 
 
236 aa  199  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.98 
 
 
228 aa  199  1.9999999999999998e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.55 
 
 
234 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  49.56 
 
 
242 aa  198  7e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  48 
 
 
230 aa  197  9e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  55.68 
 
 
242 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.43 
 
 
231 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.11 
 
 
237 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.44 
 
 
231 aa  194  1e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.19 
 
 
231 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.72 
 
 
231 aa  193  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.79 
 
 
232 aa  193  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.26 
 
 
231 aa  192  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.77 
 
 
231 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.98 
 
 
239 aa  191  6e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  47.39 
 
 
234 aa  191  9e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  47.39 
 
 
234 aa  191  9e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.7 
 
 
231 aa  189  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.53 
 
 
240 aa  188  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.9 
 
 
234 aa  188  5.999999999999999e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  53.33 
 
 
229 aa  188  5.999999999999999e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  47.39 
 
 
231 aa  188  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.78 
 
 
229 aa  187  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.29 
 
 
239 aa  187  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.29 
 
 
237 aa  186  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  46.75 
 
 
236 aa  185  6e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  46.38 
 
 
245 aa  182  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.29 
 
 
230 aa  181  9.000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.48 
 
 
236 aa  180  1e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  45 
 
 
252 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.75 
 
 
237 aa  180  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.35 
 
 
241 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.12 
 
 
238 aa  180  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  53.98 
 
 
240 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.58 
 
 
235 aa  179  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.69 
 
 
231 aa  178  7e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  44.58 
 
 
252 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.91 
 
 
236 aa  177  9e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.61 
 
 
236 aa  176  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.26 
 
 
243 aa  175  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  45.96 
 
 
244 aa  175  6e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  44.17 
 
 
254 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.3 
 
 
238 aa  174  9e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  41.26 
 
 
233 aa  174  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.11 
 
 
240 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  41.26 
 
 
233 aa  173  1.9999999999999998e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.51 
 
 
238 aa  173  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  44.44 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  43.33 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.43 
 
 
257 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.35 
 
 
243 aa  172  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.85 
 
 
237 aa  171  9e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  52.33 
 
 
238 aa  169  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.11 
 
 
232 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.05 
 
 
241 aa  170  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  43.15 
 
 
259 aa  168  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  45.25 
 
 
241 aa  168  7e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  45.85 
 
 
246 aa  166  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  46.58 
 
 
252 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  45.41 
 
 
246 aa  165  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.93 
 
 
240 aa  164  9e-40  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.43 
 
 
237 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.39 
 
 
235 aa  163  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.59 
 
 
239 aa  162  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.98 
 
 
238 aa  161  7e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.87 
 
 
236 aa  161  7e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  41.45 
 
 
239 aa  160  1e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 
239 aa  161  1e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  41.7 
 
 
236 aa  160  1e-38  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.06 
 
 
232 aa  160  2e-38  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  38.91 
 
 
245 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.04 
 
 
235 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.93 
 
 
243 aa  160  2e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  40.66 
 
 
246 aa  159  3e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  41.05 
 
 
246 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  40.66 
 
 
243 aa  159  4e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  40.66 
 
 
243 aa  159  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.44 
 
 
238 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.77 
 
 
234 aa  159  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  40.66 
 
 
243 aa  159  4e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  40.66 
 
 
243 aa  159  4e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.25 
 
 
246 aa  158  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.84 
 
 
243 aa  158  6e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.59 
 
 
242 aa  158  6e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  40.66 
 
 
243 aa  158  7e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  40.66 
 
 
243 aa  158  7e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  40.66 
 
 
246 aa  158  7e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.03 
 
 
234 aa  157  9e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>