More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003140 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  100 
 
 
239 aa  488  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  78.66 
 
 
239 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  59.66 
 
 
239 aa  301  8.000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  56.3 
 
 
238 aa  279  4e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  55.46 
 
 
238 aa  264  1e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  54.62 
 
 
238 aa  257  9e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  53.28 
 
 
248 aa  255  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  55.02 
 
 
249 aa  254  7e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  55.36 
 
 
238 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  54.39 
 
 
240 aa  247  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  50 
 
 
235 aa  246  3e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  51.77 
 
 
241 aa  243  3e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  49.13 
 
 
240 aa  234  9e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  50.87 
 
 
236 aa  231  5e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  47.83 
 
 
240 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  45.22 
 
 
251 aa  208  6e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  44.05 
 
 
236 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.56 
 
 
230 aa  134  9e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  35.68 
 
 
228 aa  129  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.22 
 
 
228 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.47 
 
 
226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.78 
 
 
228 aa  113  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.57 
 
 
228 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.63 
 
 
228 aa  107  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33 
 
 
228 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.25 
 
 
228 aa  105  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.18 
 
 
228 aa  104  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.56 
 
 
226 aa  104  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.49 
 
 
246 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.79 
 
 
233 aa  102  5e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  31.34 
 
 
228 aa  101  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
239 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
232 aa  99.4  4e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.22 
 
 
236 aa  99.4  4e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
233 aa  97.8  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.79 
 
 
223 aa  96.3  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.57 
 
 
229 aa  96.3  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
233 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  33.7 
 
 
236 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.05 
 
 
228 aa  93.2  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.11 
 
 
200 aa  92.8  5e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.88 
 
 
200 aa  92  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  33.52 
 
 
200 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.57 
 
 
244 aa  88.6  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.97 
 
 
200 aa  87  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.22 
 
 
203 aa  85.1  9e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
206 aa  85.1  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
203 aa  84.3  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.29 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  35.63 
 
 
181 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  32.29 
 
 
207 aa  81.6  0.000000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.88 
 
 
200 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 
200 aa  81.3  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.11 
 
 
238 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  31.25 
 
 
226 aa  80.1  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  28.98 
 
 
203 aa  79  0.00000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1367 aa  78.6  0.00000000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.66 
 
 
224 aa  78.6  0.00000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.97 
 
 
1390 aa  78.2  0.0000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  29.71 
 
 
201 aa  77.8  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1367 aa  78.2  0.0000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.67 
 
 
722 aa  75.9  0.0000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.85 
 
 
220 aa  75.9  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.77 
 
 
213 aa  74.7  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.72 
 
 
235 aa  73.6  0.000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.94 
 
 
187 aa  73.6  0.000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.06 
 
 
234 aa  72.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  31.32 
 
 
1397 aa  72.4  0.000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  27.14 
 
 
223 aa  71.6  0.000000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.56 
 
 
205 aa  71.6  0.000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.07 
 
 
235 aa  70.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  40.59 
 
 
236 aa  69.7  0.00000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.59 
 
 
232 aa  70.1  0.00000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  30.53 
 
 
212 aa  69.3  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
184 aa  69.3  0.00000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.1 
 
 
769 aa  68.6  0.00000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.64 
 
 
405 aa  68.6  0.00000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
216 aa  67.8  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  28.72 
 
 
590 aa  67.4  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.49 
 
 
578 aa  66.6  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 
235 aa  67  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.46 
 
 
237 aa  66.6  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
236 aa  65.9  0.0000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  28.72 
 
 
220 aa  65.9  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.43 
 
 
532 aa  66.2  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  29.57 
 
 
616 aa  65.5  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.62 
 
 
240 aa  65.5  0.0000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  25.99 
 
 
1362 aa  65.5  0.0000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.61 
 
 
234 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 
236 aa  64.7  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
205 aa  64.7  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  28.85 
 
 
617 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  30.05 
 
 
613 aa  63.5  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  28.4 
 
 
527 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  33.58 
 
 
238 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  28.57 
 
 
209 aa  64.3  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.29 
 
 
203 aa  63.5  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 
236 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>