More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_1713 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
228 aa  461  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  98.68 
 
 
228 aa  455  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  97.81 
 
 
228 aa  453  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  97.81 
 
 
228 aa  453  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  77.97 
 
 
228 aa  367  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  75.88 
 
 
228 aa  365  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  75 
 
 
228 aa  362  3e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  81.17 
 
 
223 aa  355  3.9999999999999996e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  81.11 
 
 
181 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  58.56 
 
 
228 aa  264  8.999999999999999e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  57.14 
 
 
226 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  59.36 
 
 
226 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.11 
 
 
228 aa  245  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  53.85 
 
 
229 aa  234  8e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  54.19 
 
 
228 aa  201  7e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  53.55 
 
 
228 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.43 
 
 
230 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  37.95 
 
 
239 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  35.78 
 
 
239 aa  128  6e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  35.81 
 
 
251 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  37.44 
 
 
249 aa  124  9e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.69 
 
 
246 aa  121  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  39.39 
 
 
235 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  34.8 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  38.04 
 
 
236 aa  116  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  34.22 
 
 
239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  30.05 
 
 
228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  36.98 
 
 
236 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  33.63 
 
 
238 aa  113  3e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.19 
 
 
232 aa  110  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.74 
 
 
233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  36.06 
 
 
240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  32.24 
 
 
238 aa  108  5e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.24 
 
 
220 aa  108  6e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  35.38 
 
 
240 aa  108  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  37.63 
 
 
241 aa  108  1e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  33.02 
 
 
238 aa  106  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  30.69 
 
 
240 aa  103  2e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  32.98 
 
 
226 aa  101  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  30.84 
 
 
238 aa  99.8  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.81 
 
 
236 aa  97.8  1e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.46 
 
 
224 aa  87.8  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  31.1 
 
 
236 aa  87.4  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  32.09 
 
 
200 aa  82.8  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.92 
 
 
200 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.03 
 
 
233 aa  81.6  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.82 
 
 
213 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.28 
 
 
200 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
232 aa  80.1  0.00000000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.57 
 
 
769 aa  79.3  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.55 
 
 
200 aa  79  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.41 
 
 
206 aa  78.2  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  29.65 
 
 
207 aa  77.4  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.65 
 
 
207 aa  77  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  31 
 
 
584 aa  76.6  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.85 
 
 
200 aa  75.1  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.26 
 
 
239 aa  74.3  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.02 
 
 
203 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.27 
 
 
1367 aa  73.2  0.000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.27 
 
 
1367 aa  73.2  0.000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.4 
 
 
203 aa  73.6  0.000000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.41 
 
 
238 aa  72  0.000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.79 
 
 
236 aa  72  0.000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 
232 aa  71.2  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  32.54 
 
 
590 aa  70.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
244 aa  70.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  31.1 
 
 
578 aa  70.1  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  31.94 
 
 
551 aa  70.1  0.00000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.24 
 
 
631 aa  69.3  0.00000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.58 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.58 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 
722 aa  67.4  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  30.39 
 
 
603 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.2 
 
 
236 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.07 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.48 
 
 
595 aa  66.6  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.93 
 
 
233 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.87 
 
 
205 aa  66.2  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  29.27 
 
 
1397 aa  65.9  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.32 
 
 
205 aa  65.9  0.0000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
731 aa  65.5  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
695 aa  65.5  0.0000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.84 
 
 
280 aa  64.3  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
236 aa  64.3  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  31.29 
 
 
1388 aa  64.3  0.000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  28.4 
 
 
205 aa  63.9  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  27.64 
 
 
1442 aa  63.9  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.23 
 
 
235 aa  63.9  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  29.17 
 
 
578 aa  63.5  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.2 
 
 
236 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  29.57 
 
 
220 aa  62.8  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.58 
 
 
233 aa  62.4  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 
695 aa  62.4  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  27.62 
 
 
714 aa  62.4  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.55 
 
 
695 aa  62.4  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.54 
 
 
405 aa  62  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  28.64 
 
 
574 aa  61.6  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  27.4 
 
 
233 aa  61.6  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.85 
 
 
209 aa  61.2  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.18 
 
 
186 aa  61.2  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>