More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_1486 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
236 aa  483  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.53 
 
 
241 aa  449  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  91.1 
 
 
236 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  69.62 
 
 
238 aa  327  9e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  72.22 
 
 
240 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  66.95 
 
 
238 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.89 
 
 
232 aa  258  7e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  54.78 
 
 
230 aa  258  7e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.7 
 
 
231 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.65 
 
 
232 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.66 
 
 
231 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.97 
 
 
239 aa  250  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.91 
 
 
231 aa  248  7e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  55.04 
 
 
234 aa  244  6e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  55.04 
 
 
234 aa  244  6e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.19 
 
 
236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.31 
 
 
240 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  52.94 
 
 
231 aa  237  1e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.43 
 
 
239 aa  236  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.46 
 
 
235 aa  234  7e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.95 
 
 
228 aa  233  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.84 
 
 
237 aa  230  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  51.88 
 
 
236 aa  229  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  54.85 
 
 
242 aa  226  2e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  51.05 
 
 
242 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  47.92 
 
 
245 aa  221  6e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.07 
 
 
229 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  51.07 
 
 
229 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.13 
 
 
230 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.69 
 
 
243 aa  219  3e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.88 
 
 
231 aa  216  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.98 
 
 
238 aa  216  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  46.67 
 
 
240 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 
239 aa  211  5.999999999999999e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.31 
 
 
235 aa  211  9e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  46.96 
 
 
233 aa  210  1e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  46.41 
 
 
233 aa  211  1e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.86 
 
 
236 aa  210  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.11 
 
 
237 aa  208  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.2 
 
 
237 aa  207  8e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.58 
 
 
230 aa  207  1e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.3 
 
 
243 aa  207  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.35 
 
 
230 aa  206  3e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 
239 aa  205  4e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.78 
 
 
231 aa  205  5e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.5 
 
 
248 aa  204  9e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.5 
 
 
248 aa  204  9e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.38 
 
 
243 aa  202  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.22 
 
 
253 aa  202  4e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.47 
 
 
235 aa  200  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.85 
 
 
234 aa  199  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.31 
 
 
257 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 
252 aa  198  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  46.72 
 
 
254 aa  197  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  46.72 
 
 
254 aa  197  9e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  46.72 
 
 
254 aa  197  9e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.38 
 
 
243 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.68 
 
 
239 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  54.44 
 
 
252 aa  196  3e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.14 
 
 
238 aa  196  3e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.81 
 
 
231 aa  196  4.0000000000000005e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.03 
 
 
237 aa  195  5.000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  49.76 
 
 
244 aa  195  5.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  43.91 
 
 
239 aa  195  6e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  45.38 
 
 
245 aa  194  7e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  44.12 
 
 
244 aa  194  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.07 
 
 
238 aa  194  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  45.27 
 
 
245 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  45.31 
 
 
259 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  50.54 
 
 
238 aa  194  1e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  55.08 
 
 
240 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.53 
 
 
242 aa  193  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.54 
 
 
242 aa  192  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.63 
 
 
242 aa  192  4e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.85 
 
 
242 aa  192  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.17 
 
 
234 aa  191  6e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  44.96 
 
 
245 aa  192  6e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  54.7 
 
 
246 aa  191  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  45.57 
 
 
246 aa  191  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  45.57 
 
 
246 aa  191  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  45.57 
 
 
246 aa  191  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  51.32 
 
 
246 aa  191  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  54.7 
 
 
246 aa  191  7e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  44.03 
 
 
249 aa  191  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  45.57 
 
 
246 aa  191  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.8 
 
 
242 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.8 
 
 
242 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.8 
 
 
242 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.8 
 
 
242 aa  191  9e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.73 
 
 
242 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.73 
 
 
242 aa  191  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  52.85 
 
 
242 aa  190  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  45.57 
 
 
246 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  42.8 
 
 
242 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  42.8 
 
 
244 aa  189  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.8 
 
 
242 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.73 
 
 
242 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.16 
 
 
228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.02 
 
 
225 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.46 
 
 
242 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>