More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0115 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 239 aa  485  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  87.61 
 
 		 239 aa  422  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.97 
 
 		 231 aa  387  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  79.74 
 
 		 231 aa  377  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.06 
 
 		 231 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.47 
 
 		 232 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  78.85 
 
 		 232 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.71 
 
 		 236 aa  278  5e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.6 
 
 		 240 aa  275  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.51 
 
 		 235 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.14 
 
 		 228 aa  260  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  54.19 
 
 		 230 aa  258  8e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.65 
 
 		 239 aa  257  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.89 
 
 		 237 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.42 
 
 		 238 aa  254  7e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  56.89 
 
 		 229 aa  251  6e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.89 
 
 		 229 aa  251  8.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.02 
 
 		 241 aa  248  5e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  54.7 
 
 		 231 aa  246  2e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.59 
 
 		 236 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  55.79 
 
 		 234 aa  244  6.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  55.79 
 
 		 234 aa  244  6.999999999999999e-64  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.74 
 
 		 231 aa  243  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.46 
 
 		 230 aa  240  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.51 
 
 		 238 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.16 
 
 		 243 aa  239  4e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.54 
 
 		 240 aa  237  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  52.74 
 
 		 242 aa  236  2e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.07 
 
 		 230 aa  236  3e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.43 
 
 		 236 aa  236  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  50.42 
 
 		 245 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.19 
 
 		 231 aa  231  6e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  50.42 
 
 		 240 aa  231  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  52.3 
 
 		 242 aa  228  7e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  49.79 
 
 		 236 aa  226  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.1 
 
 		 230 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.72 
 
 		 238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.76 
 
 		 236 aa  212  3.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.98 
 
 		 234 aa  210  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  43.53 
 
 		 233 aa  207  1e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  43.1 
 
 		 233 aa  206  3e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.86 
 
 		 231 aa  205  4e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  48.54 
 
 		 238 aa  205  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.95 
 
 		 243 aa  204  7e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.01 
 
 		 239 aa  202  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.32 
 
 		 234 aa  202  4e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.34 
 
 		 235 aa  201  7e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  45.81 
 
 		 239 aa  201  9e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.35 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  45.34 
 
 		 246 aa  199  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.8 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.22 
 
 		 225 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.61 
 
 		 239 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.11 
 
 		 267 aa  196  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.03 
 
 		 243 aa  194  7e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.81 
 
 		 237 aa  193  2e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.12 
 
 		 237 aa  191  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.26 
 
 		 236 aa  191  8e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  44.35 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.87 
 
 		 243 aa  190  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.48 
 
 		 237 aa  191  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  43.93 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  43.93 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0839  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.49 
 
 		 236 aa  190  2e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  44.67 
 
 		 241 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  43.93 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  43.93 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.07 
 
 		 237 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.57 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  45.15 
 
 		 245 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.7 
 
 		 237 aa  189  4e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  51.05 
 
 		 249 aa  188  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.49 
 
 		 238 aa  188  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  43.22 
 
 		 245 aa  188  8e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.29 
 
 		 226 aa  187  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.21 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.53 
 
 		 253 aa  186  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  54.22 
 
 		 244 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 		 246 aa  186  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.95 
 
 		 246 aa  185  4e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 		 243 aa  186  4e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.78 
 
 		 234 aa  185  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 		 240 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 		 243 aa  186  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 		 243 aa  186  4e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 		 240 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 		 243 aa  186  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 		 243 aa  185  5e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  41.95 
 
 		 243 aa  185  5e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  43.64 
 
 		 254 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 		 253 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 		 253 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  43.64 
 
 		 254 aa  185  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 		 253 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  41.95 
 
 		 246 aa  185  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  43.64 
 
 		 254 aa  185  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 		 253 aa  185  6e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  44.21 
 
 		 253 aa  185  6e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.34 
 
 		 257 aa  184  9e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>