211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2493 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_2493  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 251 aa  491  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0318  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.66 
 
 		 267 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 		 244 aa  89.4  5e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.43 
 
 		 205 aa  89  7e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.87 
 
 		 238 aa  85.9  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 		 203 aa  82.8  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  34.3 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.62 
 
 		 203 aa  78.6  0.00000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  29.03 
 
 		 707 aa  78.2  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.53 
 
 		 239 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  32.2 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 232 aa  76.6  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  26.2 
 
 		 203 aa  75.9  0.0000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  28.04 
 
 		 209 aa  73.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 		 222 aa  73.2  0.000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  25.7 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  27.36 
 
 		 210 aa  72.4  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.26 
 
 		 236 aa  72  0.000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.26 
 
 		 232 aa  72  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  34.42 
 
 		 601 aa  72  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  33.7 
 
 		 729 aa  71.6  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  26.16 
 
 		 210 aa  70.5  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.26 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.12 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 207 aa  69.7  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  22.29 
 
 		 205 aa  68.9  0.00000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 209 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  27.47 
 
 		 209 aa  67  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 		 233 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 		 209 aa  67  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  27.18 
 
 		 714 aa  66.6  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.3 
 
 		 570 aa  67  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  28.5 
 
 		 208 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  27.54 
 
 		 208 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.5 
 
 		 578 aa  65.1  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  26.98 
 
 		 1440 aa  65.1  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.86 
 
 		 198 aa  64.7  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.12 
 
 		 706 aa  63.2  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  26.97 
 
 		 205 aa  62.8  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  31.38 
 
 		 719 aa  62.8  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.1 
 
 		 719 aa  61.2  0.00000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.74 
 
 		 218 aa  60.8  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  29.78 
 
 		 616 aa  60.5  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2250  hypothetical protein  29.38 
 
 		 242 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  27.01 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  26.16 
 
 		 1421 aa  60.1  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  25.37 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  33.33 
 
 		 617 aa  60.5  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  28.36 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  23.46 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 		 731 aa  58.9  0.00000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  27.37 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.55 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  25.42 
 
 		 1432 aa  57  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  27.57 
 
 		 1435 aa  57  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.46 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  27.17 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.46 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 236 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  28.95 
 
 		 237 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  25.95 
 
 		 1433 aa  55.5  0.0000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  25.95 
 
 		 970 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  26.01 
 
 		 1433 aa  54.7  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.7 
 
 		 721 aa  55.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0089  exonuclease  28.16 
 
 		 233 aa  54.7  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.289343 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  33.52 
 
 		 207 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  32.18 
 
 		 584 aa  55.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 		 207 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.86 
 
 		 722 aa  54.7  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3347  exonuclease  31.36 
 
 		 233 aa  54.7  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  25.95 
 
 		 1433 aa  54.7  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 236 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  26.67 
 
 		 235 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0689  DNA polymerase III catalytic subunit, PolC type  27.75 
 
 		 1437 aa  53.9  0.000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  25.95 
 
 		 1433 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.65 
 
 		 236 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.47 
 
 		 187 aa  54.7  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.25 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  25.95 
 
 		 1433 aa  54.3  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  25.43 
 
 		 1433 aa  53.5  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  25.43 
 
 		 1433 aa  53.5  0.000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  25.43 
 
 		 1433 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  25.43 
 
 		 1433 aa  53.5  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  22.7 
 
 		 228 aa  53.9  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  25.43 
 
 		 1433 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  25.7 
 
 		 1426 aa  53.5  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.86 
 
 		 1444 aa  53.1  0.000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  25.84 
 
 		 1365 aa  52.4  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.9 
 
 		 232 aa  52.4  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  24.71 
 
 		 1436 aa  52.4  0.000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 498 aa  52.4  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  24.71 
 
 		 1438 aa  52.4  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  24.71 
 
 		 1438 aa  52.4  0.000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2302  UvrD/REP helicase  29.77 
 
 		 829 aa  52  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.556709  normal  0.916479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>