111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_0318 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_0318  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 267 aa  513  1e-144  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.47 
 
 		 238 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.36 
 
 		 706 aa  70.1  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.33 
 
 		 233 aa  69.7  0.00000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.7 
 
 		 731 aa  70.1  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.7 
 
 		 232 aa  69.3  0.00000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2493  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.57 
 
 		 251 aa  68.9  0.00000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  28.44 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  28.24 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.05 
 
 		 769 aa  68.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  28.5 
 
 		 222 aa  66.2  0.0000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.67 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0553  DNA polymerase III subunit epsilon  28.95 
 
 		 201 aa  65.5  0.0000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000164562 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.73 
 
 		 244 aa  63.5  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  22.49 
 
 		 203 aa  62  0.000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.77 
 
 		 233 aa  62  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0391  DNA polymerase III subunit epsilon  26.6 
 
 		 203 aa  60.8  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0160447 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  30.23 
 
 		 207 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  31.16 
 
 		 719 aa  60.1  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.23 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  26.17 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05890  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.04 
 
 		 240 aa  59.3  0.00000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  27.75 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.51 
 
 		 239 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 		 719 aa  58.5  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 721 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  26.27 
 
 		 616 aa  57.4  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  26.55 
 
 		 239 aa  57  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0437  DNA polymerase III subunit epsilon  30.73 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1452  DNA polymerase III subunit epsilon  23.08 
 
 		 205 aa  55.8  0.0000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.11 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4151  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 		 729 aa  55.8  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.488762 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  27.14 
 
 		 220 aa  55.8  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  24.89 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  28.77 
 
 		 205 aa  55.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  26.79 
 
 		 240 aa  55.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  30.48 
 
 		 239 aa  55.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.77 
 
 		 218 aa  55.5  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.04 
 
 		 206 aa  55.1  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  30.48 
 
 		 236 aa  54.7  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1893  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 		 208 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598016  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.27 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4098  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.37 
 
 		 233 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.63 
 
 		 213 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.33 
 
 		 200 aa  53.9  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  24.89 
 
 		 707 aa  53.5  0.000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  29.67 
 
 		 212 aa  53.5  0.000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  28.1 
 
 		 216 aa  53.5  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.29 
 
 		 236 aa  53.1  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  28.91 
 
 		 200 aa  53.1  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.94 
 
 		 205 aa  53.1  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0633  DNA polymerase III subunit epsilon  29.66 
 
 		 209 aa  52.4  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0470  exonuclease, putative  42.67 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4703  exonuclease  42.67 
 
 		 237 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.205144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.21 
 
 		 236 aa  51.6  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  36.11 
 
 		 239 aa  52  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  27.82 
 
 		 249 aa  51.6  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.46 
 
 		 722 aa  51.2  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  27.48 
 
 		 729 aa  51.2  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.31 
 
 		 200 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.86 
 
 		 200 aa  50.8  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22380  DNA polymerase III subunit epsilon  26.57 
 
 		 208 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000013182 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  25.62 
 
 		 236 aa  50.4  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  37.21 
 
 		 298 aa  50.1  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4849  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.74 
 
 		 236 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.56 
 
 		 232 aa  50.4  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  28.18 
 
 		 248 aa  50.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 		 595 aa  49.7  0.00005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.98 
 
 		 230 aa  48.9  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.32 
 
 		 232 aa  48.9  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  25.52 
 
 		 240 aa  48.1  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  30.38 
 
 		 251 aa  47.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2226  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.74 
 
 		 498 aa  47.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.96 
 
 		 200 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  32.35 
 
 		 210 aa  48.1  0.0002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  23.04 
 
 		 714 aa  47  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.96 
 
 		 200 aa  47  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.45 
 
 		 960 aa  47.4  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  27.23 
 
 		 584 aa  46.6  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0381  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.38 
 
 		 236 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.738013  normal  0.331802 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5186  exonuclease  36.25 
 
 		 235 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.229542  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  27.91 
 
 		 236 aa  46.2  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0353  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.8 
 
 		 236 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.970254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0379  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.8 
 
 		 236 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.747837  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.79 
 
 		 233 aa  46.2  0.0006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  25.35 
 
 		 235 aa  45.8  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  25.66 
 
 		 210 aa  45.8  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  26.32 
 
 		 209 aa  45.8  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  35.56 
 
 		 332 aa  45.8  0.0008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  35.56 
 
 		 332 aa  45.4  0.0009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1120  DNA polymerase III subunit epsilon  22.38 
 
 		 207 aa  45.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  24.53 
 
 		 209 aa  45.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 		 247 aa  45.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.39 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  37.88 
 
 		 570 aa  44.3  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  26.32 
 
 		 584 aa  44.7  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  29.69 
 
 		 238 aa  43.5  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  27.62 
 
 		 240 aa  43.9  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1848  DNA-directed DNA polymerase  27.83 
 
 		 233 aa  43.5  0.003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  34.12 
 
 		 298 aa  43.5  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>