More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3054 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 298 aa  608  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  90.6 
 
 		 298 aa  566  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  65.48 
 
 		 296 aa  360  1e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.48 
 
 		 299 aa  360  2e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  50.72 
 
 		 276 aa  288  8e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  47.92 
 
 		 326 aa  273  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  47.75 
 
 		 308 aa  272  6e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  47.22 
 
 		 326 aa  267  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  48.63 
 
 		 332 aa  266  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  48.63 
 
 		 332 aa  266  4e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  47.92 
 
 		 326 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  46.49 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.44 
 
 		 296 aa  239  5e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.95 
 
 		 302 aa  219  5e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.62 
 
 		 296 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.6 
 
 		 312 aa  207  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.07 
 
 		 302 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.94 
 
 		 298 aa  198  7.999999999999999e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.13 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  36.21 
 
 		 293 aa  174  9.999999999999999e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.43 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.49 
 
 		 291 aa  152  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.84 
 
 		 276 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.39 
 
 		 1440 aa  80.5  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.48 
 
 		 769 aa  74.7  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.94 
 
 		 205 aa  72.8  0.000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  30.6 
 
 		 1397 aa  67.8  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.82 
 
 		 475 aa  68.2  0.0000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  33.66 
 
 		 566 aa  68.2  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.8 
 
 		 952 aa  67  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 595 aa  67.4  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.43 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 978 aa  66.2  0.0000000006  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.6 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.7 
 
 		 270 aa  65.9  0.0000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.26 
 
 		 1367 aa  65.9  0.0000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.26 
 
 		 1367 aa  65.5  0.0000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  32.45 
 
 		 578 aa  65.1  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  24.65 
 
 		 259 aa  65.5  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  35.08 
 
 		 601 aa  65.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.51 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.13 
 
 		 208 aa  64.7  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  23.28 
 
 		 259 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 		 219 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  24.19 
 
 		 259 aa  64.3  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.34 
 
 		 442 aa  63.9  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.7 
 
 		 280 aa  63.9  0.000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.69 
 
 		 731 aa  63.9  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  33.83 
 
 		 570 aa  63.9  0.000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.15 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 		 315 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.6 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 		 453 aa  63.2  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.7 
 
 		 205 aa  63.2  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.68 
 
 		 1449 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.68 
 
 		 1449 aa  63.2  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  34.09 
 
 		 1426 aa  62.8  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  29.14 
 
 		 1407 aa  62.8  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.6 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.9 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  30.23 
 
 		 1421 aa  62.8  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  29.11 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.3 
 
 		 236 aa  61.6  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  29.11 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  30.72 
 
 		 457 aa  61.6  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.94 
 
 		 590 aa  62  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.92 
 
 		 449 aa  62  0.00000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.64 
 
 		 715 aa  62  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  33.13 
 
 		 203 aa  61.2  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  33.89 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.24 
 
 		 721 aa  61.6  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  26.63 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 		 659 aa  61.2  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  29.11 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  29.11 
 
 		 315 aa  60.8  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.5 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  35.84 
 
 		 222 aa  60.5  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.75 
 
 		 609 aa  60.1  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  31.1 
 
 		 613 aa  59.7  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  36.31 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  29.27 
 
 		 1433 aa  59.7  0.00000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 706 aa  60.1  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.79 
 
 		 605 aa  59.7  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  26.4 
 
 		 1465 aa  59.3  0.00000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  29.21 
 
 		 574 aa  59.3  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  27.75 
 
 		 307 aa  59.3  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.39 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.39 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  31.76 
 
 		 1433 aa  58.9  0.00000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 		 574 aa  58.9  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  37.25 
 
 		 1402 aa  58.9  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.54 
 
 		 719 aa  58.9  0.00000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  32.46 
 
 		 551 aa  58.5  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.88 
 
 		 695 aa  58.5  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>