236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0449 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 303 aa  617  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  38.19 
 
 		 326 aa  185  9e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.33 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  36.46 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  37.02 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  34.9 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  34.9 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.59 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  37.35 
 
 		 276 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.54 
 
 		 299 aa  175  9e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  35.69 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  35.31 
 
 		 332 aa  165  6.9999999999999995e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.14 
 
 		 296 aa  162  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.88 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.92 
 
 		 291 aa  159  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.23 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  33.45 
 
 		 298 aa  155  9e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  32.43 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  34.77 
 
 		 296 aa  151  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  33.45 
 
 		 293 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.16 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.77 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.02 
 
 		 276 aa  67  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  36.59 
 
 		 590 aa  65.1  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.75 
 
 		 659 aa  65.1  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.52 
 
 		 978 aa  62  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.5 
 
 		 565 aa  62  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  26.29 
 
 		 1043 aa  60.5  0.00000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  23.17 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.73 
 
 		 203 aa  60.1  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  32.39 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.17 
 
 		 453 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  37.25 
 
 		 1426 aa  58.5  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.84 
 
 		 1367 aa  57  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.05 
 
 		 479 aa  57  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.14 
 
 		 252 aa  57  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.84 
 
 		 1367 aa  57  0.0000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.32 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  34.27 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  22.91 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.42 
 
 		 547 aa  56.2  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  27.06 
 
 		 1440 aa  55.8  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  23.4 
 
 		 270 aa  55.8  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 		 595 aa  55.5  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  28.98 
 
 		 299 aa  55.5  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  31.58 
 
 		 613 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.3 
 
 		 230 aa  53.9  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07261  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.81 
 
 		 245 aa  53.9  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0995992 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 		 240 aa  53.9  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.46 
 
 		 921 aa  53.9  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 		 315 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.72 
 
 		 211 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.24 
 
 		 240 aa  53.5  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.04 
 
 		 237 aa  53.9  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.39 
 
 		 475 aa  53.1  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.9 
 
 		 280 aa  53.1  0.000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 		 695 aa  52.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  29.28 
 
 		 695 aa  52.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.54 
 
 		 695 aa  52.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 966 aa  52.8  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  33.09 
 
 		 1397 aa  52.4  0.000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.72 
 
 		 203 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  32.32 
 
 		 315 aa  51.6  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  34.91 
 
 		 389 aa  52  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  32.32 
 
 		 315 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 		 204 aa  52  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  34.95 
 
 		 242 aa  52.4  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  32.32 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.27 
 
 		 238 aa  52  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  32.32 
 
 		 315 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  28.72 
 
 		 217 aa  51.2  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  28.64 
 
 		 204 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  32.32 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 		 204 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 921 aa  51.6  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.79 
 
 		 482 aa  51.6  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  31.52 
 
 		 227 aa  51.6  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  32.32 
 
 		 315 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.11 
 
 		 230 aa  51.6  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.15 
 
 		 224 aa  51.2  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2739  ribonuclease T  28.21 
 
 		 222 aa  50.8  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000161836  hitchhiker  0.000451945 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.24 
 
 		 240 aa  50.8  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  32.08 
 
 		 379 aa  50.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1501  DNA-directed DNA polymerase  29.94 
 
 		 267 aa  50.4  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0237591 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.46 
 
 		 196 aa  50.4  0.00003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  31.93 
 
 		 566 aa  50.8  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.88 
 
 		 205 aa  50.4  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  32.76 
 
 		 574 aa  50.4  0.00004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  32.32 
 
 		 315 aa  50.1  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.4 
 
 		 707 aa  50.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  31.31 
 
 		 315 aa  50.1  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  31.31 
 
 		 315 aa  50.1  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  28.9 
 
 		 986 aa  50.1  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 		 199 aa  50.1  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  34.34 
 
 		 1433 aa  50.1  0.00005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.56 
 
 		 201 aa  49.3  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  32.76 
 
 		 719 aa  49.7  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  26.55 
 
 		 720 aa  49.3  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.27 
 
 		 225 aa  48.9  0.00009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.46 
 
 		 321 aa  49.3  0.00009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>