More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5270 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
308 aa  629  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  74.23 
 
 
326 aa  460  9.999999999999999e-129  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  72.49 
 
 
326 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  73.05 
 
 
326 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  63.82 
 
 
332 aa  378  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  63.82 
 
 
332 aa  377  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  64.07 
 
 
332 aa  364  1e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  47.75 
 
 
298 aa  272  7e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  48 
 
 
276 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  46.02 
 
 
298 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.9 
 
 
299 aa  254  1.0000000000000001e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  46.59 
 
 
296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.17 
 
 
296 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.21 
 
 
302 aa  209  7e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.61 
 
 
312 aa  208  9e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.29 
 
 
296 aa  202  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.46 
 
 
302 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.57 
 
 
304 aa  186  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.48 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.69 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.53 
 
 
291 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  30.45 
 
 
293 aa  143  4e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.44 
 
 
292 aa  79  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.53 
 
 
276 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.52 
 
 
292 aa  78.2  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.88 
 
 
321 aa  75.9  0.0000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  31.4 
 
 
1426 aa  75.5  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.49 
 
 
270 aa  73.2  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07261  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.02 
 
 
245 aa  72.4  0.000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0995992 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  33.16 
 
 
1440 aa  71.2  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 
259 aa  71.6  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 
259 aa  70.5  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  30.99 
 
 
287 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  33.33 
 
 
578 aa  68.6  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.8 
 
 
259 aa  68.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.13 
 
 
280 aa  66.6  0.0000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  28.51 
 
 
1421 aa  66.2  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  42.16 
 
 
1397 aa  65.5  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.58 
 
 
978 aa  65.1  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.92 
 
 
595 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  25.35 
 
 
307 aa  65.1  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  30.43 
 
 
1433 aa  65.1  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  32.72 
 
 
1449 aa  64.7  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  32.72 
 
 
1449 aa  64.7  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.81 
 
 
570 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 
481 aa  64.3  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  36.73 
 
 
1527 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.9 
 
 
1442 aa  62.8  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  29.51 
 
 
574 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.93 
 
 
715 aa  61.6  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  31.25 
 
 
1407 aa  61.2  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.68 
 
 
605 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.44 
 
 
205 aa  60.8  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  35.38 
 
 
613 aa  60.8  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  41 
 
 
530 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  39.18 
 
 
1362 aa  59.7  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  25.47 
 
 
315 aa  59.7  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  37.25 
 
 
560 aa  59.7  0.00000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  32.18 
 
 
617 aa  59.7  0.00000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  35.54 
 
 
1367 aa  59.7  0.00000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  35.54 
 
 
1367 aa  59.7  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  35.35 
 
 
986 aa  58.5  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4217  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.59 
 
 
302 aa  58.5  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.77511  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  27.33 
 
 
315 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.23 
 
 
196 aa  58.9  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.22 
 
 
300 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  39.6 
 
 
530 aa  57.8  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  30.41 
 
 
227 aa  58.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
315 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 
609 aa  57.4  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
315 aa  57.4  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.98 
 
 
921 aa  57.4  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.39 
 
 
219 aa  57.4  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 
934 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 
934 aa  57  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 
934 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 
934 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  36.63 
 
 
584 aa  57  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 
934 aa  56.6  0.0000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.78 
 
 
595 aa  56.6  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 
934 aa  56.6  0.0000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.51 
 
 
934 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000649538  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  40.4 
 
 
590 aa  56.2  0.0000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
315 aa  56.2  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  27.16 
 
 
315 aa  56.2  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  28.42 
 
 
1465 aa  55.8  0.0000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.14 
 
 
1390 aa  55.8  0.0000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  32.74 
 
 
630 aa  55.8  0.0000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  32.74 
 
 
630 aa  55.8  0.0000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  38.46 
 
 
630 aa  55.8  0.0000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.77 
 
 
944 aa  55.5  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  24.53 
 
 
315 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  24.53 
 
 
315 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.64 
 
 
565 aa  55.5  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  39.39 
 
 
379 aa  55.5  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  28.9 
 
 
578 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  23.75 
 
 
315 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  30.26 
 
 
585 aa  55.1  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
315 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  31.74 
 
 
584 aa  54.7  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>