More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3376 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 326 aa  674    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  74.23 
 
 		 308 aa  460  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  66.15 
 
 		 326 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  64.71 
 
 		 326 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  58.01 
 
 		 332 aa  378  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  59.33 
 
 		 332 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  58.41 
 
 		 332 aa  361  8e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  47.92 
 
 		 298 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  51.59 
 
 		 276 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  46.88 
 
 		 298 aa  269  4e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  50.18 
 
 		 296 aa  253  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.02 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.33 
 
 		 296 aa  243  3e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.91 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.09 
 
 		 312 aa  203  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.12 
 
 		 302 aa  202  9e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.78 
 
 		 302 aa  196  7e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.76 
 
 		 298 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.02 
 
 		 303 aa  184  3e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.67 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.19 
 
 		 291 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  34.36 
 
 		 293 aa  156  4e-37  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.18 
 
 		 292 aa  75.5  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.08 
 
 		 276 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07261  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.95 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0995992 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 		 292 aa  73.2  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.48 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.7 
 
 		 280 aa  72  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 270 aa  72  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.55 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  26.32 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.33 
 
 		 481 aa  69.3  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 		 259 aa  68.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.78 
 
 		 259 aa  68.9  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.22 
 
 		 978 aa  66.2  0.0000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  32.35 
 
 		 1426 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  35.14 
 
 		 1440 aa  65.1  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0012  DNA polymerase III fragment  33.13 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  40.2 
 
 		 1397 aa  63.9  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 		 205 aa  63.5  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.71 
 
 		 1449 aa  63.2  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.71 
 
 		 1449 aa  63.2  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.38 
 
 		 300 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.39 
 
 		 578 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.7 
 
 		 1367 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.7 
 
 		 1367 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.17 
 
 		 595 aa  60.5  0.00000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  30.91 
 
 		 1407 aa  60.5  0.00000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.18 
 
 		 1433 aa  60.5  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  26.07 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  34.43 
 
 		 1365 aa  59.3  0.00000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  24.17 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 219 aa  58.5  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  27.78 
 
 		 1421 aa  58.5  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.62 
 
 		 530 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  31.93 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.73 
 
 		 240 aa  58.5  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  25.12 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  24.17 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  25.12 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  27.38 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  37.62 
 
 		 530 aa  57.8  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.55 
 
 		 715 aa  57.4  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.54 
 
 		 247 aa  57  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.22 
 
 		 240 aa  57  0.0000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.74 
 
 		 595 aa  57  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  29.34 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  30.94 
 
 		 603 aa  57  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 944 aa  56.6  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  32.74 
 
 		 590 aa  56.2  0.0000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  33.33 
 
 		 560 aa  56.6  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  33.67 
 
 		 1527 aa  56.2  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.37 
 
 		 235 aa  56.2  0.0000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  37.11 
 
 		 1362 aa  56.2  0.0000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  35.35 
 
 		 986 aa  55.8  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 		 315 aa  55.8  0.0000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  29.7 
 
 		 1390 aa  55.5  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  24.64 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  24.64 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 205 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  27.38 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  29.3 
 
 		 578 aa  55.5  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 		 205 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  35 
 
 		 574 aa  54.7  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.56 
 
 		 930 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 		 378 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  27.27 
 
 		 570 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0928  hypothetical protein  32.53 
 
 		 228 aa  54.7  0.000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.318352 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.49 
 
 		 240 aa  55.1  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  28.18 
 
 		 1442 aa  54.7  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.59 
 
 		 212 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.59 
 
 		 212 aa  54.7  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.67 
 
 		 966 aa  53.9  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.95 
 
 		 252 aa  54.3  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.01 
 
 		 449 aa  53.9  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.59 
 
 		 212 aa  53.9  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  33.96 
 
 		 584 aa  53.9  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  39 
 
 		 453 aa  53.1  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  38.54 
 
 		 379 aa  53.5  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>