122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_1142 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 280 aa  560  1.0000000000000001e-159  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  66.43 
 
 		 307 aa  366  1e-100  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  64.29 
 
 		 321 aa  352  5e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07261  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  66.22 
 
 		 245 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.0995992 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  62.72 
 
 		 292 aa  319  3.9999999999999996e-86  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  61.4 
 
 		 292 aa  316  3e-85  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  52.49 
 
 		 270 aa  270  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  52.75 
 
 		 259 aa  269  4e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  51.38 
 
 		 259 aa  266  2.9999999999999995e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  50.92 
 
 		 259 aa  263  2e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0261  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.47 
 
 		 237 aa  85.5  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  26.14 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  26.14 
 
 		 332 aa  73.9  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  26.7 
 
 		 326 aa  72  0.000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.09 
 
 		 302 aa  72.4  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.14 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.09 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  25.89 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  26.27 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  26.13 
 
 		 308 aa  66.6  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  26.27 
 
 		 326 aa  66.6  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  26.99 
 
 		 298 aa  65.1  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  28.7 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2247  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.11 
 
 		 252 aa  60.1  0.00000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000477719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.46 
 
 		 276 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.98 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 		 240 aa  57.4  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  24.58 
 
 		 276 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.75 
 
 		 228 aa  57  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.14 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.71 
 
 		 228 aa  55.5  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.64 
 
 		 240 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  24.53 
 
 		 228 aa  54.3  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  26.49 
 
 		 1440 aa  53.5  0.000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  24.9 
 
 		 303 aa  53.1  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  26.92 
 
 		 1367 aa  52.8  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  26.92 
 
 		 1367 aa  52.4  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.67 
 
 		 296 aa  52.4  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  27.31 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0928  hypothetical protein  29.19 
 
 		 228 aa  52  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.318352 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  24.87 
 
 		 217 aa  51.2  0.00002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  28.57 
 
 		 320 aa  51.6  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  26.48 
 
 		 296 aa  50.8  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0823  DNA polymerase III subunit epsilon  25.58 
 
 		 250 aa  50.1  0.00004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.167011  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  33.96 
 
 		 232 aa  50.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  30.36 
 
 		 242 aa  49.7  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  33.96 
 
 		 232 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  33.96 
 
 		 232 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  33.96 
 
 		 232 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  33.96 
 
 		 232 aa  50.1  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.16 
 
 		 203 aa  49.7  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.11 
 
 		 226 aa  49.7  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2580  exodeoxyribonuclease X  31.85 
 
 		 220 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.345038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1788  exodeoxyribonuclease X  31.85 
 
 		 220 aa  49.3  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0941 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1400  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.58 
 
 		 222 aa  48.9  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2120  exodeoxyribonuclease X  31.85 
 
 		 220 aa  49.3  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1798  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.85 
 
 		 220 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1935  exodeoxyribonuclease X  31.85 
 
 		 220 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2074  exodeoxyribonuclease X  31.85 
 
 		 220 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1342  exodeoxyribonuclease X  31.85 
 
 		 220 aa  48.9  0.00009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214775 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.16 
 
 		 205 aa  48.9  0.00009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01815  exodeoxyribonuclease X  31.85 
 
 		 220 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  32.18 
 
 		 551 aa  48.5  0.0001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01803  hypothetical protein  31.85 
 
 		 220 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  22.94 
 
 		 228 aa  47.8  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.8 
 
 		 304 aa  48.1  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  27.59 
 
 		 226 aa  47.4  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.89 
 
 		 731 aa  47.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 208 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  25.15 
 
 		 223 aa  47.4  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2858  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 198 aa  47  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 208 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 208 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.14 
 
 		 296 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.67 
 
 		 769 aa  47  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 208 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  27.42 
 
 		 232 aa  46.6  0.0005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  24.32 
 
 		 315 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.97 
 
 		 721 aa  46.2  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.41 
 
 		 233 aa  46.6  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 		 595 aa  46.6  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  25 
 
 		 1433 aa  46.6  0.0005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.61 
 
 		 230 aa  45.8  0.0008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  23.21 
 
 		 228 aa  45.8  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.71 
 
 		 212 aa  45.8  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  24.16 
 
 		 315 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 		 722 aa  45.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  22.49 
 
 		 228 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.63 
 
 		 706 aa  45.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.19 
 
 		 610 aa  45.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  26.95 
 
 		 228 aa  44.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  23.73 
 
 		 315 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.42 
 
 		 930 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.42 
 
 		 233 aa  44.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  25.28 
 
 		 299 aa  44.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  30.83 
 
 		 168 aa  44.3  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  23.53 
 
 		 228 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  24.03 
 
 		 181 aa  43.9  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.83 
 
 		 234 aa  43.9  0.003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 		 719 aa  43.9  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.457713 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>