More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_1400 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_1400  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
222 aa  435  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1018  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  75.12 
 
 
222 aa  288  6e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0588  putative exonuclease  42.57 
 
 
224 aa  156  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0626  exonuclease, putative  42.57 
 
 
224 aa  156  2e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0689924  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  41.04 
 
 
242 aa  96.3  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.99 
 
 
243 aa  95.1  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.15 
 
 
237 aa  94.7  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3993  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.42 
 
 
238 aa  90.9  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0718563  normal  0.0295208 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2284  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.8 
 
 
240 aa  87.8  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 
235 aa  86.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.84 
 
 
230 aa  86.3  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  32.02 
 
 
236 aa  85.1  8e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  35.84 
 
 
242 aa  84.3  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
232 aa  84.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.23 
 
 
234 aa  83.6  0.000000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 
234 aa  83.2  0.000000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.26 
 
 
233 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  32.78 
 
 
244 aa  83.2  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  33.52 
 
 
254 aa  82  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  33.52 
 
 
254 aa  82  0.000000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  33.52 
 
 
254 aa  82  0.000000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  34.24 
 
 
244 aa  81.6  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  35.06 
 
 
236 aa  81.3  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  37.36 
 
 
231 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  32.22 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
245 aa  80.5  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.66 
 
 
228 aa  80.5  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  32.22 
 
 
245 aa  79.7  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  38.64 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
237 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
237 aa  79.7  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  33.89 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.89 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  33.89 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  33.89 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  33.89 
 
 
246 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  33.89 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  33.89 
 
 
246 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  33.89 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  33.89 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  36 
 
 
239 aa  79.3  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
246 aa  79  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
246 aa  79  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
246 aa  78.6  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
246 aa  79  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
246 aa  79  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 
234 aa  78.2  0.00000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  37.5 
 
 
234 aa  78.2  0.00000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.02 
 
 
257 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  34.46 
 
 
246 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
259 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.09 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  36.57 
 
 
244 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  32.31 
 
 
252 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  31.67 
 
 
245 aa  76.3  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.6 
 
 
239 aa  76.3  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  33.5 
 
 
229 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 
231 aa  75.5  0.0000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  33 
 
 
229 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  34.86 
 
 
241 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.58 
 
 
236 aa  74.7  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  35.63 
 
 
242 aa  74.3  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  31.15 
 
 
243 aa  74.3  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  32.02 
 
 
252 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.03 
 
 
236 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
252 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.03 
 
 
231 aa  73.9  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  33 
 
 
241 aa  73.6  0.000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
252 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  34.86 
 
 
249 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.03 
 
 
238 aa  73.2  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  34.5 
 
 
244 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.26 
 
 
240 aa  72.8  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.52 
 
 
237 aa  72.8  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  32.32 
 
 
230 aa  72.8  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  29.23 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  32.31 
 
 
240 aa  72.4  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
242 aa  72.4  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
242 aa  72  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
254 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.12 
 
 
240 aa  71.6  0.000000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.4 
 
 
267 aa  71.6  0.000000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  34.09 
 
 
244 aa  71.6  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
240 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
230 aa  70.9  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
240 aa  71.2  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  34.1 
 
 
253 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 
238 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.16 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.56 
 
 
236 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>