More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1236 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  99.56 
 
 		 229 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  100 
 
 		 229 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  92.14 
 
 		 237 aa  409  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  71.68 
 
 		 230 aa  331  5e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  68.56 
 
 		 231 aa  324  8.000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.71 
 
 		 243 aa  315  4e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  64.56 
 
 		 239 aa  275  4e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  63 
 
 		 228 aa  273  2.0000000000000002e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.33 
 
 		 231 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  60 
 
 		 235 aa  264  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.78 
 
 		 232 aa  259  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.89 
 
 		 239 aa  258  4e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.51 
 
 		 236 aa  257  1e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  60.78 
 
 		 230 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.44 
 
 		 231 aa  252  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.26 
 
 		 239 aa  251  9.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.19 
 
 		 231 aa  248  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  52.5 
 
 		 245 aa  242  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  55.56 
 
 		 242 aa  241  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.42 
 
 		 232 aa  239  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  53.85 
 
 		 234 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  53.85 
 
 		 234 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  55.56 
 
 		 231 aa  238  6.999999999999999e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.52 
 
 		 240 aa  237  1e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.09 
 
 		 238 aa  236  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  53.04 
 
 		 236 aa  236  3e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  50.21 
 
 		 240 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.91 
 
 		 238 aa  232  5e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.07 
 
 		 236 aa  228  5e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.84 
 
 		 240 aa  228  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.93 
 
 		 241 aa  228  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.53 
 
 		 238 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.5 
 
 		 236 aa  225  4e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.34 
 
 		 230 aa  220  9.999999999999999e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.29 
 
 		 234 aa  218  6e-56  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0108  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.09 
 
 		 231 aa  218  7.999999999999999e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.223432  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.65 
 
 		 238 aa  217  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  52.17 
 
 		 242 aa  213  2.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.72 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.4 
 
 		 231 aa  209  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.84 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0028  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.36 
 
 		 237 aa  206  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.73 
 
 		 243 aa  206  2e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0506  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  44.3 
 
 		 239 aa  204  7e-52  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.021444  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.7 
 
 		 236 aa  204  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.55 
 
 		 243 aa  202  4e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.25 
 
 		 248 aa  202  5e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.25 
 
 		 248 aa  202  5e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.37 
 
 		 230 aa  200  1.9999999999999998e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.56 
 
 		 237 aa  199  1.9999999999999998e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.21 
 
 		 225 aa  199  3e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.78 
 
 		 253 aa  199  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.98 
 
 		 232 aa  198  3.9999999999999996e-50  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  46.98 
 
 		 236 aa  198  5e-50  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  45.96 
 
 		 246 aa  197  2.0000000000000003e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.58 
 
 		 237 aa  196  3e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  44.04 
 
 		 233 aa  194  7e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  44.04 
 
 		 233 aa  194  8.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.23 
 
 		 226 aa  194  8.000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.07 
 
 		 239 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  45.53 
 
 		 254 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.25 
 
 		 232 aa  192  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  45.53 
 
 		 254 aa  193  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  45.53 
 
 		 254 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.64 
 
 		 231 aa  192  3e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  45.11 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.93 
 
 		 257 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  45.11 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  45.11 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  45.11 
 
 		 246 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  45.9 
 
 		 244 aa  192  5e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  44.68 
 
 		 246 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.68 
 
 		 246 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  44.68 
 
 		 243 aa  189  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  44.68 
 
 		 246 aa  189  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  44.68 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  44.68 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.07 
 
 		 234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  44.68 
 
 		 243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.97 
 
 		 242 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  43.46 
 
 		 245 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  45.83 
 
 		 246 aa  188  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  45.83 
 
 		 246 aa  188  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  44.26 
 
 		 243 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  44.26 
 
 		 246 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  44.26 
 
 		 243 aa  188  5.999999999999999e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0845  DNA polymerase III subunit epsilon  48.91 
 
 		 243 aa  188  5.999999999999999e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.13 
 
 		 267 aa  188  7e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  45.87 
 
 		 252 aa  188  7e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  47.53 
 
 		 239 aa  188  7e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  45.34 
 
 		 245 aa  187  9e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.64 
 
 		 243 aa  187  1e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.97 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  48.54 
 
 		 252 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  44.92 
 
 		 245 aa  186  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.87 
 
 		 234 aa  187  2e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.44 
 
 		 228 aa  186  2e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  46.4 
 
 		 244 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  42.92 
 
 		 252 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  46.67 
 
 		 239 aa  185  5e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>