More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg2_3939 on replicon NC_011369
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_3939  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 		 245 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.945097  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4265  DNA polymerase III subunit epsilon  90 
 
 		 240 aa  447  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.434115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3213  DNA polymerase III subunit epsilon  73.84 
 
 		 242 aa  363  2e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  67.37 
 
 		 236 aa  342  2.9999999999999997e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  64.41 
 
 		 231 aa  310  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  61.09 
 
 		 234 aa  301  7.000000000000001e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  61.09 
 
 		 234 aa  301  7.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  63.4 
 
 		 242 aa  283  1.0000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.12 
 
 		 236 aa  253  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.27 
 
 		 234 aa  247  1e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1278  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.03 
 
 		 238 aa  246  2e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1033  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.63 
 
 		 238 aa  244  8e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0785928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0297  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.16 
 
 		 231 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3448  DNA polymerase III subunit epsilon  54.04 
 
 		 230 aa  241  7e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0303  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.83 
 
 		 232 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0398  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.63 
 
 		 231 aa  240  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.542302 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2673  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.17 
 
 		 237 aa  236  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.510131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0423  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.05 
 
 		 231 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0158  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.05 
 
 		 232 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.14 
 
 		 235 aa  235  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.42 
 
 		 239 aa  233  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0105  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.41 
 
 		 239 aa  232  5e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0597936 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1236  putative DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease  52.5 
 
 		 229 aa  230  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2897  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.5 
 
 		 229 aa  230  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0541355  normal  0.417902 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2858  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.6 
 
 		 243 aa  229  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.629828  normal  0.501512 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.3 
 
 		 239 aa  229  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1831  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.2 
 
 		 240 aa  228  5e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0389617 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1251  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.48 
 
 		 228 aa  223  2e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.92 
 
 		 236 aa  221  6e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.93 
 
 		 241 aa  221  8e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  50 
 
 		 230 aa  220  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0113  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.05 
 
 		 230 aa  219  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.52 
 
 		 236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4282  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.77 
 
 		 240 aa  218  8.999999999999998e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0555283 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.96 
 
 		 231 aa  217  2e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.43 
 
 		 231 aa  210  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  56.61 
 
 		 244 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  58.86 
 
 		 244 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  58.86 
 
 		 244 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2978  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.61 
 
 		 230 aa  195  5.000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1161  DNA polymerase III subunit epsilon  57.71 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.383588  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  57.71 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  57.71 
 
 		 244 aa  192  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.31 
 
 		 239 aa  192  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.45 
 
 		 243 aa  192  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  57.71 
 
 		 249 aa  191  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  47.56 
 
 		 241 aa  191  1e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  57.14 
 
 		 244 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  54.86 
 
 		 244 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.12 
 
 		 243 aa  190  2e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.38 
 
 		 235 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  45.42 
 
 		 241 aa  188  5.999999999999999e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 		 240 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 		 253 aa  188  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 		 253 aa  188  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 		 253 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 		 240 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 		 253 aa  188  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  48.16 
 
 		 253 aa  188  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.7 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.61 
 
 		 237 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.7 
 
 		 248 aa  187  1e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2379  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.75 
 
 		 237 aa  186  2e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.19 
 
 		 237 aa  186  3e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.92 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.61 
 
 		 237 aa  186  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2828  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.5 
 
 		 234 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.37287  normal  0.103192 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  53.71 
 
 		 244 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  44.26 
 
 		 236 aa  184  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.26 
 
 		 232 aa  184  2.0000000000000003e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.03 
 
 		 236 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5011  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.62 
 
 		 238 aa  182  3e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.38 
 
 		 226 aa  182  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2148  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.41 
 
 		 235 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.356082  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.93 
 
 		 233 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.14 
 
 		 241 aa  181  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.68 
 
 		 237 aa  180  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.27 
 
 		 238 aa  180  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.35 
 
 		 239 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  44.63 
 
 		 240 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.81 
 
 		 231 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  46.89 
 
 		 238 aa  178  5.999999999999999e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  44.26 
 
 		 244 aa  177  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  52.87 
 
 		 242 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.44 
 
 		 243 aa  176  3e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2184  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.25 
 
 		 234 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0859486  normal  0.351489 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  54.4 
 
 		 238 aa  176  4e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  53.18 
 
 		 242 aa  175  5e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 243 aa  175  6e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.67 
 
 		 246 aa  175  6e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 243 aa  175  6e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 246 aa  175  6e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  43.67 
 
 		 243 aa  175  6e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 246 aa  175  6e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.44 
 
 		 257 aa  175  7e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 243 aa  175  7e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 243 aa  175  7e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 243 aa  175  7e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.9 
 
 		 243 aa  174  9e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 246 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>