More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2021 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
302 aa  620  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  97.68 
 
 
312 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.58 
 
 
302 aa  404  1e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  47.54 
 
 
304 aa  263  4e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  43.77 
 
 
276 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  42.21 
 
 
308 aa  209  7e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  39.73 
 
 
298 aa  205  7e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  40.07 
 
 
298 aa  204  1e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  39.12 
 
 
326 aa  202  8e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  40.77 
 
 
326 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  40.91 
 
 
326 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.91 
 
 
296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  38.69 
 
 
332 aa  185  8e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  38.69 
 
 
332 aa  185  9e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  39.24 
 
 
296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.64 
 
 
296 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  37.67 
 
 
332 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.21 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.88 
 
 
303 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.55 
 
 
291 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  33.56 
 
 
293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.46 
 
 
298 aa  133  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.65 
 
 
978 aa  84.7  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.29 
 
 
276 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.82 
 
 
259 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  30.13 
 
 
259 aa  77.8  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
292 aa  76.6  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  32.84 
 
 
1527 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
292 aa  75.5  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  25.97 
 
 
270 aa  74.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  30.17 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.39 
 
 
259 aa  74.7  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  32.94 
 
 
1421 aa  72.4  0.000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.09 
 
 
280 aa  72.4  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  32.76 
 
 
1402 aa  68.6  0.0000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  32.92 
 
 
1449 aa  67.8  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  32.92 
 
 
1449 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.62 
 
 
392 aa  67  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  28.99 
 
 
1465 aa  66.6  0.0000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.89 
 
 
481 aa  66.2  0.0000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.85 
 
 
921 aa  65.9  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.36 
 
 
565 aa  65.9  0.0000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  30.43 
 
 
217 aa  65.1  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  33.12 
 
 
530 aa  65.1  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0866  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.71 
 
 
375 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000243712  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  32.08 
 
 
168 aa  64.3  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4114  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
378 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000182264  normal  0.497527 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.35 
 
 
570 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 
208 aa  63.9  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
530 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  27.12 
 
 
1442 aa  63.5  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0878  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
375 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.628504  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07261  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.89 
 
 
245 aa  63.5  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.0995992 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.3 
 
 
219 aa  63.5  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 
208 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.65 
 
 
208 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.9 
 
 
398 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.65 
 
 
208 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  29.29 
 
 
307 aa  63.5  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.06 
 
 
208 aa  63.2  0.000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  31.14 
 
 
970 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  31.14 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  31.14 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  31.14 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  31.14 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  31.14 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  31.14 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0694  DNA polymerase III PolC  32.71 
 
 
1443 aa  62.8  0.000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0739447  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  33.55 
 
 
379 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
395 aa  62.4  0.000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  30.54 
 
 
1433 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
196 aa  62.4  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  31.01 
 
 
1426 aa  61.6  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
383 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.52 
 
 
211 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  28.39 
 
 
1433 aa  62  0.00000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
199 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
466 aa  61.2  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.54 
 
 
212 aa  60.8  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  27.48 
 
 
1447 aa  60.5  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.52 
 
 
952 aa  60.8  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.87 
 
 
476 aa  60.8  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0983  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  29.78 
 
 
1437 aa  60.8  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2815  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.4 
 
 
239 aa  60.5  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
203 aa  60.1  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  29.94 
 
 
1433 aa  60.1  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.66 
 
 
1367 aa  60.1  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.52 
 
 
201 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.66 
 
 
1367 aa  60.1  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.28 
 
 
205 aa  60.1  0.00000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 
214 aa  60.1  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0966  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
375 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153068  normal  0.250599 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0528  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
375 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0000485007  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  29.94 
 
 
1433 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1006  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.1 
 
 
375 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000140116  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.9 
 
 
203 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  38.38 
 
 
986 aa  59.3  0.00000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.72 
 
 
715 aa  59.3  0.00000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
234 aa  58.9  0.00000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.48 
 
 
240 aa  58.5  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>