More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6581 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 296 aa  593  1e-168  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  87.16 
 
 		 296 aa  482  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.76 
 
 		 298 aa  331  9e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.81 
 
 		 299 aa  256  3e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  51.42 
 
 		 296 aa  249  5e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  46.78 
 
 		 298 aa  246  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  48.93 
 
 		 276 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  47.33 
 
 		 326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  46.44 
 
 		 298 aa  239  5e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  45.3 
 
 		 326 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  46.34 
 
 		 326 aa  238  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  44.25 
 
 		 332 aa  229  6e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  44.25 
 
 		 332 aa  228  7e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  45.17 
 
 		 308 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  43.21 
 
 		 332 aa  207  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43 
 
 		 312 aa  197  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.91 
 
 		 302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.62 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.59 
 
 		 303 aa  176  4e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.59 
 
 		 304 aa  168  9e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.15 
 
 		 291 aa  162  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  33.56 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.78 
 
 		 276 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.47 
 
 		 565 aa  70.5  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.97 
 
 		 978 aa  68.9  0.00000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  33.15 
 
 		 1421 aa  65.9  0.0000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  41.05 
 
 		 1426 aa  65.1  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 		 944 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  26.75 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf732  DNA polymerase III PolC  34.51 
 
 		 1438 aa  63.9  0.000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  31.33 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  28.8 
 
 		 613 aa  63.5  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  37 
 
 		 921 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.76 
 
 		 952 aa  63.2  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 		 595 aa  63.2  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  26.75 
 
 		 315 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  26.75 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  26.75 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.86 
 
 		 659 aa  63.2  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  26.75 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  30.94 
 
 		 566 aa  62.8  0.000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  31.37 
 
 		 315 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  32.43 
 
 		 574 aa  62.4  0.000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 		 1367 aa  62  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 		 1367 aa  62  0.00000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  33.15 
 
 		 551 aa  62.4  0.00000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  26.11 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  26.11 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  34.45 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  40 
 
 		 560 aa  61.2  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.05 
 
 		 956 aa  61.2  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.05 
 
 		 259 aa  60.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.14 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.22 
 
 		 731 aa  60.8  0.00000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.94 
 
 		 934 aa  60.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.05 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  40 
 
 		 530 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.24 
 
 		 769 aa  60.1  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  30 
 
 		 603 aa  60.1  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  27.34 
 
 		 1465 aa  60.5  0.00000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  26.11 
 
 		 315 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3198  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.75 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.205342  normal  0.0244899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  30.77 
 
 		 578 aa  59.7  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.05 
 
 		 570 aa  59.7  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.09 
 
 		 270 aa  59.3  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  32.37 
 
 		 203 aa  59.3  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.64 
 
 		 292 aa  59.3  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.33 
 
 		 226 aa  59.3  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.57 
 
 		 259 aa  58.9  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  30.37 
 
 		 1043 aa  58.9  0.00000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  31.11 
 
 		 590 aa  58.9  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 		 610 aa  58.5  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  39.39 
 
 		 719 aa  58.9  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  28.41 
 
 		 720 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.47 
 
 		 715 aa  58.9  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  25.48 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.17 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.84 
 
 		 921 aa  58.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.68 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.35 
 
 		 605 aa  57.8  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.27 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  36.36 
 
 		 986 aa  57.8  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6889  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.83 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.796423  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  32.16 
 
 		 585 aa  57.4  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.43 
 
 		 695 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.68 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.22 
 
 		 909 aa  57.4  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.61 
 
 		 481 aa  57  0.0000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  33.09 
 
 		 695 aa  56.6  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.41 
 
 		 475 aa  56.6  0.0000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2225  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.09 
 
 		 695 aa  56.6  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.616046  normal  0.73747 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  32.12 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  34.74 
 
 		 1527 aa  55.8  0.0000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 		 321 aa  55.8  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  29.21 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  32.52 
 
 		 217 aa  55.1  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0914  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.46 
 
 		 395 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>