More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6601 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 		 296 aa  597  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  87.16 
 
 		 296 aa  525  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  68.14 
 
 		 298 aa  329  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.32 
 
 		 299 aa  255  5e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  50.53 
 
 		 296 aa  248  8e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  47.96 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  47.62 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  45.91 
 
 		 326 aa  239  5.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  47.31 
 
 		 276 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 332 aa  225  6e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  43.67 
 
 		 332 aa  225  7e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  43.55 
 
 		 326 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  44.29 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  42.16 
 
 		 326 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  42.86 
 
 		 332 aa  208  9e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.69 
 
 		 312 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.03 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.34 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.14 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.81 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  35.52 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.67 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 276 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  33.7 
 
 		 613 aa  72  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.57 
 
 		 565 aa  71.6  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1359  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.89 
 
 		 978 aa  70.5  0.00000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.838712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  36.05 
 
 		 203 aa  67.8  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.9 
 
 		 659 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf732  DNA polymerase III PolC  36.94 
 
 		 1438 aa  67  0.0000000004  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  31.84 
 
 		 566 aa  66.2  0.0000000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 		 595 aa  65.5  0.0000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.61 
 
 		 570 aa  65.1  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  34.41 
 
 		 574 aa  65.1  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  33.89 
 
 		 551 aa  65.1  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  41.05 
 
 		 1426 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.93 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.88 
 
 		 944 aa  62.8  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.22 
 
 		 731 aa  62.8  0.000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  31.67 
 
 		 603 aa  62.8  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.94 
 
 		 590 aa  62.4  0.000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  30.81 
 
 		 1465 aa  62.4  0.00000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  42.11 
 
 		 921 aa  61.6  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 		 631 aa  62  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.27 
 
 		 921 aa  62  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28440  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  39.39 
 
 		 986 aa  61.2  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.32018  normal  0.0233138 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 		 956 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  32.43 
 
 		 1367 aa  60.1  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  32.43 
 
 		 1367 aa  60.1  0.00000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.93 
 
 		 203 aa  59.7  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.09 
 
 		 196 aa  59.7  0.00000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0251  exonuclease  33.33 
 
 		 256 aa  59.3  0.00000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.69 
 
 		 215 aa  59.3  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  29.28 
 
 		 574 aa  59.3  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.28 
 
 		 952 aa  58.9  0.00000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.68 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  29.41 
 
 		 1421 aa  58.9  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.32 
 
 		 259 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.57 
 
 		 247 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  40.21 
 
 		 719 aa  58.2  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 		 605 aa  58.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  26.32 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.95 
 
 		 530 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  31.05 
 
 		 227 aa  57.4  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3669  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.05 
 
 		 479 aa  57.4  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.731231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  25.12 
 
 		 270 aa  57  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0928  hypothetical protein  30.67 
 
 		 228 aa  57  0.0000004  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.318352 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.25 
 
 		 769 aa  57  0.0000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 		 315 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 		 584 aa  56.6  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  28.12 
 
 		 1527 aa  56.6  0.0000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  34.69 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.15 
 
 		 609 aa  56.6  0.0000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.89 
 
 		 205 aa  56.6  0.0000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  35.05 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_14100  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  33.33 
 
 		 1043 aa  56.2  0.0000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  30.49 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3112  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.96 
 
 		 966 aa  56.2  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000116759  hitchhiker  0.000000000648685 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  31.58 
 
 		 601 aa  56.2  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  35.05 
 
 		 1388 aa  55.8  0.0000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 		 204 aa  55.8  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.26 
 
 		 930 aa  55.1  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  28.57 
 
 		 616 aa  55.5  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 		 595 aa  55.5  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 		 721 aa  55.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0088  DNA polymerase III subunit alpha  33.06 
 
 		 235 aa  55.5  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  25.12 
 
 		 259 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.56 
 
 		 584 aa  55.5  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.24 
 
 		 722 aa  55.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 		 934 aa  55.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  36.89 
 
 		 707 aa  55.1  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.19 
 
 		 212 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  38.95 
 
 		 560 aa  55.5  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 		 715 aa  55.5  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.19 
 
 		 212 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  28.12 
 
 		 720 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0572  putative exonuclease  31.16 
 
 		 695 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.16617  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.75 
 
 		 226 aa  54.7  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.328589 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>