189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1206 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008390  Bamb_1206  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
276 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.179759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0240  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
302 aa  89.4  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3054  DNA polymerase III subunit epsilon  36.84 
 
 
298 aa  88.2  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6601  DNA polymerase III subunit epsilon  32.09 
 
 
326 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00020877 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3049  DNA polymerase III subunit epsilon  35.09 
 
 
298 aa  87  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112048  normal  0.11381 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5660  DNA polymerase III subunit epsilon  34.62 
 
 
326 aa  82.8  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.606784  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6581  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.78 
 
 
296 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0948  DNA polymerase III subunit epsilon  34.76 
 
 
332 aa  82.4  0.000000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2198  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.29 
 
 
312 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000342988 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1006  DNA polymerase III subunit epsilon  34.76 
 
 
332 aa  82  0.000000000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.176236  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2021  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.29 
 
 
302 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.688906  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1294  DNA polymerase III subunit epsilon  34.15 
 
 
332 aa  79.3  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5175  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.34 
 
 
299 aa  78.2  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.631656  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5270  DNA polymerase III subunit epsilon  32.53 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3376  DNA polymerase III subunit epsilon  29.08 
 
 
326 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3807  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.62 
 
 
304 aa  72.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000370728  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1138  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 
276 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1713  DNA polymerase III subunit epsilon  32.93 
 
 
293 aa  68.9  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6601  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.26 
 
 
296 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0449  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.02 
 
 
303 aa  67  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1400  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.78 
 
 
222 aa  65.9  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.207546 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2022  DNA polymerase III subunit epsilon  29.38 
 
 
296 aa  63.5  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.593569  normal 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4173  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  26.67 
 
 
291 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
242 aa  60.5  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
242 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
242 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.02 
 
 
242 aa  60.1  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1142  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
280 aa  59.7  0.00000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6467  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.42 
 
 
298 aa  59.3  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.808428 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.9 
 
 
242 aa  58.9  0.00000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06471  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28 
 
 
259 aa  57.8  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1315  exonuclease  29.75 
 
 
307 aa  57  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 
242 aa  57  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.85 
 
 
240 aa  57  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1099  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.28 
 
 
240 aa  57  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0819547  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 
242 aa  56.6  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 
242 aa  56.6  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0498  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.65 
 
 
240 aa  56.2  0.0000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.231087  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  28.5 
 
 
238 aa  56.2  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
242 aa  55.8  0.0000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19021  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.55 
 
 
321 aa  55.8  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.182153 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.09 
 
 
225 aa  55.5  0.0000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1018  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.89 
 
 
222 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06771  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.25 
 
 
259 aa  55.5  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.921646  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06801  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  28.4 
 
 
292 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.221498  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 
721 aa  54.7  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0059  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 
292 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0332716  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06861  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  29.75 
 
 
270 aa  54.3  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.16 
 
 
176 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3482  DNA polymerase III subunit epsilon  30.56 
 
 
242 aa  53.9  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.312545  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4556  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
659 aa  52.8  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  27.53 
 
 
242 aa  52.8  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.89 
 
 
242 aa  52.8  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
242 aa  52.8  0.000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  28.72 
 
 
240 aa  52.8  0.000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2838  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.25 
 
 
231 aa  52.8  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0462127 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  29.21 
 
 
242 aa  52  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0925  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.45 
 
 
246 aa  52  0.00001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0194  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.33 
 
 
231 aa  52  0.00001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.21 
 
 
242 aa  51.2  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3386  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.87 
 
 
226 aa  50.8  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.328589 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.18 
 
 
235 aa  50.4  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1790  exonuclease  27.98 
 
 
247 aa  50.4  0.00003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  30.27 
 
 
247 aa  50.8  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.07 
 
 
769 aa  49.7  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  29.79 
 
 
714 aa  49.7  0.00005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.99 
 
 
565 aa  49.3  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  30.06 
 
 
530 aa  49.3  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.81 
 
 
242 aa  49.3  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0588  putative exonuclease  34 
 
 
224 aa  49.3  0.00007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0626  exonuclease, putative  34 
 
 
224 aa  49.3  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0689924  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0621  putative DNA polymerase III, epsilon subunit  27.11 
 
 
259 aa  48.9  0.00008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0836  conserved hypothetical protein, putative exonuclease  31.25 
 
 
459 aa  48.9  0.00009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000965957  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3611  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.68 
 
 
230 aa  48.9  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2539  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
235 aa  48.5  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.09 
 
 
238 aa  48.9  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 
242 aa  48.5  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  31.61 
 
 
719 aa  48.5  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  30.3 
 
 
259 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.83 
 
 
530 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.8 
 
 
234 aa  47.8  0.0002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  29.07 
 
 
389 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  26.4 
 
 
570 aa  47.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2342  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.12 
 
 
201 aa  47.4  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.944243  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1486  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.8 
 
 
236 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0886728  normal  0.0964346 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  27.91 
 
 
234 aa  47  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.31 
 
 
257 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  31.11 
 
 
238 aa  47.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
252 aa  47  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  27.91 
 
 
234 aa  47  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.59 
 
 
605 aa  47  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  25.95 
 
 
241 aa  46.6  0.0004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.85 
 
 
731 aa  47  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.72 
 
 
236 aa  47  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  27.46 
 
 
252 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.61 
 
 
228 aa  46.6  0.0005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.02 
 
 
405 aa  46.2  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1763  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
236 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.312232 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  26.02 
 
 
601 aa  46.6  0.0005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1485  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
241 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  decreased coverage  0.00650497  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>