More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2111 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 242 aa  502  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  81.82 
 
 		 242 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.23 
 
 		 242 aa  424  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.58 
 
 		 242 aa  417  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.4 
 
 		 242 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.17 
 
 		 242 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.17 
 
 		 242 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.17 
 
 		 242 aa  410  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.17 
 
 		 242 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.17 
 
 		 242 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.17 
 
 		 242 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.17 
 
 		 242 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  79.75 
 
 		 242 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  76.86 
 
 		 242 aa  393  1e-108  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  76.03 
 
 		 242 aa  384  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  76.86 
 
 		 242 aa  386  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  63.14 
 
 		 239 aa  299  2e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  59.35 
 
 		 247 aa  291  5e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.34 
 
 		 235 aa  290  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  59.07 
 
 		 245 aa  289  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.66 
 
 		 239 aa  288  4e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  60.25 
 
 		 240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.24 
 
 		 238 aa  286  2.9999999999999996e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  61.51 
 
 		 237 aa  285  5.999999999999999e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  59.26 
 
 		 238 aa  283  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  57.98 
 
 		 244 aa  282  3.0000000000000004e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  57.61 
 
 		 254 aa  278  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  57.61 
 
 		 254 aa  278  4e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  57.61 
 
 		 254 aa  278  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  57.61 
 
 		 246 aa  279  4e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  57.56 
 
 		 244 aa  278  5e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  55.87 
 
 		 246 aa  278  6e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  56.72 
 
 		 243 aa  277  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  56.72 
 
 		 243 aa  277  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  55.47 
 
 		 246 aa  276  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  56.72 
 
 		 243 aa  276  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  57.74 
 
 		 245 aa  276  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  56.72 
 
 		 243 aa  276  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  56.72 
 
 		 243 aa  276  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  56.72 
 
 		 243 aa  276  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.06 
 
 		 246 aa  275  5e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  56.28 
 
 		 246 aa  275  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  56.28 
 
 		 246 aa  275  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  56.28 
 
 		 246 aa  275  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  56.28 
 
 		 246 aa  275  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  56.28 
 
 		 246 aa  274  7e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  56.9 
 
 		 245 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  58.78 
 
 		 243 aa  273  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  58.97 
 
 		 236 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.91 
 
 		 253 aa  264  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  56.22 
 
 		 252 aa  259  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  55 
 
 		 243 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  54.77 
 
 		 246 aa  252  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.72 
 
 		 243 aa  250  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  53.94 
 
 		 246 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.9 
 
 		 235 aa  249  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.88 
 
 		 243 aa  250  2e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  55.92 
 
 		 254 aa  249  4e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  52.87 
 
 		 257 aa  247  9e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  55.14 
 
 		 252 aa  247  1e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  55.93 
 
 		 244 aa  247  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  55.51 
 
 		 252 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  53.25 
 
 		 252 aa  246  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  55.51 
 
 		 252 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.07 
 
 		 267 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  50.84 
 
 		 236 aa  241  7.999999999999999e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  53.16 
 
 		 259 aa  241  9e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.5 
 
 		 232 aa  239  2e-62  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.75 
 
 		 240 aa  232  4.0000000000000004e-60  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.64 
 
 		 234 aa  229  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.79 
 
 		 231 aa  228  8e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.67 
 
 		 238 aa  227  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  50.43 
 
 		 238 aa  226  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.42 
 
 		 237 aa  225  4e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.21 
 
 		 231 aa  224  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  50.21 
 
 		 252 aa  223  2e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  49.16 
 
 		 249 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  49.16 
 
 		 233 aa  219  3e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.26 
 
 		 237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.26 
 
 		 237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  48.95 
 
 		 253 aa  218  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  48.95 
 
 		 253 aa  218  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  48.95 
 
 		 240 aa  218  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  48.95 
 
 		 253 aa  218  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  48.95 
 
 		 240 aa  218  5e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  49.16 
 
 		 233 aa  218  5e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  48.95 
 
 		 253 aa  218  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  48.95 
 
 		 253 aa  218  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2255  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.59 
 
 		 256 aa  218  7.999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.300835  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.95 
 
 		 236 aa  215  5.9999999999999996e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.21 
 
 		 239 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  47.68 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  48.55 
 
 		 244 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.58 
 
 		 232 aa  213  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  47.7 
 
 		 241 aa  211  7e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0845  DNA polymerase III subunit epsilon  47.7 
 
 		 243 aa  211  7e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  44.4 
 
 		 239 aa  211  7e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  47.26 
 
 		 244 aa  210  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.28 
 
 		 243 aa  210  2e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  47.3 
 
 		 244 aa  209  3e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>