More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4913 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
389 aa  757    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.33 
 
 
328 aa  265  8e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.62 
 
 
590 aa  253  4.0000000000000004e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35510  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  47.94 
 
 
611 aa  247  3e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  44.48 
 
 
345 aa  218  2e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  44.15 
 
 
333 aa  212  1e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  43.14 
 
 
330 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  43.14 
 
 
330 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  42.81 
 
 
330 aa  209  6e-53  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13743  DNA polymerase III subunit epsilon  43.46 
 
 
329 aa  197  3e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000832595  normal  0.511972 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.14 
 
 
224 aa  192  7e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5882  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.74 
 
 
193 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5482  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.74 
 
 
193 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.915048 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.85 
 
 
406 aa  124  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.76 
 
 
410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.32 
 
 
547 aa  105  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.88 
 
 
405 aa  102  1e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.5 
 
 
204 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  38.65 
 
 
530 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3860  DNA polymerase III epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease-like protein  41.13 
 
 
407 aa  94.4  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.0698195 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.64 
 
 
565 aa  93.6  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3616  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.42 
 
 
530 aa  92.8  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00210343  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.62 
 
 
463 aa  90.9  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
453 aa  90.1  6e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  38.6 
 
 
516 aa  89  1e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.08 
 
 
476 aa  89.4  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  23.23 
 
 
302 aa  89  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9062  DNA-directed DNA polymerase  50 
 
 
189 aa  89.4  1e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1624  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.22 
 
 
298 aa  88.2  2e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00188166  normal  0.266938 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  23.87 
 
 
302 aa  87.8  3e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7047  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.28 
 
 
382 aa  85.1  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.18 
 
 
462 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.88 
 
 
339 aa  84.3  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.25 
 
 
595 aa  84  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4015  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.71 
 
 
482 aa  83.2  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0145  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.81 
 
 
235 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 
610 aa  81.3  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  39.64 
 
 
313 aa  80.9  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 
956 aa  80.5  0.00000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.7 
 
 
456 aa  80.5  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.01 
 
 
218 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 
205 aa  80.5  0.00000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.22 
 
 
459 aa  80.1  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
215 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.28 
 
 
300 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.24 
 
 
203 aa  79.7  0.00000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  34.91 
 
 
208 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  36.56 
 
 
203 aa  79.3  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.32 
 
 
214 aa  79.3  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.73 
 
 
909 aa  79  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  32.35 
 
 
203 aa  78.6  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.91 
 
 
453 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0827  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.91 
 
 
470 aa  78.2  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.261841  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.46 
 
 
449 aa  78.2  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0417  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.23 
 
 
196 aa  78.2  0.0000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000300495  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  33.54 
 
 
217 aa  77.4  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.73 
 
 
1402 aa  77.4  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  34.91 
 
 
227 aa  77  0.0000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 
944 aa  77  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.95 
 
 
1449 aa  77  0.0000000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.95 
 
 
1449 aa  76.6  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.67 
 
 
204 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.36 
 
 
715 aa  76.3  0.0000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  35.67 
 
 
204 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  35.33 
 
 
645 aa  76.3  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  34.13 
 
 
204 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  33.73 
 
 
578 aa  75.5  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.29 
 
 
201 aa  74.7  0.000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.39 
 
 
203 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  34.44 
 
 
617 aa  75.1  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.35 
 
 
219 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.88 
 
 
212 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
234 aa  73.9  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.11 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3077  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.97 
 
 
383 aa  73.2  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.68 
 
 
466 aa  73.2  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 
205 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  31.93 
 
 
1367 aa  73.2  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
212 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  31.93 
 
 
1367 aa  73.2  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 
212 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 
205 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  33.33 
 
 
1440 aa  72.8  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  34.44 
 
 
630 aa  72.8  0.000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.99 
 
 
921 aa  72.8  0.00000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 
180 aa  72.8  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
239 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
609 aa  72.4  0.00000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.51 
 
 
481 aa  71.6  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.48 
 
 
210 aa  72  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1467  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.54 
 
 
475 aa  72  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.230111  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  29.81 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  30.43 
 
 
315 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  31.58 
 
 
954 aa  71.6  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  34.71 
 
 
205 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 
205 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  29.81 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
229 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
267 aa  71.2  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
208 aa  70.9  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>