More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_2347 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  100 
 
 
313 aa  617  1e-175  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.42 
 
 
339 aa  295  9e-79  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  51.47 
 
 
516 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.91 
 
 
405 aa  96.3  6e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.44 
 
 
224 aa  94  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.58 
 
 
406 aa  90.9  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.12 
 
 
410 aa  91.3  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.7 
 
 
204 aa  90.5  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
547 aa  88.6  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.73 
 
 
449 aa  88.6  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3860  DNA polymerase III epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease-like protein  41.38 
 
 
407 aa  86.7  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.0698195 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
345 aa  84.7  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.69 
 
 
610 aa  83.6  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  36.93 
 
 
570 aa  82.8  0.000000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9062  DNA-directed DNA polymerase  40.17 
 
 
189 aa  82  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  36.05 
 
 
330 aa  81.6  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.52 
 
 
328 aa  82  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  33.5 
 
 
601 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.25 
 
 
715 aa  81.3  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  36.05 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  36.05 
 
 
330 aa  81.3  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.54 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  39.52 
 
 
389 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 
201 aa  80.5  0.00000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  29.17 
 
 
954 aa  80.1  0.00000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2765  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.2 
 
 
225 aa  77.8  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.43 
 
 
722 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.69 
 
 
595 aa  77.8  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  34.13 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.53 
 
 
706 aa  76.6  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.15 
 
 
282 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  33.53 
 
 
203 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
459 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  35.88 
 
 
485 aa  73.6  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.75 
 
 
769 aa  73.6  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.53 
 
 
719 aa  73.9  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7047  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.1 
 
 
382 aa  73.2  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 
565 aa  72.8  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1341  DNA polymerase III subunit epsilon  27.86 
 
 
267 aa  71.6  0.00000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.426567  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0677  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.5 
 
 
392 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.566846  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  27.6 
 
 
208 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.53 
 
 
909 aa  72  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.7 
 
 
731 aa  72  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  35.22 
 
 
170 aa  71.6  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 
456 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  35.98 
 
 
616 aa  71.2  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5882  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.65 
 
 
193 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
631 aa  70.5  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5482  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.65 
 
 
193 aa  70.5  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.915048 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  35.63 
 
 
617 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.93 
 
 
695 aa  70.1  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  35.67 
 
 
578 aa  70.1  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  26.67 
 
 
273 aa  69.7  0.00000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.48 
 
 
204 aa  69.3  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  36.88 
 
 
530 aa  69.3  0.00000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  32.34 
 
 
707 aa  69.3  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
952 aa  69.3  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.65 
 
 
921 aa  69.3  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  35.58 
 
 
181 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  34.32 
 
 
603 aa  68.6  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30.81 
 
 
1390 aa  67.8  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  37.21 
 
 
590 aa  68.2  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1595  DNA polymerase/helicase  36.05 
 
 
379 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000700691  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.97 
 
 
476 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  31.29 
 
 
168 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  30.35 
 
 
720 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3952  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.72 
 
 
169 aa  67.8  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.29 
 
 
502 aa  67.8  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.76 
 
 
203 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
204 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  34.12 
 
 
714 aa  67  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.48 
 
 
204 aa  67  0.0000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13743  DNA polymerase III subunit epsilon  28.37 
 
 
329 aa  66.6  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000832595  normal  0.511972 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1500  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.54 
 
 
240 aa  66.6  0.0000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000153009  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
769 aa  66.2  0.0000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  34.88 
 
 
630 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  34.13 
 
 
729 aa  65.9  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 
186 aa  65.9  0.0000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 
186 aa  65.9  0.0000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  28.57 
 
 
1449 aa  65.9  0.0000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  35.26 
 
 
578 aa  65.1  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 
453 aa  65.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.54 
 
 
929 aa  65.1  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.08 
 
 
609 aa  65.5  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.82 
 
 
1367 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0478  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
184 aa  65.5  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  35.23 
 
 
613 aa  65.5  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  28.57 
 
 
1449 aa  65.5  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35510  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  33.12 
 
 
611 aa  65.1  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  35.09 
 
 
601 aa  65.1  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.82 
 
 
1367 aa  65.5  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.76 
 
 
934 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.76 
 
 
934 aa  64.3  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.76 
 
 
934 aa  64.3  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.48 
 
 
456 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1624  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.16 
 
 
298 aa  64.7  0.000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00188166  normal  0.266938 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.77 
 
 
218 aa  64.7  0.000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  31.76 
 
 
934 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.98 
 
 
237 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2392  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.85 
 
 
398 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>