More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0714 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  100 
 
 
516 aa  1033    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2347  exonuclease  51.79 
 
 
313 aa  194  5e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.23 
 
 
339 aa  179  9e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
405 aa  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2943  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.91 
 
 
410 aa  136  7.000000000000001e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000266032  decreased coverage  0.0000042458 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
406 aa  119  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.82 
 
 
547 aa  105  2e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3860  DNA polymerase III epsilon subunit and related 3'-5' exonuclease-like protein  45 
 
 
407 aa  103  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0792878  normal  0.0698195 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  39.18 
 
 
570 aa  96.7  1e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  36.75 
 
 
1397 aa  95.5  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.63 
 
 
201 aa  94  6e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.46 
 
 
204 aa  94  6e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.6 
 
 
584 aa  93.6  8e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.39 
 
 
328 aa  93.6  8e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.11 
 
 
476 aa  93.2  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.05 
 
 
224 aa  93.2  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.65 
 
 
565 aa  92  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  33.54 
 
 
204 aa  92  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.73 
 
 
610 aa  91.3  4e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.18 
 
 
595 aa  89.4  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.95 
 
 
204 aa  89  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  38.46 
 
 
578 aa  88.2  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  38.6 
 
 
389 aa  88.6  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  39.31 
 
 
617 aa  88.2  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  32.39 
 
 
954 aa  87.4  5e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  37.43 
 
 
574 aa  87  8e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.64 
 
 
204 aa  87  8e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  37.06 
 
 
1390 aa  85.9  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  33.33 
 
 
204 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.58 
 
 
212 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0855  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.7 
 
 
532 aa  84.7  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  39.41 
 
 
609 aa  84.7  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.74 
 
 
282 aa  83.6  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.58 
 
 
205 aa  84  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.58 
 
 
205 aa  84  0.000000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.94 
 
 
212 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.94 
 
 
212 aa  83.6  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 
218 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  40 
 
 
584 aa  83.2  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  34.32 
 
 
1367 aa  83.2  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  34.32 
 
 
1367 aa  83.2  0.00000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.21 
 
 
204 aa  82  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.93 
 
 
590 aa  82.4  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  31.95 
 
 
1433 aa  82  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0833  bifunctional ribonuclease HI/DNA polymerase III, epsilon subunit  32.08 
 
 
527 aa  82  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.36 
 
 
952 aa  81.6  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5296  DNA-directed DNA polymerase  36.77 
 
 
205 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0646344 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.27 
 
 
463 aa  80.9  0.00000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  37.5 
 
 
603 aa  80.9  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.22 
 
 
595 aa  80.9  0.00000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  35.71 
 
 
720 aa  80.5  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  36.93 
 
 
630 aa  80.5  0.00000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1624  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.62 
 
 
298 aa  80.1  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00188166  normal  0.266938 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  36 
 
 
215 aa  80.5  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  35.67 
 
 
485 aa  79.7  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  32.3 
 
 
315 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 
205 aa  79  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9062  DNA-directed DNA polymerase  38.04 
 
 
189 aa  78.6  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.98 
 
 
215 aa  79  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2006  putative PAS/PAC sensor protein  35.33 
 
 
729 aa  79  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.475164 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  38.6 
 
 
613 aa  78.6  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  32.3 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  31.61 
 
 
345 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  36.36 
 
 
630 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.19 
 
 
462 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  34.91 
 
 
584 aa  78.2  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  36.36 
 
 
630 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  32.34 
 
 
299 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  37.21 
 
 
574 aa  78.6  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.83 
 
 
459 aa  78.2  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  37.2 
 
 
181 aa  77.4  0.0000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.95 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  32.76 
 
 
330 aa  77.4  0.0000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
315 aa  77.4  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  32.76 
 
 
330 aa  77.4  0.0000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  32.18 
 
 
330 aa  77  0.0000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0115  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.65 
 
 
239 aa  77  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.196999  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  27.32 
 
 
208 aa  77  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  29.09 
 
 
333 aa  77  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  36.88 
 
 
170 aa  76.6  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.5 
 
 
280 aa  76.6  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0004  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.76 
 
 
234 aa  76.3  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0166128  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
315 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
315 aa  76.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  30.72 
 
 
315 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
315 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
315 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7047  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.97 
 
 
382 aa  75.9  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  34.12 
 
 
601 aa  75.9  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  36.05 
 
 
578 aa  75.5  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
315 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  37.43 
 
 
566 aa  75.9  0.000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35510  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3'-5' exonuclease  32.18 
 
 
611 aa  75.5  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
456 aa  75.9  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  31.68 
 
 
315 aa  75.9  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.31 
 
 
203 aa  75.5  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.78 
 
 
715 aa  74.7  0.000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  35.71 
 
 
590 aa  75.1  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  34 
 
 
222 aa  75.1  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.22 
 
 
204 aa  75.1  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>