More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1655 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
302 aa  614  1e-175  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  98.34 
 
 
302 aa  608  1e-173  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.3 
 
 
201 aa  182  6e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  41.41 
 
 
207 aa  180  2e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.13 
 
 
297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.03 
 
 
337 aa  162  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.83 
 
 
170 aa  162  9e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.84 
 
 
196 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.56 
 
 
289 aa  159  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.01 
 
 
186 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.01 
 
 
297 aa  157  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.45 
 
 
297 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.8 
 
 
336 aa  152  8e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.08 
 
 
189 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.97 
 
 
199 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  45.98 
 
 
179 aa  146  5e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  49.38 
 
 
177 aa  145  9e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  41.18 
 
 
314 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.67 
 
 
183 aa  142  5e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  46.25 
 
 
177 aa  142  9e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.31 
 
 
177 aa  138  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.88 
 
 
335 aa  137  2e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.56 
 
 
164 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  37.93 
 
 
163 aa  125  1e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.94 
 
 
367 aa  125  1e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  29.28 
 
 
282 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  42.5 
 
 
177 aa  125  1e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  26.03 
 
 
381 aa  121  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.74 
 
 
184 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.74 
 
 
184 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  41.76 
 
 
184 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.38 
 
 
280 aa  117  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.86 
 
 
210 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.81 
 
 
176 aa  107  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.37 
 
 
300 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  27.69 
 
 
334 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.14 
 
 
187 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.45 
 
 
328 aa  95.1  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  33.33 
 
 
196 aa  94  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  23.23 
 
 
389 aa  89.4  8e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.71 
 
 
197 aa  83.2  0.000000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  31.67 
 
 
1367 aa  80.5  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  31.67 
 
 
1367 aa  80.1  0.00000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  79.7  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  29.26 
 
 
315 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  31.55 
 
 
1397 aa  77.4  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  26.63 
 
 
570 aa  74.7  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.27 
 
 
590 aa  70.5  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  29.52 
 
 
1402 aa  69.7  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  27.42 
 
 
1440 aa  68.9  0.0000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  26.58 
 
 
299 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.7 
 
 
466 aa  67.8  0.0000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2188  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  37.93 
 
 
442 aa  67.4  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.75 
 
 
449 aa  67.4  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  27.88 
 
 
489 aa  67.4  0.0000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  27.32 
 
 
578 aa  67  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  27.81 
 
 
203 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  29.61 
 
 
1388 aa  66.2  0.0000000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.9 
 
 
251 aa  66.2  0.0000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  24.64 
 
 
1464 aa  66.2  0.0000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  26.11 
 
 
1442 aa  65.9  0.0000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.73 
 
 
605 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  25 
 
 
282 aa  64.3  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  25.14 
 
 
1447 aa  64.3  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  29.03 
 
 
208 aa  64.7  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1420  DNA-directed DNA polymerase  28.93 
 
 
180 aa  64.7  0.000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.178173 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.12 
 
 
631 aa  63.9  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  25.15 
 
 
617 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.11 
 
 
215 aa  63.5  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.26 
 
 
609 aa  63.5  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  26.71 
 
 
791 aa  63.5  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
208 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.7 
 
 
180 aa  63.2  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
208 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  28.31 
 
 
208 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
208 aa  63.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  27.17 
 
 
616 aa  62.8  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  25.28 
 
 
578 aa  63.2  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  25.7 
 
 
584 aa  62.8  0.000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  24.86 
 
 
1390 aa  62.4  0.000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  31.61 
 
 
1527 aa  62.4  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  28.09 
 
 
797 aa  62.4  0.000000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
769 aa  62.4  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  27.81 
 
 
1449 aa  61.6  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  27.81 
 
 
1449 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  24.29 
 
 
1468 aa  61.6  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.96 
 
 
208 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.68 
 
 
595 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.05 
 
 
204 aa  60.8  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.03 
 
 
610 aa  61.2  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0668  putative PAS/PAC sensor protein  26.47 
 
 
719 aa  60.8  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  26.49 
 
 
601 aa  61.6  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>