257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3538 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  100 
 
 
282 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  50.18 
 
 
334 aa  276  3e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  38.51 
 
 
196 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
302 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
302 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.6 
 
 
337 aa  116  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.91 
 
 
336 aa  113  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.52 
 
 
297 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.13 
 
 
201 aa  98.6  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.92 
 
 
297 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.92 
 
 
297 aa  96.3  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.05 
 
 
289 aa  93.6  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  32.52 
 
 
184 aa  90.5  3e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.9 
 
 
184 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.9 
 
 
184 aa  88.6  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.93 
 
 
186 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  31.93 
 
 
207 aa  82.4  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.93 
 
 
189 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.15 
 
 
164 aa  81.6  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.56 
 
 
183 aa  81.6  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.37 
 
 
300 aa  79  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.55 
 
 
196 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.12 
 
 
177 aa  77  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  33.12 
 
 
314 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.16 
 
 
578 aa  75.1  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.32 
 
 
280 aa  75.1  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.47 
 
 
170 aa  74.7  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  32.39 
 
 
177 aa  73.2  0.000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.08 
 
 
328 aa  72  0.000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.31 
 
 
570 aa  71.6  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.97 
 
 
199 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  34.67 
 
 
381 aa  71.6  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.21 
 
 
367 aa  72  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  30.99 
 
 
177 aa  71.2  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 
209 aa  68.9  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
605 aa  68.2  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.54 
 
 
715 aa  68.2  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  34.5 
 
 
617 aa  68.6  0.0000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  33.75 
 
 
590 aa  67.8  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.34 
 
 
462 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  33.73 
 
 
574 aa  67.4  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  28.82 
 
 
177 aa  67  0.0000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1605  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.72 
 
 
260 aa  67  0.0000000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  29.52 
 
 
1440 aa  66.6  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  30.36 
 
 
574 aa  65.9  0.0000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
631 aa  65.9  0.0000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.45 
 
 
210 aa  65.1  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.77 
 
 
609 aa  65.5  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.82 
 
 
335 aa  65.1  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.96 
 
 
578 aa  64.3  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  32.94 
 
 
603 aa  64.3  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  31.36 
 
 
584 aa  63.9  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  35.76 
 
 
345 aa  63.2  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  29.05 
 
 
179 aa  62.4  0.000000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  31.29 
 
 
163 aa  62.4  0.000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  31.18 
 
 
584 aa  62  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
595 aa  62  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
610 aa  60.5  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  32.75 
 
 
630 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  30.19 
 
 
1464 aa  60.5  0.00000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  32.75 
 
 
630 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.56 
 
 
282 aa  60.1  0.00000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  28.66 
 
 
1390 aa  59.7  0.00000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  28.3 
 
 
1449 aa  59.7  0.00000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  28.3 
 
 
1449 aa  59.3  0.00000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  30.06 
 
 
273 aa  59.3  0.00000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  32.16 
 
 
630 aa  59.3  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
565 aa  58.9  0.00000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.41 
 
 
595 aa  58.5  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  34.55 
 
 
333 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.63 
 
 
921 aa  58.9  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.71 
 
 
205 aa  58.2  0.0000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  27.53 
 
 
239 aa  57.4  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  32.57 
 
 
551 aa  57.8  0.0000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2415  exodeoxyribonuclease X  26.9 
 
 
220 aa  57.8  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30 
 
 
197 aa  57.4  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.55 
 
 
476 aa  56.6  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  29.41 
 
 
601 aa  57  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  30.17 
 
 
645 aa  57  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4419  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
224 aa  56.2  0.0000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.280676  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  29.59 
 
 
566 aa  56.2  0.0000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13743  DNA polymerase III subunit epsilon  31.93 
 
 
329 aa  56.2  0.0000006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000832595  normal  0.511972 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1246  exodeoxyribonuclease X  28.57 
 
 
232 aa  55.8  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.940165  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  29.32 
 
 
585 aa  55.8  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1911  DNA polymerase III PolC  28.3 
 
 
1468 aa  55.8  0.0000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.27 
 
 
1433 aa  55.8  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2032  exodeoxyribonuclease X  28.57 
 
 
232 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.497061  normal  0.786881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2092  exodeoxyribonuclease X  28.09 
 
 
232 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  30.57 
 
 
601 aa  55.1  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2037  exodeoxyribonuclease X  28.57 
 
 
232 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0918048 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.76 
 
 
280 aa  55.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  29.59 
 
 
613 aa  55.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  26.83 
 
 
1442 aa  54.3  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  30.97 
 
 
217 aa  53.9  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  30.99 
 
 
1365 aa  53.9  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1371  exodeoxyribonuclease X  28 
 
 
232 aa  53.5  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000325159 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 
463 aa  53.5  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  26.7 
 
 
1635 aa  53.5  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.9 
 
 
453 aa  53.1  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0983  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  25.15 
 
 
1437 aa  53.1  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>