More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_2838 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
199 aa  413  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  94.9 
 
 
196 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  64.95 
 
 
207 aa  272  2.0000000000000002e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.21 
 
 
201 aa  204  6e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50 
 
 
297 aa  184  8e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.27 
 
 
297 aa  183  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.45 
 
 
297 aa  181  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.69 
 
 
189 aa  178  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.91 
 
 
186 aa  175  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  41.97 
 
 
302 aa  170  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  41.45 
 
 
302 aa  169  3e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.51 
 
 
289 aa  166  2e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  44.75 
 
 
314 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.86 
 
 
183 aa  130  9e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.5 
 
 
170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.18 
 
 
337 aa  122  3e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.36 
 
 
210 aa  117  9e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  38.46 
 
 
177 aa  115  3.9999999999999997e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  38.65 
 
 
184 aa  112  3e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.12 
 
 
184 aa  112  5e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.12 
 
 
184 aa  112  5e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.66 
 
 
335 aa  111  9e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.11 
 
 
176 aa  104  7e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.47 
 
 
177 aa  103  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.78 
 
 
179 aa  102  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  35.62 
 
 
163 aa  102  4e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.63 
 
 
336 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.82 
 
 
164 aa  98.6  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  37.23 
 
 
381 aa  96.7  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.18 
 
 
280 aa  92.8  3e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.09 
 
 
187 aa  89.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  32.1 
 
 
177 aa  90.5  2e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  35.19 
 
 
177 aa  89  4e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.63 
 
 
367 aa  84  0.000000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.6 
 
 
197 aa  83.6  0.000000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  32.35 
 
 
196 aa  80.5  0.00000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  34.67 
 
 
334 aa  80.5  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  32.93 
 
 
282 aa  79  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  28.09 
 
 
1397 aa  75.9  0.0000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  28.57 
 
 
1402 aa  74.7  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.49 
 
 
180 aa  73.6  0.000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.31 
 
 
218 aa  72  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.92 
 
 
570 aa  72  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.27 
 
 
211 aa  71.2  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  33.58 
 
 
218 aa  71.2  0.000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  22.29 
 
 
489 aa  70.9  0.00000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  30.67 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  25 
 
 
1442 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  30.67 
 
 
330 aa  70.1  0.00000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  25.45 
 
 
1433 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
330 aa  69.7  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  30.71 
 
 
203 aa  69.3  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.72 
 
 
203 aa  68.6  0.00000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  30.77 
 
 
345 aa  67.8  0.00000000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  26.92 
 
 
1426 aa  67.4  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
221 aa  67  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.38 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  29.38 
 
 
208 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.61 
 
 
208 aa  66.2  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  29.49 
 
 
333 aa  65.5  0.0000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 
1407 aa  65.5  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.07 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.07 
 
 
205 aa  65.1  0.0000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.21 
 
 
218 aa  65.1  0.0000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.73 
 
 
239 aa  63.9  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  31.85 
 
 
227 aa  63.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
204 aa  64.7  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  31.62 
 
 
243 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.62 
 
 
246 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  31.62 
 
 
243 aa  63.2  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  31.62 
 
 
243 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  31.62 
 
 
246 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  31.62 
 
 
243 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  30 
 
 
204 aa  63.2  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  31.62 
 
 
243 aa  63.2  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5114  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.58 
 
 
706 aa  63.5  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.83 
 
 
215 aa  63.5  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  31.62 
 
 
246 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.65 
 
 
462 aa  63.9  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
466 aa  63.2  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  31.62 
 
 
243 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.12 
 
 
1367 aa  62.8  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  27.62 
 
 
215 aa  62.8  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.12 
 
 
1367 aa  62.8  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.35 
 
 
205 aa  62.8  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 
219 aa  62.8  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  26.37 
 
 
1390 aa  62.4  0.000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  26.92 
 
 
315 aa  62  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  26.92 
 
 
315 aa  62  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.28 
 
 
203 aa  62  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  29.59 
 
 
234 aa  62  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  26.92 
 
 
315 aa  62  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  29.59 
 
 
234 aa  62  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
242 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
242 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
242 aa  62  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  29.84 
 
 
242 aa  61.6  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2007  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.07 
 
 
212 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.74 
 
 
229 aa  61.6  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
299 aa  61.6  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>