More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_0402 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
179 aa  375  1e-103  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  56.9 
 
 
177 aa  215  2.9999999999999998e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  49.72 
 
 
177 aa  191  7e-48  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  51.98 
 
 
177 aa  187  5e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  45.98 
 
 
302 aa  146  2.0000000000000003e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  45.98 
 
 
302 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  38.42 
 
 
184 aa  121  5e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.71 
 
 
184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.71 
 
 
184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.51 
 
 
337 aa  115  5e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.38 
 
 
201 aa  113  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.37 
 
 
177 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.27 
 
 
336 aa  109  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.15 
 
 
183 aa  108  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.63 
 
 
164 aa  107  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  35.76 
 
 
163 aa  107  1e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.22 
 
 
176 aa  106  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  34.27 
 
 
207 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.52 
 
 
335 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.64 
 
 
297 aa  102  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.71 
 
 
297 aa  101  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.5 
 
 
367 aa  100  1e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.9 
 
 
289 aa  99.8  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.04 
 
 
297 aa  99  3e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.71 
 
 
186 aa  97.4  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.08 
 
 
196 aa  97.1  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  36.31 
 
 
314 aa  96.7  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.52 
 
 
189 aa  92.8  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  35.82 
 
 
1407 aa  91.3  7e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.46 
 
 
210 aa  90.1  2e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.25 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  32.7 
 
 
1402 aa  89  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  31.64 
 
 
1426 aa  89  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.76 
 
 
170 aa  89  3e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.82 
 
 
930 aa  87.8  8e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  34.9 
 
 
381 aa  86.7  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  28.98 
 
 
1440 aa  86.3  2e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  32.08 
 
 
1397 aa  85.5  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  31.48 
 
 
196 aa  84  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  31.06 
 
 
1435 aa  84  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.28 
 
 
449 aa  84  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  27.78 
 
 
791 aa  84  0.000000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  29.75 
 
 
1433 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  31.68 
 
 
1442 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  28.93 
 
 
1433 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.54 
 
 
280 aa  80.9  0.000000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  31.29 
 
 
1433 aa  80.5  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  28.3 
 
 
1433 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.52 
 
 
595 aa  79.7  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  28.3 
 
 
1433 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  27.67 
 
 
1433 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  27.67 
 
 
1433 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  27.67 
 
 
970 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  27.67 
 
 
1433 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  27.67 
 
 
1433 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  27.67 
 
 
1433 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  27.67 
 
 
1433 aa  79.3  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.26 
 
 
459 aa  79  0.00000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.7 
 
 
715 aa  78.2  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  32.28 
 
 
299 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  30.06 
 
 
1449 aa  78.6  0.00000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.74 
 
 
187 aa  76.3  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  30 
 
 
1390 aa  76.3  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  30.19 
 
 
1444 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  29.45 
 
 
1449 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0532  DNA polymerase III subunit epsilon  27.12 
 
 
232 aa  75.9  0.0000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.836516  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.76 
 
 
197 aa  75.5  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30.25 
 
 
584 aa  74.7  0.0000000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  29.63 
 
 
1367 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  29.63 
 
 
1367 aa  74.3  0.000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.75 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5255  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
180 aa  73.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000603191  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  29.81 
 
 
954 aa  73.6  0.000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5151  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.822  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2656  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
456 aa  72.8  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.60887 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0524  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.67 
 
 
835 aa  72.4  0.000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00517102  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  28.05 
 
 
489 aa  72  0.000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
547 aa  71.6  0.000000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0345  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.68 
 
 
197 aa  71.2  0.000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0358305  normal  0.16138 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0076  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 
442 aa  70.9  0.000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
315 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.67 
 
 
578 aa  70.5  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3451  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 
453 aa  70.9  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  30.43 
 
 
720 aa  70.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  30.63 
 
 
797 aa  70.5  0.00000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  29.56 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  28.32 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5498  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.48 
 
 
456 aa  70.1  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.228182  decreased coverage  0.000256581 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  34.33 
 
 
1527 aa  69.7  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09513  probable DNA-directed DNA polymerase III (epsilon subunit)  28.57 
 
 
457 aa  70.1  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
769 aa  69.3  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  28.93 
 
 
315 aa  68.9  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  28.93 
 
 
315 aa  68.6  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.83 
 
 
204 aa  68.9  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.25 
 
 
565 aa  68.9  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  28.93 
 
 
315 aa  68.6  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  28.57 
 
 
1465 aa  68.6  0.00000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  28.93 
 
 
315 aa  68.2  0.00000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.49 
 
 
921 aa  67.8  0.00000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  28.93 
 
 
315 aa  67.8  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>