143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Achl_4454 on replicon NC_011879
Organism: Arthrobacter chlorophenolicus A6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
187 aa  382  1e-105  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.99 
 
 
336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.33 
 
 
337 aa  133  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  41.07 
 
 
381 aa  110  1.0000000000000001e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.27 
 
 
197 aa  108  6e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.01 
 
 
335 aa  102  4e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.64 
 
 
186 aa  101  6e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.25 
 
 
201 aa  100  9e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  32 
 
 
183 aa  100  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  33.71 
 
 
302 aa  97.8  8e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  33.14 
 
 
302 aa  97.1  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  35.29 
 
 
207 aa  96.7  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.74 
 
 
177 aa  94.4  9e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.38 
 
 
280 aa  94  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.18 
 
 
184 aa  89.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.18 
 
 
184 aa  89.7  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.16 
 
 
189 aa  89.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.87 
 
 
289 aa  87  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  33.97 
 
 
184 aa  86.7  2e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  32.69 
 
 
314 aa  85.1  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.72 
 
 
176 aa  84.7  7e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.97 
 
 
196 aa  83.2  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  33.13 
 
 
177 aa  82.4  0.000000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  35 
 
 
163 aa  82  0.000000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.62 
 
 
164 aa  82.4  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.07 
 
 
297 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.07 
 
 
297 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  29.45 
 
 
177 aa  77  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.74 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.55 
 
 
199 aa  75.9  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.08 
 
 
170 aa  75.5  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 
297 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.88 
 
 
210 aa  75.1  0.0000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  30.73 
 
 
177 aa  70.5  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19710  hypothetical protein  28.49 
 
 
308 aa  65.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  27.53 
 
 
1442 aa  65.5  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.75 
 
 
367 aa  64.3  0.0000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  26.38 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.27 
 
 
595 aa  62.4  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  27.27 
 
 
334 aa  61.6  0.000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.59 
 
 
204 aa  60.5  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
330 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
330 aa  58.5  0.00000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
330 aa  58.5  0.00000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.87 
 
 
180 aa  56.6  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
300 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  26.79 
 
 
208 aa  55.1  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2692  DNA polymerase III subunit epsilon  26.82 
 
 
209 aa  54.7  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.48 
 
 
213 aa  54.7  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1605  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.38 
 
 
260 aa  54.3  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  26.9 
 
 
345 aa  54.3  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.95 
 
 
328 aa  53.5  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  26.42 
 
 
584 aa  53.5  0.000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.26 
 
 
952 aa  53.1  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.16 
 
 
565 aa  52.8  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.69 
 
 
229 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  29.66 
 
 
170 aa  53.1  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0874  DNA polymerase III subunit epsilon  25.57 
 
 
205 aa  52.4  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.203661  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.31 
 
 
578 aa  52.4  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  24.56 
 
 
333 aa  52  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.95 
 
 
212 aa  51.6  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3729  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.63 
 
 
199 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00168  DNA polymerase III subunit epsilon  25.58 
 
 
210 aa  50.8  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.57 
 
 
405 aa  49.7  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.11 
 
 
930 aa  49.7  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002200  DNA polymerase III epsilon subunit  25 
 
 
209 aa  49.7  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1339  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.6 
 
 
201 aa  50.1  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0133405  hitchhiker  0.000000000461521 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  27.95 
 
 
282 aa  49.3  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1341  DNA polymerase III subunit epsilon  25.48 
 
 
267 aa  49.7  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.426567  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  27.71 
 
 
222 aa  48.9  0.00004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.26 
 
 
203 aa  48.9  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  26.88 
 
 
601 aa  48.9  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2479  DNA polymerase III, epsilon subunit  22.46 
 
 
209 aa  48.5  0.00006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.114272  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.54 
 
 
449 aa  48.1  0.00007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 
211 aa  48.1  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1607  DNA polymerase III subunit epsilon  23.03 
 
 
266 aa  47.8  0.00009  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  29.05 
 
 
218 aa  47.8  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
221 aa  47  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.05 
 
 
218 aa  47.8  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.73 
 
 
204 aa  47  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  26.19 
 
 
203 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0863  DNA polymerase III subunit epsilon  24.39 
 
 
265 aa  46.6  0.0002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  26.88 
 
 
203 aa  47  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  25.73 
 
 
273 aa  46.6  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.22 
 
 
201 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  23.21 
 
 
1402 aa  46.2  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
205 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.17 
 
 
205 aa  46.2  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  33.1 
 
 
181 aa  45.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1647  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  22.89 
 
 
320 aa  45.4  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000174997  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  23.7 
 
 
1407 aa  45.8  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.93 
 
 
200 aa  45.8  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  25 
 
 
210 aa  45.8  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.05 
 
 
203 aa  45.4  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.95 
 
 
203 aa  45.4  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.46 
 
 
944 aa  45.4  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  23.88 
 
 
570 aa  45.1  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  27.53 
 
 
720 aa  45.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.62 
 
 
238 aa  45.1  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  28 
 
 
601 aa  44.7  0.0007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>