More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_0401 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
297 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  91.92 
 
 
297 aa  551  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  91.92 
 
 
297 aa  551  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  62.46 
 
 
289 aa  330  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  42.52 
 
 
314 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.85 
 
 
186 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.85 
 
 
189 aa  221  9e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.65 
 
 
201 aa  178  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.27 
 
 
196 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  48.3 
 
 
207 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.17 
 
 
199 aa  166  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  42.7 
 
 
302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  42.13 
 
 
302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.56 
 
 
177 aa  132  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.96 
 
 
183 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  44.2 
 
 
337 aa  129  6e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.22 
 
 
170 aa  127  3e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  40.48 
 
 
177 aa  122  6e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.26 
 
 
184 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.26 
 
 
184 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.64 
 
 
164 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.2 
 
 
336 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.83 
 
 
176 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.89 
 
 
335 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.32 
 
 
210 aa  114  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  36.2 
 
 
184 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  40.97 
 
 
163 aa  108  1e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  36.52 
 
 
177 aa  107  2e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  43.92 
 
 
381 aa  102  5e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.64 
 
 
179 aa  102  9e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  39.51 
 
 
196 aa  100  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.88 
 
 
367 aa  101  2e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  31.82 
 
 
177 aa  99.4  7e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.23 
 
 
280 aa  97.8  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  38.92 
 
 
282 aa  96.3  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  32.97 
 
 
334 aa  86.7  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.29 
 
 
570 aa  82  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32 
 
 
1433 aa  81.3  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  29.75 
 
 
791 aa  78.2  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 
187 aa  75.1  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.71 
 
 
462 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  31.18 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  31.71 
 
 
1397 aa  72.4  0.000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  31.18 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.39 
 
 
180 aa  71.2  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  31.84 
 
 
1442 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  30.59 
 
 
315 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.99 
 
 
1402 aa  69.7  0.00000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.68 
 
 
721 aa  69.3  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  32.97 
 
 
200 aa  68.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.68 
 
 
197 aa  68.6  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  30.91 
 
 
1433 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.03 
 
 
547 aa  68.2  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  27.23 
 
 
578 aa  67  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19710  hypothetical protein  34.29 
 
 
308 aa  67  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  29.38 
 
 
1440 aa  67.4  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
476 aa  67.4  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.2 
 
 
610 aa  67.4  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.41 
 
 
200 aa  66.6  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 
233 aa  66.6  0.0000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  32.75 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.74 
 
 
715 aa  66.2  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.53 
 
 
719 aa  65.9  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.87 
 
 
200 aa  65.9  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 
233 aa  65.5  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  31.1 
 
 
1365 aa  65.1  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  29.07 
 
 
617 aa  65.1  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  32.14 
 
 
242 aa  65.1  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 
242 aa  65.5  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.62 
 
 
205 aa  65.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  28.99 
 
 
1447 aa  64.7  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.54 
 
 
328 aa  64.3  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  31.39 
 
 
273 aa  65.1  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  35 
 
 
211 aa  64.7  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  30 
 
 
970 aa  64.3  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  30 
 
 
1433 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  30 
 
 
1433 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.37 
 
 
466 aa  64.3  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
214 aa  63.5  0.000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  27.33 
 
 
1407 aa  63.5  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.62 
 
 
219 aa  63.5  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
463 aa  63.2  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
565 aa  63.2  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1444 aa  63.2  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.61 
 
 
590 aa  63.2  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  63.2  0.000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  30.65 
 
 
241 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  29.41 
 
 
1433 aa  62.8  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.61 
 
 
232 aa  62.8  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>