More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1294 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  100 
 
 
177 aa  371  1e-102  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  51.98 
 
 
179 aa  187  5e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  48 
 
 
177 aa  174  6e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  45.2 
 
 
177 aa  168  3e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  49.38 
 
 
302 aa  145  3e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  49.38 
 
 
302 aa  145  3e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.36 
 
 
337 aa  109  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.22 
 
 
184 aa  109  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.22 
 
 
184 aa  109  3e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.23 
 
 
336 aa  107  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.52 
 
 
297 aa  107  7.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.71 
 
 
183 aa  107  8.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.65 
 
 
367 aa  107  1e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.55 
 
 
335 aa  106  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  38.32 
 
 
184 aa  105  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  35.85 
 
 
315 aa  102  3e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.12 
 
 
164 aa  102  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.32 
 
 
177 aa  101  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  35.22 
 
 
315 aa  100  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  35.22 
 
 
315 aa  100  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  35.22 
 
 
315 aa  100  8e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  35.22 
 
 
315 aa  100  8e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.83 
 
 
297 aa  100  8e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.27 
 
 
297 aa  100  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  34.88 
 
 
315 aa  100  9e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  35.22 
 
 
315 aa  100  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  35.44 
 
 
299 aa  99.8  2e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.18 
 
 
201 aa  98.2  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  34.59 
 
 
315 aa  98.2  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  34.59 
 
 
315 aa  97.4  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.7 
 
 
186 aa  97.1  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  32.77 
 
 
1407 aa  96.3  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  34.12 
 
 
207 aa  95.5  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  34 
 
 
163 aa  94.7  5e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  33.13 
 
 
1433 aa  95.1  5e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.42 
 
 
210 aa  95.1  5e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  33.72 
 
 
315 aa  94.4  7e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.09 
 
 
189 aa  93.6  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  34.57 
 
 
1442 aa  92  4e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  38.1 
 
 
381 aa  92  4e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  33.13 
 
 
1433 aa  92  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.02 
 
 
289 aa  92  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
176 aa  91.7  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  32.53 
 
 
1433 aa  91.3  6e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  32.53 
 
 
1433 aa  91.3  6e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  32.53 
 
 
1402 aa  91.3  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  31.93 
 
 
970 aa  90.9  8e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  31.93 
 
 
1433 aa  90.1  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  31.93 
 
 
1433 aa  90.1  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  31.93 
 
 
1433 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  31.93 
 
 
1433 aa  90.1  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  31.93 
 
 
1433 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  35 
 
 
1444 aa  90.1  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  31.93 
 
 
1433 aa  90.1  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.82 
 
 
1440 aa  89.4  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  36.36 
 
 
1426 aa  89  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  34.19 
 
 
314 aa  88.2  5e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  32.5 
 
 
1435 aa  88.2  6e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  28.99 
 
 
791 aa  87  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0983  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  32.7 
 
 
1437 aa  87  1e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.53 
 
 
280 aa  85.5  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1433 aa  85.1  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.84 
 
 
196 aa  84.7  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  29.17 
 
 
196 aa  84  9e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.54 
 
 
282 aa  84  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.29 
 
 
721 aa  83.2  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.64 
 
 
1367 aa  82.4  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.64 
 
 
1367 aa  82.4  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  30.82 
 
 
1397 aa  81.6  0.000000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.68 
 
 
170 aa  81.3  0.000000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  32.91 
 
 
1527 aa  81.3  0.000000000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.4 
 
 
565 aa  80.9  0.000000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
595 aa  81.3  0.000000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0916  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  30.11 
 
 
954 aa  80.1  0.00000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.75 
 
 
199 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.22 
 
 
218 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0694  DNA polymerase III PolC  28.67 
 
 
1443 aa  75.5  0.0000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0739447  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.81 
 
 
769 aa  75.5  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.01 
 
 
722 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  29.12 
 
 
1390 aa  75.1  0.0000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1384  Rad3-related DNA helicase  26.47 
 
 
797 aa  75.1  0.0000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  27.22 
 
 
489 aa  74.7  0.0000000000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  27.17 
 
 
1465 aa  74.3  0.0000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  31.25 
 
 
1449 aa  73.9  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  31.25 
 
 
1449 aa  73.6  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30.59 
 
 
584 aa  73.9  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0809  DNA polymerase III, alpha subunit ( type)  28.75 
 
 
1432 aa  73.6  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00164061 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
578 aa  72.8  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  31.58 
 
 
590 aa  73.2  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.49 
 
 
921 aa  73.2  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  32.52 
 
 
203 aa  72.8  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.14 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0436  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.72 
 
 
339 aa  72.8  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0464133  normal  0.956681 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  28.1 
 
 
1447 aa  72.4  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.38 
 
 
921 aa  72.4  0.000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.7 
 
 
547 aa  72  0.000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.48 
 
 
944 aa  71.2  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  30.99 
 
 
282 aa  71.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  29.19 
 
 
1436 aa  70.9  0.000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0524  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  27.65 
 
 
835 aa  70.5  0.00000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00517102  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>