More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0492 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
189 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  83.7 
 
 
186 aa  309  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.92 
 
 
297 aa  234  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.92 
 
 
297 aa  234  6e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.42 
 
 
289 aa  234  7e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  66.85 
 
 
297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  49.44 
 
 
207 aa  182  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  51.12 
 
 
314 aa  180  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.56 
 
 
196 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.8 
 
 
201 aa  174  5e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  55.17 
 
 
199 aa  167  7e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  41.62 
 
 
302 aa  157  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  41.04 
 
 
302 aa  156  1e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.22 
 
 
170 aa  137  1e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.48 
 
 
177 aa  134  8e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  44.94 
 
 
337 aa  130  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.3 
 
 
335 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  38.82 
 
 
177 aa  125  3e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.48 
 
 
210 aa  123  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.75 
 
 
184 aa  122  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.06 
 
 
183 aa  122  4e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.75 
 
 
184 aa  122  4e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  37.89 
 
 
184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.99 
 
 
336 aa  116  1.9999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.88 
 
 
164 aa  115  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  41.43 
 
 
163 aa  102  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.17 
 
 
176 aa  101  7e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.1 
 
 
280 aa  100  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  44.44 
 
 
381 aa  99.8  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  35.09 
 
 
177 aa  99.4  3e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  33.53 
 
 
177 aa  98.6  5e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.52 
 
 
179 aa  97.4  1e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  33.51 
 
 
334 aa  96.7  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  37.42 
 
 
196 aa  94.7  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.85 
 
 
367 aa  94.4  9e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.16 
 
 
187 aa  92.4  4e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.57 
 
 
197 aa  91.3  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  35.93 
 
 
282 aa  84.7  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.63 
 
 
180 aa  80.9  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.42 
 
 
921 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
909 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  30.2 
 
 
1440 aa  77.4  0.0000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 
462 aa  75.5  0.0000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  28.33 
 
 
1433 aa  75.1  0.0000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  31.41 
 
 
1397 aa  74.7  0.0000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.52 
 
 
233 aa  74.3  0.0000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  34.84 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  34.84 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  34.84 
 
 
330 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  31.45 
 
 
1402 aa  72.8  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 
240 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 
253 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 
253 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.15 
 
 
328 aa  72.4  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 
253 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  34.2 
 
 
244 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.33 
 
 
610 aa  72.4  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 
240 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 
253 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  32.99 
 
 
253 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  33.33 
 
 
570 aa  72  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  34.19 
 
 
345 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  37.68 
 
 
560 aa  71.6  0.000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  27.59 
 
 
1442 aa  71.2  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  32.56 
 
 
252 aa  70.9  0.000000000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  29.94 
 
 
315 aa  70.5  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.25 
 
 
453 aa  70.9  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  28.75 
 
 
791 aa  70.5  0.00000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1999  DNA polymerase III domain-containing protein  37.3 
 
 
217 aa  70.1  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  33.92 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  32.26 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  34.21 
 
 
244 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  33.53 
 
 
244 aa  69.7  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  29.59 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.84 
 
 
590 aa  69.7  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  33.33 
 
 
242 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  32.9 
 
 
333 aa  68.9  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2071  DNA polymerase III subunit epsilon  35.88 
 
 
234 aa  68.9  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1991  DNA polymerase III subunit epsilon  35.88 
 
 
234 aa  68.9  0.00000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1255  DNA polymerase III subunit epsilon  33.53 
 
 
244 aa  68.6  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0108719  normal  0.264434 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02468  DNA polymerase III subunit epsilon  34.24 
 
 
244 aa  68.2  0.00000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.650155  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  33.53 
 
 
244 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0849  DNA polymerase III subunit epsilon  34.55 
 
 
231 aa  68.2  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.577786  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  28.9 
 
 
315 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  33.53 
 
 
244 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  29.49 
 
 
315 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
315 aa  68.2  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.66 
 
 
232 aa  68.2  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1296  DNA polymerase III subunit epsilon  32.96 
 
 
239 aa  67.8  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  29.11 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.75 
 
 
502 aa  67  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  29.11 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  29.11 
 
 
315 aa  67.8  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  29.11 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  32.95 
 
 
244 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1361  DNA polymerase III subunit epsilon  32.4 
 
 
239 aa  67.4  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  26.06 
 
 
489 aa  67  0.0000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  32.49 
 
 
246 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  32.49 
 
 
246 aa  67  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.998111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>