More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0330 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  100 
 
 		 334 aa  691    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  50.18 
 
 		 282 aa  276  4e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  37.74 
 
 		 196 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  30.61 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.93 
 
 		 336 aa  109  8.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  27.69 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  27.36 
 
 		 302 aa  99.4  9e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.33 
 
 		 335 aa  95.5  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.33 
 
 		 184 aa  93.6  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.33 
 
 		 184 aa  93.6  4e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.51 
 
 		 189 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.83 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 		 186 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.93 
 
 		 201 aa  88.6  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  30.72 
 
 		 184 aa  87  4e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.97 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.7 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.51 
 
 		 289 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.13 
 
 		 595 aa  84.7  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.1 
 
 		 196 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  32.37 
 
 		 578 aa  83.2  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.02 
 
 		 578 aa  82  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  34.9 
 
 		 207 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  33.7 
 
 		 603 aa  81.3  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.14 
 
 		 210 aa  79  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.4 
 
 		 631 aa  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.14 
 
 		 1433 aa  77  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  28.4 
 
 		 1440 aa  76.3  0.0000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.79 
 
 		 199 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  32.93 
 
 		 570 aa  73.9  0.000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  27.4 
 
 		 616 aa  73.9  0.000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.01 
 
 		 164 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  30.62 
 
 		 584 aa  73.6  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  32.89 
 
 		 314 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  29.34 
 
 		 177 aa  73.2  0.000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  28.96 
 
 		 566 aa  72.4  0.000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.03 
 
 		 328 aa  72  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.81 
 
 		 183 aa  72.4  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.77 
 
 		 170 aa  72  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  27.57 
 
 		 630 aa  72  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  29.1 
 
 		 1402 aa  72.4  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.95 
 
 		 595 aa  70.9  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  30.49 
 
 		 584 aa  70.9  0.00000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  27.16 
 
 		 630 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  27.16 
 
 		 630 aa  69.7  0.00000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3518  hypothetical protein  31.52 
 
 		 585 aa  69.3  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.663453  hitchhiker  0.00905238 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 		 574 aa  69.3  0.00000000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  28.64 
 
 		 574 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  34.23 
 
 		 381 aa  68.6  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.73 
 
 		 715 aa  68.2  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  29.45 
 
 		 163 aa  67.4  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.66 
 
 		 590 aa  67.4  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  32.08 
 
 		 179 aa  67.4  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 		 609 aa  65.5  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.11 
 
 		 605 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  30.17 
 
 		 601 aa  65.5  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  26.9 
 
 		 645 aa  65.1  0.000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  29.09 
 
 		 1442 aa  65.1  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  29.55 
 
 		 601 aa  65.1  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.27 
 
 		 177 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.8 
 
 		 610 aa  64.7  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.82 
 
 		 280 aa  65.1  0.000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  30.62 
 
 		 590 aa  64.3  0.000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0978  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.73 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0235504  normal  0.0652516 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  28.06 
 
 		 1635 aa  63.9  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  29.87 
 
 		 177 aa  63.9  0.000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3286  hypothetical protein  29.7 
 
 		 607 aa  63.2  0.000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.94891 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.01 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.09 
 
 		 462 aa  62.8  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  29.88 
 
 		 1397 aa  62.8  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1004  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.73 
 
 		 282 aa  62.4  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  27.27 
 
 		 1407 aa  62.8  0.000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  27.44 
 
 		 1362 aa  62  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  27.89 
 
 		 617 aa  62  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.91 
 
 		 565 aa  62.4  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  27.65 
 
 		 1436 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1350  DNA polymerase III PolC  27.65 
 
 		 1438 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.27 
 
 		 187 aa  61.6  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1324  DNA polymerase III PolC  27.65 
 
 		 1438 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  23.12 
 
 		 970 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  26.42 
 
 		 1367 aa  60.8  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  26.42 
 
 		 1367 aa  60.8  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  24.61 
 
 		 1465 aa  60.5  0.00000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  27.49 
 
 		 1435 aa  60.5  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 		 722 aa  59.7  0.00000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3922  DNA polymerase III subunit epsilon  29.36 
 
 		 530 aa  59.7  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000050364  normal  0.710356 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  22.58 
 
 		 1433 aa  59.3  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  22.58 
 
 		 1433 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  22.58 
 
 		 1433 aa  59.3  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  22.58 
 
 		 1433 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.56 
 
 		 453 aa  59.3  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  22.58 
 
 		 1433 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3559  DNA polymerase III subunit epsilon  30.06 
 
 		 485 aa  59.3  0.00000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  22.58 
 
 		 1433 aa  58.9  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  22.58 
 
 		 1433 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  22.04 
 
 		 1433 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  22.04 
 
 		 1433 aa  58.9  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  22.58 
 
 		 1433 aa  59.3  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  26.35 
 
 		 177 aa  58.9  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>