251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3293 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  100 
 
 		 314 aa  642    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.62 
 
 		 297 aa  245  8e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.29 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.52 
 
 		 297 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.4 
 
 		 289 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  53.93 
 
 		 186 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.37 
 
 		 201 aa  184  2.0000000000000003e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  51.12 
 
 		 189 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  45.81 
 
 		 207 aa  172  5e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.3 
 
 		 196 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  41.18 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.28 
 
 		 199 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  40.64 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 		 183 aa  124  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 		 170 aa  116  3.9999999999999997e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.25 
 
 		 177 aa  116  6e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  37.36 
 
 		 177 aa  115  8.999999999999998e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.18 
 
 		 280 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.26 
 
 		 179 aa  104  1e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.33 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40 
 
 		 164 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.87 
 
 		 176 aa  99.8  5e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.52 
 
 		 336 aa  99.8  5e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  34.29 
 
 		 177 aa  97.1  4e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  34.25 
 
 		 163 aa  95.1  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.18 
 
 		 184 aa  95.1  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.18 
 
 		 184 aa  95.1  1e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  34.36 
 
 		 184 aa  94  3e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.97 
 
 		 210 aa  92  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  33.53 
 
 		 177 aa  92  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.04 
 
 		 187 aa  91.3  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35 
 
 		 335 aa  89.4  8e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  36.73 
 
 		 381 aa  88.2  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.52 
 
 		 367 aa  87  4e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  31.52 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  34.36 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.61 
 
 		 197 aa  78.2  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  31.93 
 
 		 334 aa  74.7  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  29.52 
 
 		 1402 aa  67.4  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  29.49 
 
 		 1407 aa  66.6  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.53 
 
 		 462 aa  63.9  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.85 
 
 		 1433 aa  63.5  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.89 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  27.95 
 
 		 1367 aa  59.3  0.00000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  27.95 
 
 		 1367 aa  59.3  0.00000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 		 180 aa  58.2  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.65 
 
 		 233 aa  57.4  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.76 
 
 		 205 aa  57.8  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.18 
 
 		 233 aa  57  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  28.7 
 
 		 315 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  26.67 
 
 		 603 aa  57  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  32.54 
 
 		 570 aa  57  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  28.46 
 
 		 315 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  27.22 
 
 		 251 aa  56.6  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  24.49 
 
 		 489 aa  56.6  0.0000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  28.7 
 
 		 315 aa  56.2  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  27.78 
 
 		 315 aa  55.8  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  28.46 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  28.46 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  28.46 
 
 		 315 aa  55.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  28.46 
 
 		 315 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  28.43 
 
 		 315 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  27.56 
 
 		 791 aa  55.5  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.45 
 
 		 328 aa  55.5  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 		 229 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.96 
 
 		 228 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  28.46 
 
 		 315 aa  55.1  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  30.99 
 
 		 1444 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.63 
 
 		 921 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 		 330 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 		 565 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 		 330 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.42 
 
 		 228 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  28.12 
 
 		 1442 aa  54.7  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.42 
 
 		 228 aa  54.7  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  27.21 
 
 		 345 aa  53.9  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 		 239 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  31.41 
 
 		 1362 aa  53.9  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.42 
 
 		 228 aa  53.5  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1907  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.9 
 
 		 453 aa  53.5  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  25.62 
 
 		 1397 aa  53.9  0.000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  32.39 
 
 		 222 aa  53.9  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  28.12 
 
 		 1365 aa  53.5  0.000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.36 
 
 		 229 aa  53.5  0.000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  29.25 
 
 		 330 aa  53.5  0.000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  23.65 
 
 		 1447 aa  53.1  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.88 
 
 		 211 aa  53.1  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  30.97 
 
 		 227 aa  52.8  0.000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.3 
 
 		 547 aa  52.4  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  28.88 
 
 		 1426 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  27.03 
 
 		 299 aa  52  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  33.02 
 
 		 578 aa  52.4  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  25.36 
 
 		 1635 aa  52  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  35.4 
 
 		 170 aa  52.4  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  28.07 
 
 		 601 aa  52  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.28 
 
 		 218 aa  52  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  24.18 
 
 		 1390 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  30.64 
 
 		 247 aa  51.6  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.6 
 
 		 219 aa  51.6  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1885  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 		 204 aa  51.6  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.491413  normal  0.0408488 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>