More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2865 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  100 
 
 
207 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.95 
 
 
196 aa  261  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  64.95 
 
 
199 aa  247  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.97 
 
 
201 aa  206  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50.27 
 
 
186 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  41.41 
 
 
302 aa  180  1e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  41.41 
 
 
302 aa  180  1e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.44 
 
 
189 aa  179  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.75 
 
 
297 aa  178  4e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.3 
 
 
297 aa  177  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.19 
 
 
297 aa  177  1e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  45.81 
 
 
314 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.39 
 
 
289 aa  160  9e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.87 
 
 
170 aa  141  6e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.5 
 
 
183 aa  137  1e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.38 
 
 
177 aa  123  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.88 
 
 
337 aa  122  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.44 
 
 
335 aa  121  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  43.27 
 
 
210 aa  121  6e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  39.41 
 
 
177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.8 
 
 
336 aa  112  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.12 
 
 
164 aa  108  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  37.63 
 
 
184 aa  107  9.000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.14 
 
 
184 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.14 
 
 
184 aa  107  1e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.27 
 
 
179 aa  105  3e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  41.78 
 
 
381 aa  102  6e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  33.52 
 
 
177 aa  99.8  2e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.29 
 
 
187 aa  96.7  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.73 
 
 
176 aa  95.9  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  39.23 
 
 
163 aa  95.9  4e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  34.12 
 
 
177 aa  95.5  5e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  35.33 
 
 
196 aa  92.8  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.34 
 
 
367 aa  87.4  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.22 
 
 
280 aa  86.3  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  31.93 
 
 
282 aa  82.4  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  34.9 
 
 
334 aa  81.3  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
180 aa  80.9  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  28.83 
 
 
1433 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  27.64 
 
 
489 aa  78.6  0.00000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.02 
 
 
570 aa  77.4  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.64 
 
 
197 aa  76.3  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  26.79 
 
 
1442 aa  75.9  0.0000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.64 
 
 
205 aa  74.7  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  28.73 
 
 
1402 aa  72.8  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0222  exonuclease  32.3 
 
 
227 aa  73.2  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.04 
 
 
466 aa  72.4  0.000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
211 aa  72  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0016  DNA-directed DNA polymerase  35.92 
 
 
218 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.169701  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1445  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.16 
 
 
214 aa  70.1  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000779612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.92 
 
 
218 aa  70.5  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  26.9 
 
 
1407 aa  70.1  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  26.7 
 
 
1426 aa  69.3  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2003  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.23 
 
 
208 aa  68.9  0.00000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.187406  hitchhiker  0.0000370659 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
330 aa  68.6  0.00000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
330 aa  68.6  0.00000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.91 
 
 
219 aa  68.2  0.00000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
330 aa  68.2  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4300  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
204 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0011109  normal  0.487257 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3411  DNA-directed DNA polymerase  30.06 
 
 
215 aa  67.4  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.537666  normal  0.0817359 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.86 
 
 
204 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.85 
 
 
203 aa  66.6  0.0000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2460  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
208 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0275713  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
218 aa  67  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2355  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
208 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2114  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.49 
 
 
212 aa  67  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  31.76 
 
 
208 aa  67.4  0.0000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2344  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.65 
 
 
208 aa  67  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  32.35 
 
 
203 aa  67.4  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.27 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  32.62 
 
 
221 aa  66.6  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4665  exonuclease, putative  27.72 
 
 
204 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.356009  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  28.9 
 
 
208 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.7 
 
 
215 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.17 
 
 
462 aa  66.6  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  30.34 
 
 
578 aa  65.9  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  29.05 
 
 
203 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.54 
 
 
203 aa  66.2  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.06 
 
 
204 aa  65.9  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  28.73 
 
 
1367 aa  65.1  0.0000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  30.64 
 
 
617 aa  65.1  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  28.73 
 
 
1367 aa  65.1  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1848  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 
239 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  26.7 
 
 
584 aa  65.1  0.0000000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.55 
 
 
769 aa  65.1  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  29.63 
 
 
345 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.95 
 
 
204 aa  63.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1770  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.88 
 
 
229 aa  64.3  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  26.82 
 
 
1388 aa  63.5  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1381  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.87 
 
 
204 aa  63.9  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.348365  normal  0.0969598 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  26.85 
 
 
1464 aa  63.9  0.000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
210 aa  62.8  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  27.53 
 
 
578 aa  62.8  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6094  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.38 
 
 
212 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0666129  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  28.96 
 
 
1362 aa  63.2  0.000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1983  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.38 
 
 
212 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.28 
 
 
246 aa  62.4  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
243 aa  62.8  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  29.28 
 
 
246 aa  62.4  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>