More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1582 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
176 aa  364  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.45 
 
 
164 aa  152  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.74 
 
 
177 aa  150  8.999999999999999e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.83 
 
 
297 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.05 
 
 
297 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.01 
 
 
289 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.3 
 
 
297 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  35.85 
 
 
177 aa  107  9.000000000000001e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
302 aa  107  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  34.81 
 
 
302 aa  107  1e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.74 
 
 
201 aa  106  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.22 
 
 
179 aa  106  2e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.86 
 
 
186 aa  105  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.46 
 
 
335 aa  101  7e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.55 
 
 
183 aa  100  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.4 
 
 
196 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.17 
 
 
189 aa  97.8  7e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.78 
 
 
210 aa  97.8  7e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  34.73 
 
 
207 aa  95.9  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  39.87 
 
 
314 aa  96.3  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.88 
 
 
336 aa  95.9  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  32.7 
 
 
177 aa  95.5  3e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.25 
 
 
337 aa  95.1  4e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  33.75 
 
 
184 aa  94.7  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.75 
 
 
184 aa  94.7  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  33.97 
 
 
184 aa  94  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40 
 
 
199 aa  93.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.55 
 
 
565 aa  92.8  2e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  33.33 
 
 
177 aa  91.7  5e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  37.32 
 
 
163 aa  89.4  3e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  38.19 
 
 
381 aa  87.8  7e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  36.25 
 
 
1402 aa  86.3  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.72 
 
 
187 aa  84.7  6e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.41 
 
 
1367 aa  79.7  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.41 
 
 
1367 aa  79.7  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 
315 aa  77.4  0.00000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  35.37 
 
 
204 aa  77.4  0.00000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 
315 aa  77.4  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 
315 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 
315 aa  77  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 
315 aa  77  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  35.03 
 
 
330 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  32.14 
 
 
315 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  31.55 
 
 
315 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  34.39 
 
 
330 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  32.14 
 
 
315 aa  77  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  35.03 
 
 
330 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.73 
 
 
197 aa  75.9  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  32.74 
 
 
299 aa  76.6  0.0000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
204 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  33.14 
 
 
1397 aa  75.9  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  30.95 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  30.95 
 
 
315 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  35.03 
 
 
345 aa  75.5  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  35.98 
 
 
203 aa  75.9  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  35.59 
 
 
1435 aa  75.1  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.05 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  32.28 
 
 
1442 aa  75.1  0.0000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3970  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.18 
 
 
406 aa  75.1  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.126437  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  36.36 
 
 
578 aa  74.7  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  32.93 
 
 
333 aa  74.3  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.7 
 
 
1433 aa  73.6  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  34.15 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.54 
 
 
590 aa  73.9  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  31.55 
 
 
1390 aa  73.6  0.000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1483  DNA polymerase III PolC  33.33 
 
 
1388 aa  73.2  0.000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1027  DNA polymerase III subunit epsilon  30.07 
 
 
254 aa  72.4  0.000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.512461  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  32.69 
 
 
1449 aa  72.4  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  32.69 
 
 
1449 aa  72.4  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.13 
 
 
715 aa  72  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  33.1 
 
 
1433 aa  71.2  0.000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2348  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.68 
 
 
769 aa  71.2  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.574239  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  30.41 
 
 
247 aa  70.9  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.52 
 
 
204 aa  70.9  0.000000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  34.36 
 
 
570 aa  70.9  0.000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1341  DNA polymerase III subunit epsilon  28.75 
 
 
267 aa  70.9  0.000000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.426567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2410  DNA-directed DNA polymerase  32.16 
 
 
208 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0597525  hitchhiker  0.00000352729 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1605  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.18 
 
 
260 aa  70.5  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1407 aa  70.1  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  33.13 
 
 
720 aa  69.7  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  28.3 
 
 
273 aa  69.3  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  31.74 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  34.13 
 
 
1444 aa  69.7  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  33.72 
 
 
603 aa  69.7  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0400  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.16 
 
 
248 aa  69.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0564  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.16 
 
 
248 aa  69.3  0.00000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0863  DNA polymerase III subunit epsilon  30.52 
 
 
265 aa  69.7  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0866  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.53 
 
 
204 aa  68.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.183272 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2613  DNA polymerase III subunit  34.15 
 
 
222 aa  68.9  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.47 
 
 
595 aa  68.9  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.97 
 
 
462 aa  68.2  0.00000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  28.25 
 
 
254 aa  68.2  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  28.25 
 
 
254 aa  68.2  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  28.25 
 
 
254 aa  68.2  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.13 
 
 
610 aa  67.8  0.00000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0477  DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 
253 aa  67.8  0.00000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.387234  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  34.34 
 
 
1426 aa  67.8  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  32.92 
 
 
601 aa  67.4  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.07 
 
 
631 aa  67.4  0.00000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>