More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_3096 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
201 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  46.97 
 
 
207 aa  206  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  49.74 
 
 
196 aa  203  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.21 
 
 
199 aa  187  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  43.81 
 
 
302 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  43.3 
 
 
302 aa  182  3e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.65 
 
 
297 aa  178  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  43.37 
 
 
314 aa  177  8e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.31 
 
 
186 aa  177  1e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.75 
 
 
289 aa  176  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.85 
 
 
297 aa  176  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.85 
 
 
297 aa  176  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.8 
 
 
189 aa  173  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.41 
 
 
170 aa  148  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.39 
 
 
183 aa  135  4e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.83 
 
 
177 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45 
 
 
164 aa  124  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.55 
 
 
337 aa  123  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.62 
 
 
335 aa  121  9e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.67 
 
 
336 aa  120  9.999999999999999e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.03 
 
 
184 aa  119  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  36.17 
 
 
184 aa  119  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  41.03 
 
 
184 aa  119  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.38 
 
 
179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  40.97 
 
 
210 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  34.13 
 
 
177 aa  107  1e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.74 
 
 
176 aa  106  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.87 
 
 
280 aa  102  3e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.25 
 
 
187 aa  100  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.05 
 
 
197 aa  100  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  37.13 
 
 
282 aa  98.6  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  32.18 
 
 
177 aa  98.2  6e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  29.89 
 
 
177 aa  97.8  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.97 
 
 
367 aa  92  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  32.86 
 
 
163 aa  89.7  2e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  31.93 
 
 
334 aa  88.6  5e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  35.86 
 
 
381 aa  82  0.000000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  31.25 
 
 
196 aa  75.5  0.0000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  31.52 
 
 
1402 aa  73.2  0.000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  27.86 
 
 
315 aa  68.6  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  29.52 
 
 
315 aa  67.4  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  27.36 
 
 
315 aa  66.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  27.12 
 
 
1433 aa  65.9  0.0000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 
315 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 
315 aa  64.7  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 
315 aa  64.3  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 
315 aa  64.3  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 
315 aa  64.3  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  29.75 
 
 
315 aa  64.3  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
251 aa  64.3  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.11 
 
 
233 aa  63.2  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  28.39 
 
 
315 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.33 
 
 
449 aa  63.2  0.000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2429  DNA polymerase III PolC  27.33 
 
 
1635 aa  62  0.000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.63 
 
 
232 aa  61.6  0.000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  30.95 
 
 
242 aa  60.5  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  31.74 
 
 
242 aa  60.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  28.77 
 
 
330 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  24.36 
 
 
489 aa  59.7  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  28.77 
 
 
330 aa  59.7  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.41 
 
 
200 aa  59.3  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.12 
 
 
213 aa  59.3  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  28.08 
 
 
330 aa  59.3  0.00000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  25.29 
 
 
1442 aa  59.3  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  28.98 
 
 
242 aa  58.5  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  24.86 
 
 
200 aa  58.5  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  32.38 
 
 
345 aa  58.5  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2190  DNA polymerase III subunit epsilon  31.18 
 
 
240 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.45 
 
 
180 aa  57.8  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
239 aa  57.4  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  34.25 
 
 
249 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.32 
 
 
200 aa  56.2  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.97 
 
 
565 aa  56.2  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  31.51 
 
 
244 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0006  DNA polymerase III subunit epsilon  27.91 
 
 
236 aa  56.6  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  24.07 
 
 
1407 aa  56.2  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  27.52 
 
 
1464 aa  56.2  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2791  DNA polymerase III subunit epsilon  31.51 
 
 
241 aa  55.8  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0063034  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2449  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.41 
 
 
243 aa  55.8  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.365574  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.31 
 
 
234 aa  55.8  0.0000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2183  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.36 
 
 
233 aa  55.5  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.536096  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  31.2 
 
 
578 aa  55.5  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  28.3 
 
 
299 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0845  DNA polymerase III subunit epsilon  30.3 
 
 
243 aa  55.5  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  31.43 
 
 
333 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1250  DNA polymerase III subunit epsilon  32.19 
 
 
244 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687426  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  31.37 
 
 
707 aa  54.7  0.0000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.06 
 
 
1367 aa  54.7  0.0000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.06 
 
 
1367 aa  54.7  0.0000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  30.87 
 
 
253 aa  53.9  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  30.87 
 
 
253 aa  53.9  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  30.87 
 
 
253 aa  53.9  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  30.87 
 
 
253 aa  53.9  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  30.87 
 
 
253 aa  53.9  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  29.82 
 
 
241 aa  54.3  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  27.61 
 
 
1433 aa  54.3  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  29.14 
 
 
578 aa  54.3  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  31.51 
 
 
240 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  31.51 
 
 
240 aa  53.9  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4160  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.37 
 
 
218 aa  53.9  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>