More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2129 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
335 aa  671    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.2 
 
 
210 aa  203  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.94 
 
 
336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.01 
 
 
337 aa  189  5e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  29.39 
 
 
302 aa  151  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  29.39 
 
 
302 aa  150  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  35.39 
 
 
381 aa  146  4.0000000000000006e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.53 
 
 
183 aa  143  4e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  48.21 
 
 
177 aa  139  1e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.8 
 
 
186 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  44 
 
 
207 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.3 
 
 
189 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.62 
 
 
201 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  45.4 
 
 
297 aa  124  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.89 
 
 
297 aa  123  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.83 
 
 
297 aa  123  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.43 
 
 
164 aa  122  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  38.18 
 
 
184 aa  122  9.999999999999999e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  36.16 
 
 
177 aa  122  9.999999999999999e-27  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.36 
 
 
289 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  37.21 
 
 
177 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  42.47 
 
 
163 aa  120  3e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.18 
 
 
184 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.18 
 
 
184 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  39.55 
 
 
177 aa  117  3e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.52 
 
 
179 aa  114  3e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.66 
 
 
199 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.42 
 
 
187 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.5 
 
 
196 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.13 
 
 
176 aa  105  9e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  39.15 
 
 
578 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  26.04 
 
 
334 aa  102  7e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  35.33 
 
 
1402 aa  97.4  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  24.66 
 
 
367 aa  95.9  9e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  35.37 
 
 
1397 aa  95.5  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  36.57 
 
 
570 aa  94.4  3e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.98 
 
 
280 aa  94  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  32.93 
 
 
1442 aa  93.6  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.15 
 
 
197 aa  93.2  5e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  38.29 
 
 
617 aa  92.4  9e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  35 
 
 
314 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  35.47 
 
 
603 aa  91.7  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  33.85 
 
 
1440 aa  91.3  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2625  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.15 
 
 
300 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.401759  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.91 
 
 
204 aa  90.9  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
215 aa  90.9  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  36.26 
 
 
584 aa  90.5  4e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3128  hypothetical protein  38.07 
 
 
601 aa  89.7  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.38 
 
 
170 aa  88.6  1e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3055  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.06 
 
 
218 aa  87.8  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000215012  normal  0.403566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3773  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.33 
 
 
204 aa  88.2  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.2447  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16150  hypothetical protein  35.09 
 
 
584 aa  87.8  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0650546  normal  0.732328 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  36.46 
 
 
566 aa  87.4  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  35.47 
 
 
574 aa  87  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  29.69 
 
 
1407 aa  86.7  5e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.24 
 
 
1433 aa  86.7  5e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  33.98 
 
 
630 aa  86.3  6e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14220  hypothetical protein  33.87 
 
 
551 aa  85.9  9e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.285162  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  32.72 
 
 
1444 aa  85.9  9e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.48 
 
 
584 aa  85.5  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.12 
 
 
205 aa  85.1  0.000000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  32.58 
 
 
578 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3336  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.95 
 
 
609 aa  85.1  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.55 
 
 
328 aa  84.7  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.16 
 
 
565 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  35.14 
 
 
616 aa  84.3  0.000000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.14 
 
 
204 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1383  exonuclease  38.51 
 
 
181 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  28.4 
 
 
970 aa  84  0.000000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  33.5 
 
 
630 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  31.25 
 
 
204 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.41 
 
 
930 aa  84  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  33.5 
 
 
630 aa  84  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.75 
 
 
921 aa  83.6  0.000000000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.86 
 
 
595 aa  83.6  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0987  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.14 
 
 
208 aa  83.2  0.000000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.750211  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 
715 aa  83.2  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.34 
 
 
631 aa  82.4  0.000000000000009  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02830  hypothetical protein  30.29 
 
 
204 aa  82.4  0.000000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0780  exonuclease  33.71 
 
 
203 aa  82.4  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  36.26 
 
 
574 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.63 
 
 
449 aa  81.6  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  37.74 
 
 
203 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.93 
 
 
952 aa  80.9  0.00000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.61 
 
 
210 aa  80.9  0.00000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  32.16 
 
 
1435 aa  80.9  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  35.57 
 
 
560 aa  80.5  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  32.8 
 
 
203 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  35.26 
 
 
601 aa  79.7  0.00000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.1 
 
 
610 aa  79.7  0.00000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2197  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.2 
 
 
205 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0519695  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  34.13 
 
 
208 aa  78.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 
605 aa  79  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  28.65 
 
 
273 aa  79  0.0000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  34.92 
 
 
613 aa  79  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1576  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.52 
 
 
219 aa  79  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00126121  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  29.8 
 
 
315 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  29.61 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.97 
 
 
595 aa  78.2  0.0000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  30.86 
 
 
1426 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>