More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG0223 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG0223  exonuclease  100 
 
 
163 aa  340  7e-93  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  39.13 
 
 
302 aa  134  4e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  39.13 
 
 
302 aa  134  4e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  41.88 
 
 
177 aa  134  5e-31  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.12 
 
 
183 aa  133  9e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.1 
 
 
336 aa  126  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.89 
 
 
179 aa  124  4.0000000000000003e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.21 
 
 
297 aa  121  4e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.47 
 
 
335 aa  120  9.999999999999999e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  38.75 
 
 
177 aa  119  1.9999999999999998e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.21 
 
 
297 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.26 
 
 
337 aa  119  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.59 
 
 
297 aa  117  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.12 
 
 
184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.12 
 
 
184 aa  116  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.24 
 
 
164 aa  115  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  37.72 
 
 
184 aa  112  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  35.4 
 
 
177 aa  112  2.0000000000000002e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.77 
 
 
186 aa  112  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.14 
 
 
177 aa  110  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  41.22 
 
 
210 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.77 
 
 
189 aa  107  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.33 
 
 
196 aa  105  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  36.71 
 
 
207 aa  105  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.62 
 
 
199 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  35.71 
 
 
314 aa  101  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.84 
 
 
201 aa  101  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  40.14 
 
 
381 aa  100  1e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.61 
 
 
176 aa  98.6  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.2 
 
 
187 aa  95.9  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.84 
 
 
170 aa  94.7  5e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.89 
 
 
289 aa  94.4  6e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.02 
 
 
280 aa  93.6  1e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.87 
 
 
367 aa  89.4  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.9 
 
 
197 aa  84.7  5e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.12 
 
 
1442 aa  82  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  31.48 
 
 
1402 aa  81.3  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.76 
 
 
595 aa  79.7  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  30.67 
 
 
334 aa  74.7  0.0000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  29.7 
 
 
1397 aa  72  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  29.19 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.65 
 
 
547 aa  70.9  0.000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  32.7 
 
 
282 aa  70.5  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  30.72 
 
 
570 aa  70.1  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  34.73 
 
 
208 aa  69.3  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  29.45 
 
 
1433 aa  69.3  0.00000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.67 
 
 
565 aa  68.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  29.45 
 
 
1433 aa  67.4  0.00000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  31.85 
 
 
603 aa  67  0.0000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2071  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.27 
 
 
631 aa  67  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2004  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.12 
 
 
584 aa  67  0.0000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489491  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  28.22 
 
 
970 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  29.75 
 
 
616 aa  66.2  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1292  DNA polymerase III subunit epsilon  33.13 
 
 
345 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  29.63 
 
 
1527 aa  66.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5519  DNA polymerase III subunit epsilon  33.13 
 
 
333 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.716069  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19710  hypothetical protein  30.3 
 
 
308 aa  65.5  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  32.91 
 
 
330 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1834  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
203 aa  65.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.600995  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  32.91 
 
 
330 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  28.22 
 
 
1433 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  32.28 
 
 
330 aa  65.1  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.66 
 
 
578 aa  64.7  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
201 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
715 aa  63.9  0.0000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  26.99 
 
 
1367 aa  63.9  0.0000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  26.99 
 
 
1367 aa  63.9  0.0000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.53 
 
 
203 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.65 
 
 
459 aa  63.5  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  29.45 
 
 
168 aa  63.2  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.53 
 
 
211 aa  63.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3247  hypothetical protein  28.14 
 
 
601 aa  63.5  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0320196  normal  0.0964172 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  29.52 
 
 
1440 aa  63.5  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4120  DNA-directed DNA polymerase  31.29 
 
 
203 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242284  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2346  DNA-directed DNA polymerase  29.09 
 
 
170 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0024  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.56 
 
 
210 aa  62.8  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13734 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0714  exonuclease  29.55 
 
 
516 aa  62.8  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.76 
 
 
952 aa  63.2  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.67 
 
 
930 aa  62.8  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  62  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  27.71 
 
 
578 aa  62  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4913  DNA polymerase III subunit epsilon  32.52 
 
 
389 aa  62  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.157801  hitchhiker  0.00553803 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  62.4  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.45 
 
 
328 aa  61.6  0.000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.13 
 
 
462 aa  61.6  0.000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  61.2  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4924  exonuclease  29.41 
 
 
203 aa  61.2  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  28.99 
 
 
315 aa  61.2  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.09 
 
 
449 aa  61.2  0.000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>