More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP1432 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002976  SERP1432  exonuclease  100 
 
 
184 aa  384  1e-106  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  75.54 
 
 
184 aa  303  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  75.54 
 
 
184 aa  303  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  38.42 
 
 
179 aa  121  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  41.76 
 
 
302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  41.76 
 
 
302 aa  119  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.17 
 
 
201 aa  119  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.53 
 
 
210 aa  119  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.81 
 
 
186 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.62 
 
 
335 aa  115  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.36 
 
 
289 aa  115  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.18 
 
 
337 aa  114  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.89 
 
 
297 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.2 
 
 
183 aa  111  5e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.36 
 
 
297 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.2 
 
 
297 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.39 
 
 
177 aa  111  7.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.26 
 
 
196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.89 
 
 
189 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  37.63 
 
 
207 aa  107  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  36.55 
 
 
381 aa  105  5e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  38.32 
 
 
177 aa  105  5e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.26 
 
 
336 aa  104  8e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.46 
 
 
199 aa  102  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.22 
 
 
164 aa  101  5e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  34.66 
 
 
177 aa  101  5e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.31 
 
 
280 aa  100  1e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  38.35 
 
 
163 aa  99.4  3e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.74 
 
 
367 aa  98.2  7e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  33.33 
 
 
177 aa  96.7  2e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.97 
 
 
176 aa  94  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  34.64 
 
 
314 aa  92  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.46 
 
 
170 aa  92  5e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  32.52 
 
 
282 aa  90.5  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.81 
 
 
1442 aa  88.6  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.58 
 
 
930 aa  88.6  4e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  30.72 
 
 
334 aa  87  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.97 
 
 
187 aa  86.7  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.54 
 
 
197 aa  85.5  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.32 
 
 
1390 aa  82.8  0.000000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.53 
 
 
205 aa  83.2  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  31.1 
 
 
570 aa  79.7  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.11 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.05 
 
 
715 aa  79  0.00000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0342  DNA polymerase III PolC  30.05 
 
 
1367 aa  78.2  0.00000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0360  DNA polymerase III PolC  30.05 
 
 
1367 aa  78.2  0.00000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  30 
 
 
196 aa  75.9  0.0000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  31.44 
 
 
251 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3956  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.33 
 
 
502 aa  74.7  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.323553  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3810  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  31.65 
 
 
405 aa  74.7  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.730242  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
242 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  28.9 
 
 
1407 aa  72.8  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  30.32 
 
 
1362 aa  72.8  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  28.82 
 
 
617 aa  72.4  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  28.57 
 
 
168 aa  72  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  30.38 
 
 
1433 aa  71.6  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.34 
 
 
565 aa  71.6  0.000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 
595 aa  71.2  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12219  hypothetical protein  27.89 
 
 
645 aa  71.2  0.000000000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1902  putative PAS/PAC sensor protein  32 
 
 
707 aa  70.9  0.000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.4 
 
 
595 aa  70.9  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.24 
 
 
233 aa  70.1  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  30.72 
 
 
254 aa  70.1  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  30.72 
 
 
254 aa  70.1  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.73 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0332  DNA polymerase III, alpha subunit  26.83 
 
 
1465 aa  70.1  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  30.72 
 
 
254 aa  70.1  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2090  DNA polymerase III, alpha subunit  28.83 
 
 
1421 aa  69.3  0.00000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.591044  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.74 
 
 
578 aa  68.9  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  27.75 
 
 
1449 aa  68.2  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  27.75 
 
 
1449 aa  68.2  0.00000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  30.63 
 
 
273 aa  68.2  0.00000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1607  DNA polymerase III subunit epsilon  32.18 
 
 
266 aa  67.8  0.00000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0470  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.03 
 
 
228 aa  67.8  0.00000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4061  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.9 
 
 
204 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  30.13 
 
 
616 aa  67.4  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  25.75 
 
 
187 aa  67  0.0000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.7 
 
 
240 aa  67.4  0.0000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1068  DNA polymerase III, epsilon chain  30.3 
 
 
277 aa  67.4  0.0000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000241  DNA polymerase III alpha subunit  29.41 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3691  hypothetical protein  29.82 
 
 
720 aa  67  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.95 
 
 
921 aa  66.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1605  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
260 aa  66.6  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15750  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  29.05 
 
 
616 aa  66.6  0.0000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.270349  normal  0.534773 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1410  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.32 
 
 
481 aa  66.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.3 
 
 
242 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  27.53 
 
 
1444 aa  66.2  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0238  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.41 
 
 
731 aa  65.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000829837 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.5 
 
 
235 aa  65.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  27.27 
 
 
1440 aa  65.5  0.0000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.03 
 
 
328 aa  65.1  0.0000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3300  hypothetical protein  27.72 
 
 
630 aa  65.1  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.906388  normal  0.18719 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  29.45 
 
 
1397 aa  65.5  0.0000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0768  DNA polymerase III subunit epsilon  30.46 
 
 
262 aa  65.5  0.0000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1544  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  27.33 
 
 
203 aa  65.1  0.0000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000802339  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  27.46 
 
 
1435 aa  65.1  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.92 
 
 
719 aa  64.7  0.0000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3289  hypothetical protein  27.72 
 
 
630 aa  64.7  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3351  hypothetical protein  27.72 
 
 
630 aa  64.7  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.0699162 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0831  DNA polymerase III PolC  26.79 
 
 
1436 aa  64.3  0.0000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0685824  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>