More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2204 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2204  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 		 242 aa  499  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000174809  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2018  DNA polymerase III, epsilon subunit  85.95 
 
 		 242 aa  442  1e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.250351  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  83.06 
 
 		 242 aa  427  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2063  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.23 
 
 		 242 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000471549  decreased coverage  0.000117497 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2000  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.82 
 
 		 242 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000879357  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2015  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.23 
 
 		 242 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000147945  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2323  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.23 
 
 		 242 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00003917  hitchhiker  0.0000904617 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.64 
 
 		 242 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  82.64 
 
 		 242 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  81.4 
 
 		 242 aa  423  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1780  DNA polymerase III, epsilon subunit  80.99 
 
 		 242 aa  417  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000677217  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  78.1 
 
 		 242 aa  408  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1880  DNA-directed DNA polymerase  76.03 
 
 		 242 aa  389  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0115193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2607  DNA polymerase III, epsilon subunit  74.38 
 
 		 242 aa  390  1e-107  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000048711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1993  DNA-directed DNA polymerase  75.21 
 
 		 242 aa  385  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000133992  hitchhiker  0.00000148516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2111  DNA polymerase III, epsilon subunit  76.86 
 
 		 242 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000449377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2364  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.56 
 
 		 235 aa  286  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.109784  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1825  DNA polymerase III subunit epsilon  56.5 
 
 		 247 aa  285  4e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02388  DNA polymerase III, epsilon subunit  57.63 
 
 		 239 aa  281  5.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0184363  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0495  DNA polymerase III, epsilon subunit  59.23 
 
 		 239 aa  278  4e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00000290412  normal  0.693329 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0749  DNA polymerase III subunit epsilon  54.47 
 
 		 245 aa  277  1e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.249034 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2838  DNA polymerase III subunit epsilon  56.9 
 
 		 244 aa  275  4e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0912  DNA polymerase III subunit epsilon  57.61 
 
 		 246 aa  275  5e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1705  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.9 
 
 		 237 aa  270  1e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.193811  normal  0.445635 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2398  DNA polymerase III subunit epsilon  56.67 
 
 		 243 aa  270  2e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1010  DNA polymerase III subunit epsilon  55.65 
 
 		 244 aa  269  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.296834  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03210  DNA polymerase III subunit epsilon  54.66 
 
 		 238 aa  267  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2682  DNA polymerase III subunit epsilon  54.73 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1055  DNA polymerase III subunit epsilon  54.73 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.328501  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1109  DNA polymerase III subunit epsilon  54.73 
 
 		 254 aa  267  1e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3450  DNA polymerase III subunit epsilon  53.44 
 
 		 246 aa  266  2e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.258177  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3393  DNA polymerase III, epsilon subunit  53.44 
 
 		 246 aa  266  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.882986  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002773  DNA polymerase III epsilon subunit  55.04 
 
 		 240 aa  265  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0229  DNA polymerase III subunit epsilon  53.04 
 
 		 246 aa  265  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0164844  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3135  DNA polymerase III subunit epsilon  55.14 
 
 		 245 aa  265  5e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.530396  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00208  DNA polymerase III subunit epsilon  53.31 
 
 		 243 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00213  hypothetical protein  53.31 
 
 		 243 aa  265  5.999999999999999e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0211  DNA polymerase III subunit epsilon  52.89 
 
 		 243 aa  263  2e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0221  DNA polymerase III subunit epsilon  52.89 
 
 		 243 aa  263  2e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.777271  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1941  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.69 
 
 		 253 aa  263  2e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0218  DNA polymerase III subunit epsilon  52.89 
 
 		 243 aa  263  2e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00177967  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1144  DNA polymerase III subunit epsilon  54.32 
 
 		 245 aa  263  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0227  DNA polymerase III subunit epsilon  52.48 
 
 		 243 aa  262  3e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.302916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0289  DNA polymerase III subunit epsilon  53.04 
 
 		 246 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0228111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0302  DNA polymerase III subunit epsilon  53.04 
 
 		 246 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0308  DNA polymerase III subunit epsilon  53.04 
 
 		 246 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00921374  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0287  DNA polymerase III subunit epsilon  53.04 
 
 		 246 aa  261  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2021  DNA polymerase III, epsilon subunit  56.72 
 
 		 238 aa  260  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0294  DNA polymerase III subunit epsilon  52.63 
 
 		 246 aa  259  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0831172  normal  0.605393 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1533  DNA polymerase III, epsilon subunit  55.56 
 
 		 236 aa  254  7e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.159798  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3480  DNA polymerase III subunit epsilon  51.04 
 
 		 246 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41050  DNA polymerase III subunit epsilon  51.04 
 
 		 246 aa  244  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1991  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.05 
 
 		 243 aa  244  9.999999999999999e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.886511  normal  0.0774886 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2067  DNA polymerase III subunit epsilon  51.41 
 
 		 252 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0186052  normal  0.0845595 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2814  DNA polymerase III, epsilon subunit  50.83 
 
 		 243 aa  236  3e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0262  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.37 
 
 		 243 aa  236  3e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29590  DNA polymerase III subunit epsilon  49.38 
 
 		 244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.340517  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0720  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.47 
 
 		 267 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.387284  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0603  DNA polymerase III subunit epsilon  50.41 
 
 		 252 aa  234  1.0000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0956  DNA polymerase III, epsilon subunit  51.33 
 
 		 235 aa  233  3e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3711  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.79 
 
 		 257 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.295506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2187  DNA polymerase III subunit epsilon  48.59 
 
 		 252 aa  229  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.800091 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3466  DNA polymerase III subunit epsilon  51.63 
 
 		 254 aa  228  5e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4141  DNA polymerase III subunit epsilon  52.65 
 
 		 252 aa  228  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.962875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1724  DNA polymerase III subunit epsilon  52.65 
 
 		 252 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3713  DNA polymerase III subunit epsilon  51.63 
 
 		 252 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.687255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0501  DNA polymerase III, epsilon subunit  49.79 
 
 		 238 aa  225  4e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.872409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1764  DNA polymerase III subunit epsilon  47.77 
 
 		 259 aa  224  9e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.743789  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0473  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.75 
 
 		 240 aa  222  4e-57  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.191106  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2255  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.39 
 
 		 256 aa  219  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.300835  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0426  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.78 
 
 		 232 aa  219  3e-56  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.32865  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1644  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.41 
 
 		 237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264964  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2138  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.41 
 
 		 237 aa  219  3.9999999999999997e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00985286 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1761  DNA polymerase III, epsilon chain  46.78 
 
 		 236 aa  219  3.9999999999999997e-56  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1618  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.66 
 
 		 234 aa  218  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.910547  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0930  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.05 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1827  DNA polymerase III, epsilon subunit  46.35 
 
 		 237 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0867  DNA polymerase III subunit epsilon  46.84 
 
 		 249 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20144  normal  0.642442 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4426  DNA polymerase III subunit epsilon  46.22 
 
 		 244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000436585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1284  DNA polymerase III subunit epsilon  45.8 
 
 		 244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000499827  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1478  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.09 
 
 		 231 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0948171  normal  0.333081 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0803  DNA polymerase III subunit epsilon  45.8 
 
 		 244 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1027  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.71 
 
 		 236 aa  210  2e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.134047  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  45.8 
 
 		 244 aa  209  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2288  DNA polymerase III, epsilon subunit  48.52 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.521561  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1041  DNA polymerase III, epsilon subunit  45.83 
 
 		 241 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2209  DNA polymerase III subunit epsilon  47.03 
 
 		 241 aa  209  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000456486  normal  0.23975 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1592  DNA polymerase III, epsilon subunit:DNA polymerase 3, epsilon subunit  46.41 
 
 		 238 aa  207  1e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1173  DNA polymerase III subunit epsilon  44.54 
 
 		 244 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0119092  normal  0.138843 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1339  hypothetical protein  45.34 
 
 		 233 aa  206  2e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1335  hypothetical protein  45.76 
 
 		 233 aa  207  2e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1662  DNA polymerase III, epsilon subunit  47.21 
 
 		 232 aa  206  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.862026 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2874  DNA polymerase III subunit epsilon  46.64 
 
 		 244 aa  206  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0167654  normal  0.331291 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1495  DNA polymerase III subunit epsilon  45.19 
 
 		 253 aa  205  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1465  DNA polymerase III subunit epsilon  45.19 
 
 		 253 aa  205  4e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1599  DNA polymerase III subunit epsilon  45.19 
 
 		 253 aa  205  4e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1272  DNA polymerase III subunit epsilon  45.19 
 
 		 253 aa  205  4e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.337432  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0597  DNA polymerase III subunit epsilon  45.19 
 
 		 253 aa  205  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126045  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0762  DNA polymerase III subunit epsilon  45.19 
 
 		 240 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.869408  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0555  DNA polymerase III subunit epsilon  45.19 
 
 		 240 aa  205  5e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>