More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0902 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  100 
 
 
210 aa  425  1e-118  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.1 
 
 
335 aa  218  7e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.13 
 
 
186 aa  142  5e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.48 
 
 
336 aa  140  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.57 
 
 
184 aa  139  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.57 
 
 
184 aa  139  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.86 
 
 
337 aa  139  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  38.25 
 
 
183 aa  136  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  41.87 
 
 
289 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  43.27 
 
 
207 aa  135  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.38 
 
 
297 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.89 
 
 
297 aa  132  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.2 
 
 
189 aa  131  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.24 
 
 
177 aa  131  7.999999999999999e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.89 
 
 
297 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  40.72 
 
 
184 aa  130  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  45.52 
 
 
381 aa  128  5.0000000000000004e-29  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  34.46 
 
 
302 aa  124  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.85 
 
 
164 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  34.46 
 
 
302 aa  123  2e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.11 
 
 
201 aa  122  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.62 
 
 
196 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  43.36 
 
 
199 aa  117  9e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  35.47 
 
 
177 aa  117  9.999999999999999e-26  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  41.22 
 
 
163 aa  109  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  33.52 
 
 
177 aa  106  3e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.75 
 
 
176 aa  103  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.96 
 
 
367 aa  102  3e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.94 
 
 
179 aa  102  4e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  33.73 
 
 
1442 aa  102  5e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  37.14 
 
 
314 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  31.16 
 
 
1444 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  28.81 
 
 
177 aa  99.8  3e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1150  DNA polymerase III PolC  30.77 
 
 
1435 aa  99  4e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0319687  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.85 
 
 
197 aa  96.7  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  38.01 
 
 
578 aa  95.9  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0049  DNA-directed DNA polymerase  38.89 
 
 
208 aa  95.1  6e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00111641  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3830  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1433 aa  94  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.80742e-56 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3859  DNA polymerase III, alpha subunit  31.74 
 
 
970 aa  94  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3669  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1433 aa  94  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3559  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1433 aa  94  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3577  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1433 aa  94  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3955  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1433 aa  94  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0154434  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3916  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1433 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3865  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1433 aa  94  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00985865  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1328  DNA polymerase III PolC  31.74 
 
 
1433 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0462488  hitchhiker  0.0000648048 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3640  DNA polymerase III PolC  31.14 
 
 
1433 aa  93.2  3e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  34.95 
 
 
570 aa  92  6e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1813  hypothetical protein  35.36 
 
 
603 aa  90.9  1e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0953081  normal  0.0279118 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  34.76 
 
 
196 aa  90.9  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2470  DNA polymerase III PolC  30.54 
 
 
1433 aa  90.9  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.78 
 
 
280 aa  90.1  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  32.94 
 
 
1433 aa  90.5  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  31.25 
 
 
1397 aa  87.4  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2682  DNA-directed DNA polymerase  35.15 
 
 
574 aa  87.4  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.649175  normal  0.224749 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  30.05 
 
 
334 aa  87  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1427  DNA polymerase III, alpha subunit  32.73 
 
 
1440 aa  86.7  3e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1300  DNA polymerase III subunit epsilon  34.65 
 
 
574 aa  86.3  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32 
 
 
187 aa  85.9  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.03 
 
 
921 aa  85.5  5e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.75 
 
 
170 aa  84.3  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2984  hypothetical protein  37.14 
 
 
560 aa  84.3  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  35.18 
 
 
584 aa  83.6  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  30.41 
 
 
1407 aa  83.6  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.59 
 
 
715 aa  82.8  0.000000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  30.94 
 
 
1402 aa  82.4  0.000000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1099  Rad3-related DNA helicase  26.04 
 
 
489 aa  82  0.000000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.829267  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2482  DNA-directed DNA polymerase  34.73 
 
 
168 aa  81.6  0.000000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1027  hypothetical protein  39.52 
 
 
590 aa  81.3  0.000000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.81 
 
 
605 aa  81.3  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  30 
 
 
930 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1871  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.33 
 
 
204 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.235733  hitchhiker  0.000714256 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1680  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.66 
 
 
449 aa  80.5  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.420679  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1999  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.14 
 
 
215 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0095  DNA polymerase III PolC  28.8 
 
 
1464 aa  79.7  0.00000000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0968  hypothetical protein  35.47 
 
 
566 aa  79.3  0.00000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.277294 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  33.95 
 
 
1426 aa  79.7  0.00000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4768  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.65 
 
 
203 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.392412  hitchhiker  0.00938493 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2245  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.93 
 
 
212 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1965  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.87 
 
 
459 aa  79  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.249813  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.4 
 
 
565 aa  79  0.00000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4643  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.65 
 
 
211 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.57 
 
 
909 aa  79  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2365  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.3 
 
 
242 aa  78.6  0.00000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000172168  hitchhiker  0.00918938 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  31.13 
 
 
315 aa  78.2  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  31.58 
 
 
315 aa  78.2  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  31.13 
 
 
315 aa  78.2  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2157  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.3 
 
 
242 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000679182  normal  0.0877249 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2234  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.3 
 
 
242 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000877394  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4910  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
205 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0387516  normal  0.918692 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5458  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
205 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2559  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.88 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  31.79 
 
 
315 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  31.79 
 
 
315 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  31.79 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  31.79 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.97 
 
 
229 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2402  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.5 
 
 
242 aa  77  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000797972  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2619  DNA polymerase III, alpha subunit  29.12 
 
 
1527 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.768829  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4781  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.65 
 
 
201 aa  77  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.426974  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>