More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0370 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0370  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  100 
 
 
297 aa  595  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0325  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  98.99 
 
 
297 aa  589  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.964819  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0401  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  91.92 
 
 
297 aa  551  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0010  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.69 
 
 
289 aa  332  5e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.847041  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3293  exonuclease  43.29 
 
 
314 aa  235  7e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.413977  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1688  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  67.42 
 
 
186 aa  230  2e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.609877 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0492  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  65.92 
 
 
189 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.6637  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2577  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  50 
 
 
196 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.181188  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2865  DNA polymerase III epsilon subunit-like 3-5 exonuclease  47.19 
 
 
207 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.161368  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3096  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  47.85 
 
 
201 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.316534  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2838  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  54.48 
 
 
199 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  hitchhiker  0.0093058 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1394  DNA polymerase III subunit epsilon  41.01 
 
 
302 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00500752  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1655  DNA polymerase III subunit epsilon  40.45 
 
 
302 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.312969  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0141  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  46.91 
 
 
177 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000727822  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2578  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  42.31 
 
 
337 aa  125  9e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0358543  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0595  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.56 
 
 
170 aa  124  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.837923  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0009  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.39 
 
 
183 aa  124  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1948  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  40.85 
 
 
184 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.111386  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1982  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  40.85 
 
 
184 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1529  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  38.69 
 
 
177 aa  115  6e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2129  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.83 
 
 
335 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  44.83 
 
 
210 aa  113  4.0000000000000004e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2432  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  42.94 
 
 
164 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000167398  hitchhiker  0.000000855103 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1432  exonuclease  37.89 
 
 
184 aa  112  5e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2310  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.75 
 
 
336 aa  112  5e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000167854 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1582  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  44.05 
 
 
176 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0223  exonuclease  40.28 
 
 
163 aa  104  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1746  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.46 
 
 
280 aa  102  7e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0402  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.71 
 
 
179 aa  101  1e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000167602  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1294  DNA polymerase III, epsilon subunit related 3'-5' exonuclease  34.27 
 
 
177 aa  100  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1633  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.65 
 
 
367 aa  100  3e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.117294  hitchhiker  0.000656325 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08390  exonuclease, DNA polymerase III, epsilon subunit family  40.48 
 
 
381 aa  99.8  4e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.69329  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0132  exonuclease  38.79 
 
 
196 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.294449  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1663  DNA polymerase III, epsilon subunit or related 3'-5' exonuclease  32.2 
 
 
177 aa  97.8  2e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3538  transposase  38.92 
 
 
282 aa  97.4  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.761047 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0330  exonuclease  33.15 
 
 
334 aa  84  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0452  DNA polymerase III PolC  31.43 
 
 
1433 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.2678  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  32.47 
 
 
570 aa  79  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4454  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  34.07 
 
 
187 aa  78.6  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000618173 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1818  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.03 
 
 
180 aa  73.6  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.562654 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  33.33 
 
 
1397 aa  73.9  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3297  DNA polymerase III subunit epsilon  31.18 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.413632  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1597  DNA polymerase III subunit epsilon  31.74 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0450283  hitchhiker  0.0000576312 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3631  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.095912  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3316  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2024  Rad3-related DNA helicase  29.56 
 
 
791 aa  72.8  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.323186  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  31.84 
 
 
1442 aa  72.4  0.000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3404  DNA polymerase III subunit epsilon  31.41 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3366  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000146706  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3719  DNA polymerase III subunit epsilon  31.14 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.128581  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3637  DNA polymerase III subunit epsilon  30.82 
 
 
315 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00085894  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3672  DNA polymerase III subunit epsilon  31.41 
 
 
315 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.22056  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1553  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.33 
 
 
462 aa  72  0.00000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0294191  normal  0.0154238 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1806  DNA polymerase III, alpha subunit  32.54 
 
 
1402 aa  70.5  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3622  DNA polymerase III subunit epsilon  30.19 
 
 
315 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000564162 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4078  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.35 
 
 
197 aa  68.9  0.00000000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  31.89 
 
 
200 aa  67.8  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2686  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.2 
 
 
610 aa  67  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.700207  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2572  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.73 
 
 
476 aa  67.4  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378709  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.51 
 
 
233 aa  67  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.68 
 
 
233 aa  66.2  0.0000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1650  DNA polymerase III PolC  29.94 
 
 
1407 aa  66.2  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00795258  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1242  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.52 
 
 
565 aa  66.2  0.0000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.629085  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.37 
 
 
721 aa  65.9  0.0000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.33 
 
 
200 aa  65.5  0.0000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.54 
 
 
328 aa  65.5  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1438  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.09 
 
 
205 aa  65.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2129  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.12 
 
 
547 aa  64.7  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165153  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03930  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.92 
 
 
715 aa  64.7  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2426  DNA polymerase III, epsilon subunit  36.6 
 
 
719 aa  64.7  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.457713 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.8 
 
 
200 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.35 
 
 
206 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1872  DNA polymerase III subunit epsilon  32.16 
 
 
242 aa  63.9  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000816139  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  28.7 
 
 
617 aa  63.9  0.000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4900  DNA polymerase III subunit epsilon  31.61 
 
 
330 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.989955  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0598  DNA polymerase III, alpha subunit  28.49 
 
 
1365 aa  63.9  0.000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  27.96 
 
 
578 aa  63.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4989  DNA polymerase III subunit epsilon  31.61 
 
 
330 aa  63.5  0.000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  38 
 
 
232 aa  63.5  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2073  DNA polymerase III subunit epsilon  30.11 
 
 
242 aa  63.2  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.632153 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0726  DNA polymerase III subunit epsilon  33.08 
 
 
273 aa  63.2  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2260  DNA polymerase III subunit epsilon  29.49 
 
 
299 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.155641  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  31.18 
 
 
207 aa  63.2  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0097  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.57 
 
 
211 aa  63.5  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5268  DNA polymerase III subunit epsilon  30.97 
 
 
330 aa  63.2  0.000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.674728  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2002  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.9 
 
 
463 aa  62.8  0.000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.891146  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1751  DNA polymerase III subunit epsilon  30.65 
 
 
242 aa  62.8  0.000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19710  hypothetical protein  33.14 
 
 
308 aa  62.8  0.000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  28.98 
 
 
251 aa  62.8  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1647  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.37 
 
 
466 aa  62.8  0.000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2036  DNA polymerase III subunit epsilon  30.06 
 
 
244 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4769  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.84 
 
 
590 aa  62.4  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.156881  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1011  DNA polymerase III, alpha subunit  28.99 
 
 
1447 aa  62.4  0.000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.939055  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1945  DNA polymerase III PolC  30.63 
 
 
1449 aa  62  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1663  DNA polymerase III PolC  30.63 
 
 
1449 aa  62.4  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.351996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0016  DNA-directed DNA polymerase  33.33 
 
 
221 aa  62  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2251  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.76 
 
 
229 aa  62  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.517325  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2042  DNA polymerase III PolC  34.38 
 
 
1444 aa  62  0.00000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.67 
 
 
722 aa  61.2  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.88 
 
 
921 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>